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- PDB-7tgh: Cryo-EM structure of respiratory super-complex CI+III2 from Tetra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tgh
タイトルCryo-EM structure of respiratory super-complex CI+III2 from Tetrahymena thermophila
要素
  • (Acyl carrier ...) x 2
  • (Gamma-carbonic ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase subunit ...) x 6
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase ...) x 7
  • (Transmembrane protein, ...) x 13
  • 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein
  • Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
  • Apocytochrome b
  • Cytochrome protein c1
  • DnaJ domain protein
  • ETC complex I subunit motif protein
  • GRAM domain protein
  • Lipid-A-disaccharide synthase
  • M16 family peptidase, putative
  • NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
  • NADH dehydrogenase, putative
  • NDUA1
  • NDUA13
  • NDUA7
  • NDUA8
  • NDUB10
  • NDUB2
  • NDUB4
  • NDUB6
  • NDUB7
  • NDUB8
  • NDUB9
  • NDUC2
  • NDUPH2
  • NDUTT10
  • NDUTT12
  • NDUTT3
  • NDUTT4
  • NDUTT6
  • NDUTT8
  • NDUTT9
  • Peptidase M16 inactive domain protein
  • Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
  • Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
  • Thioredoxin
  • Transcription factor apfi protein, putative
  • UNK1
  • UNK2
  • UNK3
  • UNK4
  • UNK5
  • UQCRB
  • Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
  • Ymf57
  • Ymf58
  • Ymf62
  • Ymf65
  • Zinc-finger protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mitochondrial respiration / Electron transport chain / Oxidoreductase / Super-complex CI+III2
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / quinol-cytochrome-c reductase / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / P450-containing electron transport chain / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone-6 biosynthetic process / : / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / quinol-cytochrome-c reductase / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / P450-containing electron transport chain / NADH dehydrogenase complex / ubiquinone-6 biosynthetic process / : / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / lipid A biosynthetic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / electron transport coupled proton transport / acyl binding / acyl carrier activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / quinone binding / : / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / fatty acid metabolic process / mitochondrial membrane / electron transport chain / phospholipid binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / oxidoreductase activity / ribosome / heme binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 19 / Lipid-A-disaccharide synthetase / : / Dynactin subunit 5 / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin ...Glycosyl transferase, family 19 / Lipid-A-disaccharide synthetase / : / Dynactin subunit 5 / : / : / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Adrenodoxin / DnaJ domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / : / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Hexapeptide repeat / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Rieske iron-sulphur protein / : / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / NADH-ubiquinone oxidoreductase NDSU1/NuoG-like, 4Fe-4S domain / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Thioredoxin / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / Trimeric LpxA-like superfamily / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH-quinone oxidoreductase subunit 3, ferredoxin-like domain / SLBB domain / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / AMP-dependent synthetase/ligase / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / AMP-binding enzyme / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH-quinone oxidoreductase, chain 5-like / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / : / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:quinone oxidoreductase/Mrp antiporter, membrane subunit / Proton-conducting membrane transporter / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / UBIQUINONE-10 / Chem-ZMP / Transmembrane protein, putative / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase, putative / Transmembrane protein, putative / Gamma-carbonic anhydrase / Transmembrane protein / Transcription factor apfi protein, putative / Transmembrane protein, putative / Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein / Transmembrane protein / Acyl carrier protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Peptidase M16 inactive domain protein / Transmembrane protein, putative / Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / M16 family peptidase, putative / Zinc-finger protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase subunit 1 / Thioredoxin / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Transmembrane protein, putative / DnaJ domain protein / lipid-A-disaccharide synthase / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein / Transmembrane protein / Acyl carrier protein / Gamma-carbonic anhydrase / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit / Uncharacterized protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / Uncharacterized protein / ETC complex I subunit motif protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II / Cytochrome protein c1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / Ymf62 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase subunit 5 / Apocytochrome b / NADH dehydrogenase subunit 9 / Ymf58 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / Ymf65 / NADH dehydrogenase subunit 7 / NADH dehydrogenase subunit 2 / NADH dehydrogenase subunit 10 / Ymf57 / GRAM domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhou, L. / Maldonado, M. / Padavannil, A. / Guo, F. / Letts, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM137929 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structures of 's respiratory chain reveal the diversity of eukaryotic core metabolism.
著者: Long Zhou / María Maldonado / Abhilash Padavannil / Fei Guo / James A Letts /
要旨: Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and ...Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and structural diversity of eukaryotic respiration, we examined the respiratory chain of the ciliate (Tt). Using cryo-electron microscopy on a mixed sample, we solved structures of a supercomplex between Tt complex I (Tt-CI) and Tt-CIII (Tt-SC I+III) and a structure of Tt-CIV. Tt-SC I+III (~2.3 megadaltons) is a curved assembly with structural and functional symmetry breaking. Tt-CIV is a ~2.7-megadalton dimer with more than 50 subunits per protomer, including mitochondrial carriers and a TIM8-TIM13-like domain. Our structural and functional study of the respiratory chain reveals divergence in key components of eukaryotic respiration, thereby expanding our understanding of core metabolism.
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
1B: NADH dehydrogenase subunit 1
2: Ymf65
2B: NADH dehydrogenase subunit 2
3: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
3A: M16 family peptidase, putative
3B: Peptidase M16 inactive domain protein
3C: Apocytochrome b
3D: Cytochrome protein c1
3E: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
3F: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
3G: UQCRB
3H: Transmembrane protein, putative
3I: Transmembrane protein, putative
3J: Transmembrane protein, putative
3M: UNK1
3a: M16 family peptidase, putative
3b: Peptidase M16 inactive domain protein
3c: Apocytochrome b
3d: Cytochrome protein c1
3e: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
3f: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
3g: UQCRB
3h: Transmembrane protein, putative
3i: Transmembrane protein, putative
3j: Transmembrane protein, putative
3l: UNK2
3m: UNK3
4: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
4L: Ymf58
5: NADH dehydrogenase subunit 5
5B: Ymf57
6: Ymf62
A2: Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
A5: ETC complex I subunit motif protein
A6: NADH dehydrogenase, putative
A7: NDUA7
A9: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
AB: Acyl carrier protein
AC: Acyl carrier protein
AL: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
AM: NDUA13
B7: NDUB7
B8: NDUB8
BL: NDUB10
C: UNK4
C1: Gamma-carbonic anhydrase
C2: Gamma-carbonic anhydrase
C3: Transcription factor apfi protein, putative
TD: Transmembrane protein, putative
J1: DnaJ domain protein
FX: 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein
T2: Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
T1: Lipid-A-disaccharide synthase
A1: NDUA1
X1: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit
T6: NDUTT6
T5: Transmembrane protein, putative
R: UNK5
S1: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit
S2: NADH dehydrogenase subunit 7
S3: NADH dehydrogenase subunit 9
S4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
S6: Zinc-finger protein
S7: NADH dehydrogenase subunit 10
S8: NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative
B9: NDUB9
TX: Thioredoxin
A8: NDUA8
TB: Transmembrane protein, putative
V1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
V2: NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit
B6: NDUB6
BM: Transmembrane protein, putative
C4: NDUC2
AN: Transmembrane protein, putative
B4: NDUB4
T4: NDUTT4
T8: NDUTT8
B2: NDUB2
T3: NDUTT3
P1: Transmembrane protein, putative
B3: Transmembrane protein, putative
TA: NDUTT10
S5: GRAM domain protein
TC: NDUTT12
P2: NDUPH2
A3: Transmembrane protein, putative
T9: NDUTT9
TE: Transmembrane protein, putative
T7: Transmembrane protein, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,416,172195
ポリマ－2,324,21391
非ポリマー91,959104
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase ... , 7種, 7分子 134X1S1S8V2

