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- PDB-7tcr: Methanobactin biosynthetic protein complex of MbnB and MbnC from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tcr
タイトルMethanobactin biosynthetic protein complex of MbnB and MbnC from Methylosinus trichosporium OB3b at 2.62 Angstrom resolution
要素
  • Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
  • Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Metalloprotein / Natural product biosynthetic protein / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP04061, AZL007950 / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB / Uncharacterised protein family UPF0276 / RiPP precursor modification enzyme MbnB/TglH/ChrH / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC / Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
類似検索 - 構成要素
生物種Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Park, Y. / Reyes, R.M. / Rosenzweig, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118035 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: A mixed-valent Fe(II)Fe(III) species converts cysteine to an oxazolone/thioamide pair in methanobactin biosynthesis.
著者: Park, Y.J. / Jodts, R.J. / Slater, J.W. / Reyes, R.M. / Winton, V.J. / Montaser, R.A. / Thomas, P.M. / Dowdle, W.B. / Ruiz, A. / Kelleher, N.L. / Bollinger Jr., J.M. / Krebs, C. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
B: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
C: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
D: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,83914
ポリマ－107,1204
非ポリマー71910
水1,02757
1
A: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
D: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9207
ポリマ－53,5602
非ポリマー3605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
2
B: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB
C: Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9207
ポリマ－53,5602
非ポリマー3605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.780, 215.640, 214.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnB


分子量: 31322.469 Da / 分子数: 2 / 変異: E67A, E69A, K70A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: mbnB, CQW49_07160 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2D5M1
#2: タンパク質 Methanobactin biosynthesis cassette protein MbnC


分子量: 22237.408 Da / 分子数: 2 / 変異: E162A, E164A, K165A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylosinus trichosporium OB3b (バクテリア)
遺伝子: mbnC, CQW49_07155 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D2CY73
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 % / 解説: yellow colored long plate
結晶化温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7, Bis-Tris, pH 6.5, 25% w/v PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.722 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→48.5 Å / Num. obs: 35237 / % possible obs: 99.26 % / 冗長度: 23.1 % / Biso Wilson estimate: 54.56 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.02517 / Rrim(I) all: 0.1268 / Net I/σ(I): 26.12
反射 シェル解像度: 2.62→2.714 Å / 冗長度: 23 % / Rmerge(I) obs: 0.8037 / Mean I/σ(I) obs: 5.47 / Num. unique obs: 3396 / CC1/2: 0.976 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.1693 / Rrim(I) all: 0.8218 / % possible all: 99.12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.62→48.5 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.8855
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2374 2000 5.68 %
Rwork0.2036 33237 -
obs0.2056 35237 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7434 0 26 57 7517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00287652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.566310394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04061108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.73891016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-2.680.44411360.40412251X-RAY DIFFRACTION96.8
2.68-2.750.46261410.34642351X-RAY DIFFRACTION99.12
2.75-2.830.33751400.30572313X-RAY DIFFRACTION98.47
2.83-2.930.3391390.26582327X-RAY DIFFRACTION97.28
2.93-3.030.28441400.24972316X-RAY DIFFRACTION99.76
3.03-3.150.27051440.23852388X-RAY DIFFRACTION99.88
3.15-3.290.27951430.24162382X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.470.28821420.24612360X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.690.20861430.20292387X-RAY DIFFRACTION99.96
3.69-3.970.21751440.16982387X-RAY DIFFRACTION99.96
3.97-4.370.22071440.17082399X-RAY DIFFRACTION99.26
4.37-50.18641460.15672411X-RAY DIFFRACTION98.88
5-6.30.19681440.18282397X-RAY DIFFRACTION98.3
6.3-48.50.19121540.16772568X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.252596490920.1020523969680.8992664965762.99863282813-0.9044018243093.54403871613-0.174283251264-0.08401480727810.6303390137970.15899880029-0.2364942326640.0563443159897-1.365497596340.1894803268770.1035313632830.976880690407-0.0804275111455-0.1322991877710.4501220422630.009858083508130.5474200243179.9845666225739.121811470393.2932000042
