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Yorodumi- PDB-7tcm: Crystal Structure of aspartate-semialdehyde dehydrogenase from Ac... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tcm | ||||||
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Title | Crystal Structure of aspartate-semialdehyde dehydrogenase from Acinetobacter baumannii in complex with NADP | ||||||
Components | Aspartate-semialdehyde dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / aspartate-semialdehyde dehydrogenase / Acinetobacter baumannii / reductive dephosphorylation / NADP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information aspartate-semialdehyde dehydrogenase / aspartate-semialdehyde dehydrogenase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / NAD binding / NADP binding / protein dimerization activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of aspartate-semialdehyde dehydrogenase from Acinetobacter baumannii in complex with NADP Authors: Abendroth, J. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tcm.cif.gz | 370.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tcm.ent.gz | 250.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tcm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7skbS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41637.734 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: AcbaC.17885.a.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) Gene: asd, A4U85_16455, A7M79_04310, A7M90_00850, AB945B12_01579, Aba10324_13155, ABA1_00505, Aba3207_13625, Aba9102_08520, ABCAM1_0431, ABKPCSM17A_01579, ABR2090_3243, ABUW_3451, ACX61_16565, AM435_ ...Gene: asd, A4U85_16455, A7M79_04310, A7M90_00850, AB945B12_01579, Aba10324_13155, ABA1_00505, Aba3207_13625, Aba9102_08520, ABCAM1_0431, ABKPCSM17A_01579, ABR2090_3243, ABUW_3451, ACX61_16565, AM435_15890, AM457_06505, AN158_10835, AN415_03513, AT570_09565, AT571_09610, AUO97_09570, AWN74_02000, AXK18_06230, AYR68_01565, B4R90_00655, B7L35_10075, B7L43_09875, B7L45_17285, B9W69_01865, B9X95_14805, BAA1790NC_3240, BBX32_04865, BS065_16820, BS103_02010, C2U32_16770, C6N18_02990, CBL15_16380, CEJ64_04285, CHQ89_05190, CK824_16430, CPI82_07390, CSB70_0161, CTZ19_17155, D3X55_14075, D8O08_016425, DLI69_04520, DLI71_09400, DOL94_07895, DVA69_00765, E1A86_03360, E1A87_03810, E2538_04860, E2540_14275, EA667_016780, EA706_08250, EA720_008370, EA722_00480, EGX83_17575, EKS29_10330, EP550_16740, EP560_01405, EWO92_08255, EWO96_08505, EWP49_09585, F2P40_11035, F3P16_16550, F4T85_02365, F4T91_02330, F8B12_09455, F9K57_00965, FD887_00750, FD913_08045, FDF39_08485, FDN00_03760, FDO31_09120, FE003_17255, FGL68_13455, FJU36_06705, FJU76_11755, FJU87_00945, FQU82_00496, FR761_03465, G3N53_02155, GNY86_01050, GOD87_01905, H1058_02065, H1145_15800, H1159_02065, HLG75_16740, HLG77_15510, HWQ22_02430, HYI42_07470, IX88_04430, LV38_00123, LX00_02225, NCTC13305_01998, NCTC13421_03419, NCTC7364_00444, RU84_16220, SAMEA104305318_00176, SAMEA104305351_02004, SI89_03230, WP8W18E11_30280 Plasmid: AcbaC.17885.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: V5VGT0, aspartate-semialdehyde dehydrogenase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Molecular Dimensions/Calibre MCSG1 screen, condition B3: 200mM Ammonium acetate,100mM BisTris / HCl pH 5.5, 25% (w/V) PEG 3350: AcbaC.17885.a.B1.PW38925 at 18mg/ml + 3mM NADP: additionally ...Details: Molecular Dimensions/Calibre MCSG1 screen, condition B3: 200mM Ammonium acetate,100mM BisTris / HCl pH 5.5, 25% (w/V) PEG 3350: AcbaC.17885.a.B1.PW38925 at 18mg/ml + 3mM NADP: additionally soaked over night with 5mM NADP: tray 3420159 b5: 15% EG + soak: puck: xdl8-1. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Nov 21, 2021 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 53292 / % possible obs: 97.4 % / Redundancy: 3.498 % / Biso Wilson estimate: 33.934 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 18.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: apo structure, pdb entry 7SKB Resolution: 1.95→45.15 Å / SU ML: 0.1664 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.8697 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→45.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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