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- PDB-7th2: Single-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7th2
タイトルSingle-domain VHH intrabodies neutralize ricin toxin
要素
  • Ricin A chain
  • VHH antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM/TOXIN / Antibody-antigen complex / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.838 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Mantis, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Single-domain antibodies neutralize ricin toxin intracellularly by blocking access to ribosomal P-stalk proteins.
著者: Czajka, T.F. / Vance, D.J. / Davis, S. / Rudolph, M.J. / Mantis, N.J.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ricin A chain
B: Ricin A chain
C: VHH antibody
D: VHH antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,35932
ポリマ－88,8124
非ポリマー1,54728
水9,764542
1
A: Ricin A chain
C: VHH antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,08715
ポリマ－44,4062
非ポリマー68113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
2
B: Ricin A chain
D: VHH antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,27217
ポリマ－44,4062
非ポリマー86615
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area17680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.644, 63.812, 99.298
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 84 or resid 86...
21(chain B and (resid -1 through 84 or resid 86...
12(chain C and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))
22(chain D and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALATYRTYR(chain A and (resid -1 through 84 or resid 86...AA-1 - 841 - 86
121ALAALATYRTYR(chain A and (resid -1 through 84 or resid 86...AA86 - 12388 - 125
131ARGARGGLYGLY(chain A and (resid -1 through 84 or resid 86...AA125 - 158127 - 160
141GLNGLNARGARG(chain A and (resid -1 through 84 or resid 86...AA160 - 258162 - 260
211ALAALATYRTYR(chain B and (resid -1 through 84 or resid 86...BB-1 - 841 - 86
221ALAALATYRTYR(chain B and (resid -1 through 84 or resid 86...BB86 - 12388 - 125
231ARGARGGLYGLY(chain B and (resid -1 through 84 or resid 86...BB125 - 158127 - 160
241GLNGLNARGARG(chain B and (resid -1 through 84 or resid 86...BB160 - 258162 - 260
112GLNGLNSERSER(chain C and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))CC3 - 483 - 48
122ILEILEVALVAL(chain C and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))CC50 - 10450 - 104
132THRTHRSERSER(chain C and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))CC106 - 124106 - 124
212GLNGLNSERSER(chain D and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))DD3 - 483 - 48
222ILEILEVALVAL(chain D and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))DD50 - 10450 - 104
232THRTHRSERSER(chain D and (resid 3 through 48 or resid 50 through 104 or resid 106 through 124))DD106 - 124106 - 124

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ricin A chain / rRNA N-glycosidase


分子量: 30139.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体 VHH antibody


分子量: 14266.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG'

-
非ポリマー , 5種, 570分子

#3: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 200 mM sodium thiocyanate, 8% dioxane, 1740 mM ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 61630 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.126 / Χ2: 1.369 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 372877
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.83-1.866.10.90730230.8410.3920.9910.43696.8
1.86-1.96.10.74330040.870.3230.8120.49796.8
1.9-1.9360.6130660.9130.2660.6670.57498.5
1.93-1.976.10.47730660.930.2090.5220.60998.1
1.97-2.016.20.4130800.9570.1790.4490.65898.3
2.01-2.0660.34931020.9580.1540.3830.74899
2.06-2.1160.330620.9650.1340.3290.75298.6
2.11-2.175.90.24130980.9760.1080.2650.84298.5
2.17-2.235.60.21830880.9630.10.2410.9598.2
2.23-2.315.30.17728890.980.0840.1971.08392.3
2.31-2.396.30.17830700.9850.0780.1941.01198.6
2.39-2.486.50.15931290.9880.0680.1731.10199.1
2.48-2.66.40.14331150.9880.0620.1561.31299.1
2.6-2.736.20.12831380.9880.0570.1411.53999.1
2.73-2.96.10.11130910.990.0490.1221.83198.8
2.9-3.135.90.09231050.9930.0420.1012.23898.8
3.13-3.445.40.07529960.9930.0360.0842.71594.8
3.44-3.946.40.06331790.9960.0270.0692.92299.7
3.94-4.976.20.05331500.9960.0230.0582.84499.2
4.97-506.10.04631790.9980.020.0512.52497.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RTC, 4LGR

