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- PDB-7tdx: Structure of FOXP3-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tdx
タイトルStructure of FOXP3-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
  • Forkhead box P3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / FOXP3 / Dimer / Forkhead / DNA / Treg / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of T cell cytokine production / regulatory T cell differentiation / negative regulation of defense response to virus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-2 production ...establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of T cell cytokine production / regulatory T cell differentiation / negative regulation of defense response to virus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of interleukin-10 production / histone acetyltransferase binding / NFAT protein binding / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of T cell proliferation / response to virus / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / response to lipopolysaccharide / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / FOXP, coiled-coil domain / : / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / FOXP, coiled-coil domain / : / FOXP coiled-coil domain / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein P3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Leng, F. / Hur, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: The transcription factor FoxP3 can fold into two dimerization states with divergent implications for regulatory T cell function and immune homeostasis.
著者: Leng, F. / Zhang, W. / Ramirez, R.N. / Leon, J. / Zhong, Y. / Hou, L. / Yuki, K. / van der Veeken, J. / Rudensky, A.Y. / Benoist, C. / Hur, S.
履歴
登録2022年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
A: Forkhead box P3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4763
ポリマ－29,4763
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.454, 89.454, 176.029
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Space group name HallP6c2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/2
#3: y,-x+y,z+1/2
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z
#10: -y,-x,-z+1/2
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 4244.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4311.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質 Forkhead box P3 / Scurfin


分子量: 20918.869 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 204-277,316-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Foxp3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Z59

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M lithium sulfate, 2% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→77.4 Å / Num. obs: 8070 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 97.74 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Num. unique obs: 776 / CC1/2: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6EL8

6el8


解像度: 3.1→46.77 Å / SU ML: 0.2617 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 45.4104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3148 411 5.27 %
Rwork0.2977 7394 -
obs0.2986 7805 96.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 137.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数778 571 0 0 1349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00641448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18842082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1398219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.9293375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.550.441260.44182290X-RAY DIFFRACTION92.99
3.55-4.470.42791330.33772451X-RAY DIFFRACTION96.78
4.47-46.770.25631520.25462653X-RAY DIFFRACTION98.66

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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