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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tda | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the E. coli thiM riboswitch in complex with thiamine pyrophosphate, manganese ions | ||||||
![]() | thiM TPP riboswitch RNA (80-MER) | ||||||
![]() | RNA | ||||||
機能・相同性 | : / THIAMINE DIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nuthanakanti, A. / Serganov, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Subsite Ligand Recognition and Cooperativity in the TPP Riboswitch: Implications for Fragment-Linking in RNA Ligand Discovery. 著者: Zeller, M.J. / Nuthanakanti, A. / Li, K. / Aube, J. / Serganov, A. / Weeks, K.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 665.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 667.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 26860.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-TPP / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-MN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 % / 解説: Rod-shaped crystals |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: RNA (0.15 mM) was incubated in a buffer containing 5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 3 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.1 M KCl, and 0.5 mM spermine with 0.5 mM of TPP. the reservoir solution was 50 mM Bis-Tris ...詳細: RNA (0.15 mM) was incubated in a buffer containing 5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 3 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.1 M KCl, and 0.5 mM spermine with 0.5 mM of TPP. the reservoir solution was 50 mM Bis-Tris HCl, pH 6.5, 0.5 M NH4Cl, 10 mm MnCl2, and 30% (v/v) PEG2000 PH範囲: 6.0-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→30 Å / Num. obs: 12071 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 82.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.297 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 589 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.437 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2HOJ 解像度: 2.25→29.05 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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