1rtc

4lgr


解像度: 1.838→47.449 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 17.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 3189 5.18 %
Rwork0.1487 58396 -
obs0.1507 61585 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.55 Å2 / Biso mean: 31.9007 Å2 / Biso min: 8.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.838→47.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6034 0 106 542 6682
Biso mean--54.85 35.11 -
残基数----773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9118529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054930
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.043726
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3116X-RAY DIFFRACTION7.659TORSIONAL
12B3116X-RAY DIFFRACTION7.659TORSIONAL
21C1354X-RAY DIFFRACTION7.659TORSIONAL
22D1354X-RAY DIFFRACTION7.659TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.838-1.86520.2441270.1929211183
1.8652-1.89440.22621470.1752248796
1.8944-1.92540.22341360.1711253998
1.9254-1.95860.21431640.1543254198
1.9586-1.99420.1961220.1573254299
1.9942-2.03260.24161480.154255598
2.0326-2.07410.19211420.1531258199
2.0741-2.11920.17721360.1462254299
2.1192-2.16850.16951360.143256198
2.1685-2.22270.19331310.1455257299
2.2227-2.28280.1851510.1401245995
2.2828-2.350.20171340.1456243495
2.35-2.42580.18131340.1454260599
2.4258-2.51250.2011280.1514259999
2.5125-2.61310.17691350.1454257899
2.6131-2.7320.16021220.1505258399
2.732-2.87610.1841280.1496261599
2.8761-3.05620.20491330.1534259099
3.0562-3.29210.20451540.1532248596
3.2921-3.62330.17161530.1417253197
3.6233-4.14740.181550.13412619100
4.1474-5.22420.14971480.1269261999
5.2242-47.4490.2131250.1777264897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1228-0.6222-0.70381.27480.45530.50320.0537-0.1370.13510.03250.0033-0.1615-0.0862-0.0635-0.0340.1328-0.0071-0.00040.1290.00770.148-41.6903-4.004982.6405
24.0951.75932.67552.52612.39834.7541-0.0918-0.09630.20790.0027-0.04160.0918-0.1794-0.21840.14430.08590.0040.0190.07540.00610.1055-48.7732-5.116287.9982
33.8092-0.0946-1.19133.96830.34792.22530.1319-0.1450.18040.3689-0.01740.2644-0.1506-0.2127-0.04480.13280.01120.03280.14210.01460.1456-55.6487-7.595595.3284
41.9153-0.4353-0.30280.8269-0.30371.3692-0.07150.0811-0.3073-0.0547-0.02190.15370.2059-0.23180.10450.1299-0.03880.01160.1281-0.0280.1737-50.9172-21.099482.696
52.2152-0.00140.31593.150.40382.5735-0.0966-0.258-0.18280.24930.0631-0.19530.24110.27590.02630.16280.0402-0.00340.17250.0510.1579-30.1585-22.200891.5513
61.39170.65760.54692.71271.29972.08170.09970.2858-0.3308-0.1396-0.0747-0.02490.0738-0.3416-0.0840.13040.0032-0.02550.2013-0.0320.1401-30.8791-5.577259.5686
74.95372.47861.98593.3431.9293.171-0.01540.4462-0.4477-0.32110.0879-0.60970.13960.3566-0.06110.31640.01550.07060.4615-0.00710.2876-19.6025-0.282145.9103
83.3335-1.20490.0221.79390.0632.42880.12710.75680.0402-0.3616-0.11210.07610.1229-0.16670.02740.18180.0043-0.02660.36090.02650.1346-39.84461.777149.2498
93.1193-0.0655-0.12220.7566-0.17831.3195-0.06660.12770.61260.03840.05820.0282-0.1882-0.22630.03650.16180.0281-0.00830.14730.03860.2149-36.286511.648662.2309
101.77590.0281.08592.25980.08430.627-0.04040.71980.6645-0.365-0.0325-0.3901-0.2770.3426-0.05450.2421-0.0540.03410.33730.15280.4084-15.366616.045253.8002
112.68111.7091-0.36355.3129-1.64747.1644-0.04660.7704-0.2053-0.32950.00860.610.4763-0.42130.15120.2249-0.0463-0.03870.2166-0.11090.2443-26.9224-22.609860.733
126.01360.32643.05891.95020.67293.2897-0.05790.19940.3509-0.1569-0.0523-0.056-0.11110.28760.08890.1321-0.01590.02330.1340.01620.1261-11.5574-17.704464.1149
134.5699-2.14281.36262.7748-1.43724.93470.0022-0.1395-0.3004-0.04470.06360.3307-0.0984-0.3396-0.05180.0986-0.02830.00930.0692-0.03660.1351-26.0081-21.060668.4388
143.712-3.365-2.96636.03274.25553.2287-0.1692-0.3274-0.46020.03310.06490.03090.63130.40920.01240.26870.06890.01980.13330.01490.2497-16.7038-28.704573.2186
152.8401-4.5633-0.14698.00650.13735.8577-0.0182-0.33550.04830.13960.07180.1427-0.03470.2702-0.07390.1311-0.01780.02260.1066-0.00210.1413-21.4373-17.514578.8197
167.63-3.89936.59284.0383-2.83167.848-0.1111-0.01310.05590.01420.1459-0.0305-0.2330.00860.01970.11-0.0250.0220.1052-0.01750.1125-19.0144-13.910969.8358
