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- PDB-7tfq: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tfq
タイトルCrystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK Bound to Copper Ion from Yersinia pestis
要素Pirin family protein Yhak
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / pirin family protein / bicupin / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...: / Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / FORMIC ACID / SUCCINIC ACID / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK Bound to Copper Ion from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pirin family protein Yhak
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5417
ポリマ－32,1431
非ポリマー3986
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.133, 100.737, 45.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-454-

HOH

21A-564-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pirin family protein Yhak / Pirin-related protein


分子量: 32142.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: YP_1950, EGX46_10965 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A2U2H063

-
非ポリマー , 5種, 187分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.28 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7, 35 %(w/v) tacsimate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 30621 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 18.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 1528 / CC1/2: 0.894 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→33.76 Å / SU ML: 0.1786 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.8937
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1956 1531 5.04 %
Rwork0.1655 28850 -
obs0.167 30381 94.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2180 0 23 181 2384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862341
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04243186
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4228855
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.80.30341250.23332278X-RAY DIFFRACTION83.09
1.8-1.870.23581470.20392588X-RAY DIFFRACTION95.1
1.87-1.940.20711320.18482657X-RAY DIFFRACTION97.01
1.94-2.030.17781340.16532645X-RAY DIFFRACTION96.29
2.03-2.130.18541230.15582651X-RAY DIFFRACTION96.25
2.14-2.270.16321500.15512619X-RAY DIFFRACTION95.32
2.27-2.440.22231500.16652593X-RAY DIFFRACTION94.65
2.44-2.690.19661410.17152594X-RAY DIFFRACTION92.52
2.69-3.080.21051320.17522583X-RAY DIFFRACTION92.73
3.08-3.880.17891460.15582706X-RAY DIFFRACTION96.16
3.88-33.760.18931510.15462936X-RAY DIFFRACTION98.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.36115190545-2.593207187530.8808517528694.03151026021-0.387467481410.6159509952480.1521760718470.0836231938383-0.5081379800820.0137531443008-0.1390621222080.3959020104030.1293053449140.00574483737130.01504091998240.153657526047-0.0168842367910.02779536755610.1468265103220.05214993722080.188794744535-4.2401941623813.340253856318.5535372595
21.15678533551-0.6103869315260.4447212436370.332974052587-0.06844141947022.163461541330.03915185654140.02360238487940.0505677508885-0.0334941171192-0.01702859787090.0375234032519-0.134639396011-0.0819951783683-0.02169147122120.114116690724-0.0118451597666-0.001045727938780.1208754958590.009331140741070.127829308964-2.0768689047930.033218722519.2943573208
31.96999142473-0.900393035099-1.422274169552.478227463850.5637462074772.387839253410.08786139898610.0767686526740.110880295891-0.1259202383740.0686796777354-0.229017294441-0.160983929379-0.0850524526566-0.0937584338150.0679194914386-0.0631911965793-0.006363819481830.120588250938-0.005434921154610.1604183392811.206896187229.755290714322.8666786484
41.090803497290.0995248534883-0.02124669390521.595974374240.6167223298051.51043705671-0.04025848676260.0796208899968-0.166083711702-0.0784368744860.104995933423-0.04358693180030.1199919029870.0270417245263-0.0619470060980.110466387511-0.00167243996738-0.004745419262940.1125080582230.001182550636120.1451689258619.2189731388713.203498622915.4329539396
52.87629780865-4.07522775188-0.1455072993186.2615516676-0.842666907753.92199370039-0.0900513724727-0.2212905884330.1430269995760.2131605672630.118984422179-0.0700904854493-0.01875202508580.0774020781766-0.02864983702370.095747553059-0.00403204016816-0.002057289859380.125258919179-0.007071170104160.0948613134509-3.901310497330.115043955339.9806275604
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 19 )0 - 191 - 20
22chain 'A' and (resid 20 through 128 )20 - 12821 - 129
33chain 'A' and (resid 129 through 152 )129 - 152130 - 153
44chain 'A' and (resid 153 through 257 )153 - 257154 - 258
55chain 'A' and (resid 258 through 283 )258 - 283259 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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