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万見
- PDB-7th4: T. thermophilus methylenetetrahydrofolate reductase complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7th4
タイトルT. thermophilus methylenetetrahydrofolate reductase complex with 5-formyltetrahydrofolate
要素Methylenetetrahydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / flavin / 5-formyltetrahydrofolate
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) / methylenetetrahydrofolate reductase (NADH) activity / methionine biosynthetic process / tetrahydrofolate interconversion / FAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
5,10-methylenetetrahydrofolate reductase / Methylenetetrahydrofolate reductase-like / Methylenetetrahydrofolate reductase / FAD-linked oxidoreductase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-FFO / Methylenetetrahydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Yamada, K. / Koutmos, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: 5-Formyltetrahydrofolate promotes conformational remodeling in a methylenetetrahydrofolate reductase active site and inhibits its activity.
著者: Yamada, K. / Mendoza, J. / Koutmos, M.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylenetetrahydrofolate reductase
B: Methylenetetrahydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,78510
ポリマ－66,1022
非ポリマー2,6838
水8,017445
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size exclusion column chromatography with the multi-angle light scattering detector (Igari et al, PLoS (2011))
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.069, 89.545, 161.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methylenetetrahydrofolate reductase


分子量: 33050.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHA0327 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SLG6, methylenetetrahydrofolate reductase [NAD(P)H]

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非ポリマー , 5種, 453分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-FFO / N-[4-({[(6S)-2-amino-5-formyl-4-oxo-3,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)benzoyl]-L-glutamic acid / [6S]-5-FORMYL-TETRAHYDROFOLATE / 6S-FOLINIC ACID / l-ロイコボリン


分子量: 473.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate buffer pH 4.5, 2.5M NaCl, 0.2M lithium sulfate, 1.2% myo-inositol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.13 Å / Num. obs: 116419 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.979 / Num. unique obs: 5654 / CC1/2: 0.674 / Rpim(I) all: 0.581 / Rrim(I) all: 0.1144 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3APY

3apy


解像度: 1.45→46.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 2.851 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1783 5915 5.1 %RANDOM
Rwork0.1311 ---
obs0.1335 110406 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 173.48 Å2 / Biso mean: 32.344 Å2 / Biso min: 15.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å2-0 Å2
2--0.52 Å2-0 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4596 0 288 445 5329
Biso mean--28.06 39.46 -
残基数----582
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0124921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.656681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.561.56610812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9295586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52219.21291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0815787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1211560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021232
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.33234921
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 455 -
Rwork0.267 7979 -
all-8434 -
obs--99.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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