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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tgb | |||||||||||||||||||||
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タイトル | [T:Ag+/Hg2+:T--(pH8.5-pH11; 60s in metals)] Metal-mediated DNA base pair in tensegrity triangle grown at pH 8.5 and soaked in pH 11 with Ag+ and Hg2+ for 60s | |||||||||||||||||||||
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![]() | DNA / tensegrity triangle / self-assembling crystal / metal-mediated mismatch | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10)![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Lu, B. / Vecchioni, S. / Seeman, N.C. / Sha, R. / Ohayon, Y.P. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic pH Titration of Silver and Mercury Mediated DNA Base Pairs 著者: Lu, B. / Ohayon, Y.P. / Sha, R. / Woloszyn, K. / Rothschild, L. / Wind, S. / Hendrickson, W. / Mao, C. / Seeman, N.C. / Vecchioni, S. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 483.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7tftC ![]() 7tfuC ![]() 7tfvC ![]() 7tfwC ![]() 7tfxC ![]() 7tfyC ![]() 7tfzC ![]() 7tg0C ![]() 7tg1C ![]() 7tg2C ![]() 7tg3C ![]() 7tg4C ![]() 7tg6C ![]() 7tg7C ![]() 7tg8C ![]() 7tg9C ![]() 7tgaC ![]() 7tgcC ![]() 7tgdC ![]() 8dxvC ![]() 8dxwC ![]() 8dxxC ![]() 8dxyC ![]() 8dxzC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6463.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2066.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#3: DNA鎖 | 分子量: 2129.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#4: DNA鎖 | 分子量: 2128.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Tris, magnesium sulfate, silver nitrate, mercury chloride Temp details: 338-293 at 0.4/hr |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00743 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 5.36→64.86 Å / Num. obs: 2160 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 358.74 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 5.36→6.17 Å / Num. unique obs: 428 / CC1/2: 0.531 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 398.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.36→41.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 5.36→41.02 Å
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