+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tfs | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM of the OmcE nanowires from Geobacter sulfurreducens | |||||||||
要素 | Cytochrome c | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / PROTEIN FIBRIL / helical symmetry / cytochrome nanowire / filament | |||||||||
機能・相同性 | Doubled CXXCH motif / Doubled CXXCH motif (Paired_CXXCH_1) / Multiheme cytochrome superfamily / HEME C / Cytochrome c 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Geobacter sulfurreducens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, F. / Mustafa, K. / Chan, C.H. / Joshi, K. / Hochbaum, A.I. / Bond, D.R. / Egelman, E.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of an extracellular Geobacter OmcE cytochrome filament reveals tetrahaem packing. 著者: Fengbin Wang / Khawla Mustafa / Victor Suciu / Komal Joshi / Chi H Chan / Sol Choi / Zhangli Su / Dong Si / Allon I Hochbaum / Edward H Egelman / Daniel R Bond / 要旨: Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens were first observed two decades ago, with genetic and biochemical data suggesting that conductive fibres were ...Electrically conductive appendages from the anaerobic bacterium Geobacter sulfurreducens were first observed two decades ago, with genetic and biochemical data suggesting that conductive fibres were type IV pili. Recently, an extracellular conductive filament of G. sulfurreducens was found to contain polymerized c-type cytochrome OmcS subunits, not pilin subunits. Here we report that G. sulfurreducens also produces a second, thinner appendage comprised of cytochrome OmcE subunits and solve its structure using cryo-electron microscopy at ~4.3 Å resolution. Although OmcE and OmcS subunits have no overall sequence or structural similarities, upon polymerization both form filaments that share a conserved haem packing arrangement in which haems are coordinated by histidines in adjacent subunits. Unlike OmcS filaments, OmcE filaments are highly glycosylated. In extracellular fractions from G. sulfurreducens, we detected type IV pili comprising PilA-N and -C chains, along with abundant B-DNA. OmcE is the second cytochrome filament to be characterized using structural and biophysical methods. We propose that there is a broad class of conductive bacterial appendages with conserved haem packing (rather than sequence homology) that enable long-distance electron transport to chemicals or other microbial cells. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tfs.cif.gz | 47.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7tfs.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tfs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tfs_validation.pdf.gz | 911.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7tfs_full_validation.pdf.gz | 920 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tfs_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tfs_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/7tfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/7tfs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25879MC 7tggC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 7
2 |
|
3 |
|
対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 7 / Rise per n subunits: 33.9 Å / Rotation per n subunits: 58.812 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23839.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Geobacter sulfurreducens (バクテリア) / 株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA / 参照: UniProt: Q74FJ0 | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Filament of OmcE protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Geobacter sulfurreducens (バクテリア) / 株: ATCC 51573 / DSM 12127 / PCA |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 58.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 33.9 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 346826 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|