175.94051.4683-1.21460.83190.11551.0883-0.0468-0.0962-0.18090.1440.0514-0.03310.01850.10070.02750.14140.02880.00780.07930.00420.1479-18.0443-24.714172.8829
185.67730.2087-0.97735.8712-0.11268.0879-0.09620.0849-0.62380.07590.06680.53160.6126-0.50840.16350.1517-0.03760.01860.1022-0.06680.2617-27.0858-28.983468.1712
191.99-0.3685-2.25344.5754-0.92572.9645-0.29480.6713-0.68650.1440.1761-0.6754-0.03620.94180.12090.1783-0.01760.01340.4138-0.06040.2745-0.5305-23.163764.7216
205.1629-0.2480.79714.0811-0.0484.3497-0.0982-0.0098-0.26990.11830.02250.20260.1582-0.12210.09590.1314-0.0049-0.010.10540.02220.11230.92893.3279.4443
210.851-0.7931-0.87123.8256-2.05383.56560.7068-1.777-0.87270.774-0.67610.31550.5797-0.5155-0.21320.2955-0.1576-0.04310.51470.0960.345-18.43692.311777.1874
225.77794.07921.53175.90730.38362.0766-0.121-0.2320.82090.2697-0.1260.2193-0.0896-0.07440.11390.11860.0093-0.01910.0792-0.02420.1705-4.429611.829375.1715
231.73061.81053.22551.96833.37426.0188-0.3045-0.16690.8278-0.0611-0.3214-0.11-0.90870.05910.35960.3212-0.0588-0.12730.1496-0.03240.4769-2.019516.129973.9507
245.57640.73222.35631.61070.8823.2581-0.07840.46210.21750.0116-0.0260.0273-0.08340.26530.07130.14370.0029-0.01130.15260.03110.1732-4.19067.565764.6763
254.4166-1.2697-1.33131.9463-1.27656.40320.09490.0008-0.4521-0.0440.06530.19990.6277-0.3070.00390.2244-0.0237-0.02880.17050.01760.2355-5.7006-0.102172.9333
267.6703-1.63360.44491.52751.07822.3566-0.1099-0.12840.3604-0.03230.0227-0.1106-0.09320.180.08510.1507-0.0233-0.00640.1060.01780.15883.100110.325375.5217
276.904-0.3996-0.72372.9856-1.81874.9705-0.18390.04240.6686-0.1887-0.1846-0.1064-0.27160.1050.28060.1870.0222-0.06710.1184-0.00980.2598-13.228815.288668.0047
282.83040.2888-0.96744.04052.25112.3304-0.2135-0.70530.31310.1159-0.09330.319-0.7524-0.5813-0.14190.19990.071-0.02670.2768-0.12220.2518-12.175514.585478.6472
294.5473-0.6019-1.36817.591-0.5486.2391-0.1948-0.57750.4621-0.07510.1361-0.47270.05570.89540.03720.11820.0037-0.02890.2124-0.01950.15789.43148.949381.2352
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 44 )A-1 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 75 )A45 - 75
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 122 )A76 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 123 through 201 )A123 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 202 through 258 )A202 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid -1 through 33 )B-1 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 34 through 56 )B34 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 57 through 122 )B57 - 122
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 123 through 201 )B123 - 201
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 202 through 261 )B202 - 261
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 7 )C1 - 7
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 8 through 25 )C8 - 25
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 26 through 38 )C26 - 38
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 39 through 50 )C39 - 50
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 51 through 63 )C51 - 63
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 64 through 82 )C64 - 82
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 83 through 107 )C83 - 107
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 108 through 117 )C108 - 117
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 118 through 128 )C118 - 128
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 3 through 24 )D3 - 24
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 25 through 31 )D25 - 31
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 32 through 38 )D32 - 38
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 39 through 50 )D39 - 50
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 51 through 66 )D51 - 66
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 67 through 82 )D67 - 82
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 83 through 98 )D83 - 98
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 99 through 107 )D99 - 107
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 108 through 117 )D108 - 117
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 118 through 124 )D118 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る