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- PDB-7tcx: Methanobactin biosynthetic protein complex of MbnB and MbnC from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tcx
タイトルMethanobactin biosynthetic protein complex of MbnB and MbnC from Methylosinus trichosporium OB3b at 2.21 Angstrom resolution
要素
  • Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
  • Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Metalloprotein / Natural product biosynthetic protein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP04061, AZL007950 / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB / Uncharacterised protein family UPF0276 / RiPP precursor modification enzyme MbnB/TglH/ChrH / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Park, Y. / Reyes, R.M. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118035 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: A mixed-valent Fe(II)Fe(III) species converts cysteine to an oxazolone/thioamide pair in methanobactin biosynthesis.
著者: Park, Y.J. / Jodts, R.J. / Slater, J.W. / Reyes, R.M. / Winton, V.J. / Montaser, R.A. / Thomas, P.M. / Dowdle, W.B. / Ruiz, A. / Kelleher, N.L. / Bollinger Jr., J.M. / Krebs, C. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
B: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
C: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
D: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,64712
ポリマ－107,1204
非ポリマー5278
水6,179343
1
A: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
D: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8236
ポリマ－53,5602
非ポリマー2644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
2
B: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
C: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8236
ポリマ－53,5602
非ポリマー2644
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.655, 216.025, 216.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB


分子量: 31322.469 Da / 分子数: 2 / 変異: E67A, E69A, K70A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: mbnB, CQW49_07160 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5M1
#2: タンパク質 Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC


分子量: 22237.408 Da / 分子数: 2 / 変異: E162A, E164A, K165A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: mbnC, CQW49_07155 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2CY73
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, 20-26% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.722 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→48.33 Å / Num. obs: 60054 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.921 % / Biso Wilson estimate: 38.93 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 12.31 / Num. measured all: 784357
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.21-2.276.9051.0552.8154118848378380.9111.1492.4
2.27-2.337.0620.8793.5657109824380870.9290.94898.1
2.33-2.46.9770.674.5155973805580230.9480.72399.6
2.4-2.476.9820.5335.4653646776376840.9680.57599
2.47-2.556.850.4156.651522759475220.970.44999.1
2.55-2.646.6870.3277.749425740073910.9790.35499.9
2.64-2.746.0050.2678.3741399698468940.9770.29398.7
2.74-2.857.0530.20210.9647763679467720.9880.21899.7
2.85-2.987.2180.16412.7847118654465280.990.17799.8
2.98-3.137.2130.13514.8944771620762070.9920.146100
3.13-3.37.1390.11316.5642155591159050.9930.12299.9
3.3-3.57.1170.09718.739792559155910.9940.105100
3.5-3.747.060.08620.2337228527352730.9950.093100
3.74-4.046.8260.07921.4533138485548550.9940.086100
4.04-4.426.5440.07521.9729712454445400.9950.08199.9
4.42-4.945.8060.0721.2723005407039620.9940.07797.3
4.94-5.717.3710.0724.0426609361036100.9960.076100
5.71-6.997.5590.06824.5322958303730370.9950.072100
6.99-9.897.5470.05825.7217645233823380.9970.063100
9.89-48.337.260.05925.789271128712770.9950.06499.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7TCR

7tcr


解像度: 2.21→48.33 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 1997 3.37 %
Rwork0.183 57276 -
obs0.1842 59273 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.49 Å2 / Biso mean: 39.7504 Å2 / Biso min: 22.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→48.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7442 0 16 343 7801
Biso mean--51.04 39.38 -
残基数----915
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.21-2.270.31891300.28633710384091
2.27-2.330.33751390.24113991413098
2.33-2.40.27041420.219140964238100
2.4-2.470.28061410.21244029417099
2.47-2.560.32221430.21554075421899
2.56-2.660.26421410.2284083422499
2.66-2.790.26861410.21234043418499
2.79-2.930.23991440.204641154259100
2.93-3.120.27681420.209441034245100
3.12-3.360.24221460.210841554301100
3.36-3.690.22291440.180941494293100
3.69-4.230.18221470.154441924339100
4.23-5.330.16981440.14014127427198
5.33-48.330.16741530.154844084561100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.027 Å / Origin y: 2.5139 Å / Origin z: 81.4539 Å
111213212223313233
T0.2206 Å2-0.0473 Å20.0112 Å2-0.3189 Å2-0.0067 Å2--0.2762 Å2
L0.2568 °2-0.466 °20.0118 °2-1.4076 °20.2027 °2--0.3238 °2
S-0.0191 Å °0.0141 Å °0.0338 Å °0.0611 Å °-0.0121 Å °0.0359 Å °-0.0326 Å °0.0069 Å °0.0278 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 263
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 263
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 195
4X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 195
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 375
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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