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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tfi | ||||||||||||
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タイトル | Atomic model of the S. cerevisiae clamp-clamp loader complex PCNA-RFC bound to DNA with an open clamp | ||||||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA replication / DNA damage repair / RFC loader / PCNA clamp / DNA polymerase processivity factor / DNA binding protein-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Rad17 RFC-like complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex ...DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Rad17 RFC-like complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication checkpoint signaling / PCNA complex / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / positive regulation of DNA replication / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of DNA repair / mismatch repair / translesion synthesis / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | ||||||||||||
![]() | Zheng, F. / Georgescu, R. / Yao, Y.N. / O'Donnell, M.E. / Li, H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures reveal that RFC recognizes both the 3'- and 5'-DNA ends to load PCNA onto gaps for DNA repair. 著者: Fengwei Zheng / Roxana Georgescu / Nina Y Yao / Huilin Li / Michael E O'Donnell / ![]() 要旨: RFC uses ATP to assemble PCNA onto primed sites for replicative DNA polymerases δ and ε. The RFC pentamer forms a central chamber that binds 3' ss/ds DNA junctions to load PCNA onto DNA during ...RFC uses ATP to assemble PCNA onto primed sites for replicative DNA polymerases δ and ε. The RFC pentamer forms a central chamber that binds 3' ss/ds DNA junctions to load PCNA onto DNA during replication. We show here five structures that identify a second DNA binding site in RFC that binds a 5' duplex. This 5' DNA site is located between the N-terminal BRCT domain and AAA+ module of the large Rfc1 subunit. Our structures reveal ideal binding to a 7-nt gap, which includes 2 bp unwound by the clamp loader. Biochemical studies show enhanced binding to 5 and 10 nt gaps, consistent with the structural results. Because both 3' and 5' ends are present at a ssDNA gap, we propose that the 5' site facilitates RFC's PCNA loading activity at a DNA damage-induced gap to recruit gap-filling polymerases. These findings are consistent with genetic studies showing that base excision repair of gaps greater than 1 base requires PCNA and involves the 5' DNA binding domain of Rfc1. We further observe that a 5' end facilitates PCNA loading at an RPA coated 30-nt gap, suggesting a potential role of the RFC 5'-DNA site in lagging strand DNA synthesis. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 468.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 378 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25873MC ![]() 7tfhC ![]() 7tfjC ![]() 7tfkC ![]() 7tflC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Replication factor C subunit ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 95048.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC1, CDC44, YOR217W, YOR50-7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 38254.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 3分子 FGH
#6: タンパク質 | 分子量: 29383.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#7: DNA鎖 | 分子量: 12214.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 6136.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 9分子 ![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-AGS / #10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 118384 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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