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 32636.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q950Y3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#5: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 14416.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q950Z7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#19: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 58690.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q950X9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#46: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit


分子量: 17381.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7LT42
#50: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit


分子量: 80580.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q23KA9
#56: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative


分子量: 28053.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MDW5
#62: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 31216.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MEP0

-
NADH dehydrogenase subunit ... , 6種, 6分子 1B2B5S2S3S7

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 7238.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q09FB0
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 20899.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q951B2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 88179.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q950Z0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#51: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 7


分子量: 51227.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q951B1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#52: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 9


分子量: 23803.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q950Z4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#55: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 10


分子量: 18324.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q951B4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
タンパク質 , 45種, 52分子 23A3a3B3b3C3c3D3d3E3e3F3f3G3g4L5B6A2A5A6A7A9AMB7B8BLCC3J1...

#3: タンパク質 Ymf65


分子量: 43104.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q951A3
#6: タンパク質 M16 family peptidase, putative


分子量: 53030.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MJ25
#7: タンパク質 Peptidase M16 inactive domain protein


分子量: 58023.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MGU2
#8: タンパク質 Apocytochrome b


分子量: 50635.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q950Z1, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 Cytochrome protein c1


分子量: 37616.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q24IM5
#10: タンパク質 Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit


分子量: 30696.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MIC7
#11: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein


分子量: 10249.956 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22AX2
#12: タンパク質 UQCRB


分子量: 39193.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q23F81
#20: タンパク質 Ymf58


分子量: 13509.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q950Z5
#22: タンパク質 Ymf57


分子量: 12473.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q951C2
#23: タンパク質 Ymf62


分子量: 30448.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q950Y2
#24: タンパク質 Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein


分子量: 12157.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MA77
#25: タンパク質 ETC complex I subunit motif protein


