+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tdw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of FOXP3-DNA complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / FOXP3 / Dimer / Forkhead / DNA / Treg / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of CREB transcription factor activity / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of defense response to virus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation ...: / : / establishment of endothelial blood-brain barrier / response to rapamycin / negative regulation of interleukin-4 production / negative regulation of CREB transcription factor activity / negative regulation of T cell cytokine production / negative regulation of defense response to virus / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / histone acetyltransferase binding / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of interleukin-10 production / NFAT protein binding / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of T cell proliferation / T cell activation / response to virus / response to radiation / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Leng, F. / Hur, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: The transcription factor FoxP3 can fold into two dimerization states with divergent implications for regulatory T cell function and immune homeostasis. 著者: Leng, F. / Zhang, W. / Ramirez, R.N. / Leon, J. / Zhong, Y. / Hou, L. / Yuki, K. / van der Veeken, J. / Rudensky, A.Y. / Benoist, C. / Hur, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tdw.cif.gz | 61.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7tdw.ent.gz | 32.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tdw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/7tdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/7tdw | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7tdxC 6el8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22158.365 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 204-276,305-417 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Foxp3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Z59 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 4244.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4311.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 12% PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4→72.88 Å / Num. obs: 4178 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 174.77 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 4→4.14 Å / Num. unique obs: 398 / CC1/2: 0.935 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6EL8 解像度: 4→72.88 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.6994 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 269.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4→72.88 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|