21.3625052629-2.06552457970.973972699177.78446598096-5.33199232213.84404710342-0.6996804871320.5059412041080.544722833470.02224630116270.259261933033-0.797288417753-0.718056984754-0.05266771042010.4289961312620.865198848759-0.205516018032-0.07999260167420.799640836884-0.005457852131040.67073178465318.740693150928.358188938392.1462997311
34.333272802341.3630236278-0.8623808291856.035172517-3.18932094558.63147865441-0.0668020754322-0.1585977276920.008616325078180.4956135116840.353285317502-0.594981352164-1.06732713787-0.180591923334-0.1979993215710.34958390803-0.0747785272035-0.009552710751080.572247255448-0.01894883899370.43563468443418.38742513920.298139398987.5818018504
44.895832121890.809835141318-0.000565286823375.39941169244-3.502026663083.081021820180.2262446313810.394298956234-0.1287210765780.268427536043-0.654070756614-1.57663122532-0.4799025491571.441955955730.4326804829770.546252863406-0.18481904844-0.0342232015980.7370115465420.04000070884140.81118077153126.822046471222.409149139484.8781139788
53.57683394550.4176160283190.5048878260574.787666060130.9294072612866.192135355770.05934784025040.501247726194-0.138425243248-0.425373902571-0.1360045029780.418265384920.404361393217-0.3665857356870.07929985876050.3817657417180.0488963907058-0.05616214135670.489790742663-0.0453173922160.4694094500225.42552623353-12.847534997272.142142126
63.26447607368-0.03830933866620.5915737463793.84235467290.560807825195.548147288140.3126020203460.5684898740070.187680424399-0.757562741051-0.260733882199-0.1850747368510.02404669284350.133468418056-0.05557300181040.4010992225380.06819866443640.03886364374460.456305759592-0.02576256999260.4121405671518.6712676028-9.6498098617773.0690367294
79.00294774176-0.1063248450771.220285162364.60881942871-1.448288017815.793005048580.0259735986910.2350870486320.552238432069-0.585384262662-0.0991211957181-0.671243403962-0.2003513308720.2247781511660.1168911343320.3723104313180.00153005885380.1487319576830.389402644845-0.0772665117210.55099515043525.9599457282-3.9088696882673.6085166199
81.86335545284-0.33468180056-0.8531419045533.376317914180.06215528611443.07113247919-0.0267163014284-0.1773473464790.06871689803450.3940505944590.169586309994-0.1073384914840.2059721011780.143942065575-0.141142959220.2669159783610.0519060440715-0.02407588732870.352293297737-0.03894729579670.35053972006317.3919657275-14.232468857391.7800320637
92.1240804157-2.71318967431-0.6086150364757.71712821570.6993836028620.230841185346-0.03325731396970.271524034351-0.559804334848-0.06380489842710.0348660296531.307639041540.299154841491-0.02410095804980.05529853808430.391601518145-0.05324138596530.06361569696010.5411799299340.006247043173920.5963847068891.8157398305-17.271222375690.0767931294
105.291768418811.10523889157-1.424983010678.745239268633.188766713857.76152386987-0.005987688867220.0273822803304-0.0148717026173-0.513605179942-0.3421380751380.8461174970470.255795201392-0.2371952437340.2829314896710.2792200978480.0298773500516-0.09959600529070.49069416003-0.05910150099660.623776016012-0.637423053157-17.205837515379.4121981017
114.64109917871-0.81310726823-1.640251747862.395734942281.824099786335.09791991006-0.280046952105-0.493131364485-0.3826635893460.8222952986350.2067282037170.04757303706940.5973226011710.6876001354280.04018734251020.6023491366580.1034938967130.004612944989790.3982728138370.02112490331890.41614930123922.7595292921-34.162228395993.5190001462
122.741937673590.316106632862-0.926392615347.10027771723-1.300305469134.24123891722-0.0179032570932-0.0844911064741-0.085236725598-0.1817863589910.0538064002424-0.4406383405960.3813547997660.13857719165-0.05701584048570.3454562934120.09347241702750.0139703017820.435267502627-0.01716971070070.44648590980730.1055549199-38.333322339773.1266182885
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 195 through 207 )AA195 - 207195 - 207
22chain 'A' and (resid 208 through 224 )AA208 - 224208 - 224
33chain 'A' and (resid 225 through 245 )AA225 - 245225 - 245
44chain 'A' and (resid 246 through 263 )AA246 - 263246 - 263
55chain 'B' and (resid 1 through 34 )BB1 - 341 - 34
66chain 'B' and (resid 35 through 64 )BB35 - 6435 - 64
77chain 'B' and (resid 65 through 82 )BB65 - 8265 - 82
88chain 'B' and (resid 83 through 204 )BB83 - 20483 - 204
99chain 'B' and (resid 205 through 234 )BB205 - 234205 - 234
1010chain 'B' and (resid 235 through 263 )BB235 - 263235 - 263
1111chain 'C' and (resid 2 through 50 )CC2 - 501 - 49
1212chain 'C' and (resid 51 through 122 )CC51 - 12250 - 121
1313chain 'C' and (resid 123 through 195 )CC123 - 195122 - 194
1414chain 'D' and (resid 2 through 50 )DD2 - 501 - 49
1515chain 'D' and (resid 51 through 122 )DD51 - 12250 - 121
1616chain 'D' and (resid 123 through 195 )DD123 - 195122 - 194
1717chain 'A' and (resid 1 through 46 )AA1 - 461 - 46
1818chain 'A' and (resid 47 through 126 )AA47 - 12647 - 126
1919chain 'A' and (resid 127 through 144 )AA127 - 144127 - 144
2020chain 'A' and (resid 145 through 194 )AA145 - 194145 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る