分子量: 24277.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q23ND5
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase, putative


分子量: 20167.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M2Y3
#27: タンパク質 NDUA7


分子量: 33201.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MIJ7
#28: タンパク質 NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein


分子量: 41375.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MLH2
#32: タンパク質 NDUA13


分子量: 21045.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M2U4
#33: タンパク質 NDUB7


分子量: 13747.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MIM0
#34: タンパク質 NDUB8


分子量: 24150.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M855
#35: タンパク質 NDUB10


分子量: 22167.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q23KG0
#36: タンパク質 UNK4


分子量: 17804.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
#39: タンパク質 Transcription factor apfi protein, putative


分子量: 39793.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M8Q7
#41: タンパク質 DnaJ domain protein


分子量: 36878.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22DR7
#42: タンパク質 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein


分子量: 19564.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22W11
#43: タンパク質 Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II


分子量: 36709.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q24HK5
#44: タンパク質 Lipid-A-disaccharide synthase


分子量: 59307.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22E24, lipid-A-disaccharide synthase
#45: タンパク質 NDUA1


分子量: 11451.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MI60
#47: タンパク質 NDUTT6


分子量: 17078.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M1N8
#49: タンパク質 UNK5


分子量: 13356.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
#54: タンパク質 Zinc-finger protein


分子量: 15141.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MK02
#57: タンパク質 NDUB9


分子量: 22698.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q233X7
#58: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 19540.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22AI5
#59: タンパク質 NDUA8


分子量: 28412.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MMF4
#63: タンパク質 NDUB6


分子量: 15444.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q231G0
#65: タンパク質 NDUC2


分子量: 12103.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22W63
#67: タンパク質 NDUB4


分子量: 12577.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
#68: タンパク質 NDUTT4


分子量: 24823.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MIE0
#69: タンパク質 NDUTT8


分子量: 15785.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22SC4
#70: タンパク質 NDUB2


分子量: 14410.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MG29
#71: タンパク質 NDUTT3


分子量: 35409.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7LUQ4
#74: タンパク質 NDUTT10


分子量: 12123.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MAF0
#75: タンパク質 GRAM domain protein


分子量: 10920.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: W7X4R4
#76: タンパク質 NDUTT12


分子量: 11283.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22E95
#77: タンパク質 NDUPH2


分子量: 22446.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q23KE0
#79: タンパク質 NDUTT9


分子量: 15576.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q23B10

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Transmembrane protein, ... , 13種, 16分子 3H3h3I3i3J3jTDT5TBBMANP1B3A3TET7

#13: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15677.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M484
#14: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 14262.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MM45
#15: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 7455.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MFL6
#40: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 8787.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22DC2
#48: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 23971.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7LT77
#60: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 13340.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22T55
#64: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 24419.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22Z32
#66: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 26545.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q24F24
#72: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 29389.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q24C39
#73: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 9942.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: A4VD20
#78: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15831.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M9B3
#80: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 8445.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MIK1
#81: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 16909.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22HE4

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タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 3M3l3m

#16: タンパク質・ペプチド UNK1


分子量: 2181.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
#17: タンパク質・ペプチド UNK2


分子量: 1781.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
#18: タンパク質・ペプチド UNK3


分子量: 1725.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255

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Acyl carrier ... , 2種, 2分子 ABAC

#29: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 16249.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22XT6
#30: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 15428.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MD12

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NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 3種, 3分子 ALS4V1

#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 22890.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: A4VDQ6
#53: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 21642.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7MK61
#61: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 52313.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
参照: UniProt: Q23KE4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

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Gamma-carbonic ... , 2種, 2分子 C1C2

#37: タンパク質 Gamma-carbonic anhydrase


分子量: 28216.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: Q22XU5
#38: タンパク質 Gamma-carbonic anhydrase


分子量: 25395.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255 / 参照: UniProt: I7M6S0

-
非ポリマー , 13種, 104分子

#82: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#83: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#84: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#85: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#86: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#87: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#88: 化合物
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#89: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#90: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#91: 化合物 ChemComp-ZMP / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate


分子量: 568.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O8PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#92: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#93: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#94: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial Super-complex I+III2 of Tetrahymena thermophila
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#81 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: SB255
緩衝液pH: 7.4
詳細: Solution were made fresh from concentrated stocks, filtered and de-gassed before equilibration onto Superose6 column
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol1
250 mMsodium chlorideNaCl1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
40.002 g/100 mlPhenylmethanesulfonyl fluoride1
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: incubation time before blotting: 60s, blot time: 9s, blot force: 25, offset: -2, incubation after blotting: 0s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 58616 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.9 sec. / 電子線照射量: 66.69 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7895

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2.0分類
13cryoSPARC3.2.0３次元再構成
14PHENIX1.19.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1144671
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203834 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 49.81 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027157251
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5165212535
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04622399
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003726830
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.910323587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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