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- PDB-7tc2: Human APE1 in complex with 5-nitroindole-2-carboxylic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tc2
タイトルHuman APE1 in complex with 5-nitroindole-2-carboxylic acid
要素DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / AP Endonuclease1 / APE1 / inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / double-stranded telomeric DNA binding ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / double-stranded telomeric DNA binding / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 3'-5'-DNA exonuclease activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / phosphoric diester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA catabolic process / phosphodiesterase I activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / regulation of mRNA stability / telomere maintenance / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / base-excision repair / chromatin DNA binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / transcription corepressor activity / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / DNA recombination / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / nuclear speck / ribosome / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-nitro-1H-indole-2-carboxylic acid / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Pidugu, L.S. / Pozharski, E. / Drohat, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM072711, R35-GM136225 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Characterizing inhibitors of human AP endonuclease 1.
著者: Pidugu, L.S. / Servius, H.W. / Sevdalis, S.E. / Cook, M.E. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / Drohat, A.C.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,45711
ポリマ－128,4024
非ポリマー1,0557
水14,592810
1
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3693
ポリマ－32,1001
非ポリマー2682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3072
ポリマ－32,1001
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3693
ポリマ－32,1001
非ポリマー2682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4133
ポリマ－32,1001
非ポリマー3122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.647, 140.779, 89.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial


分子量: 32100.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APEX1, APE, APE1, APEX, APX, HAP1, REF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27695
#2: 化合物
ChemComp-GID / 5-nitro-1H-indole-2-carboxylic acid


分子量: 206.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 810 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, Sodium Formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→38.9 Å / Num. obs: 208003 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.06 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 1418646 / Scaling rejects: 1343
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.43-1.466.42.99465698103050.291.2533.2540.698.2
7.84-38.97.50.086980013130.9940.0330.09218.199.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (16-JUL-2021)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LND

4lnd


解像度: 1.43→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Blow DPI: 0.085 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.084
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 10228 4.96 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.252 206075 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9394 Å20 Å20.9179 Å2
2---3.568 Å20 Å2
3----1.3714 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8664 0 75 832 9571
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099070HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9912358HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3036SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1546HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9070HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1114SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8037SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 191 4.63 %
Rwork0.3587 3931 -
obs--72.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.43222.8177-1.10960-2.77-0.1219-0.21950.3053-0.09160.2780.0061-0.05750.1810.07170.2133-0.1443-0.0010.02310.07960.08910.054326.9313-22.137911.6124
20.00410.457-0.06280.035-0.06450.9061-0.0226-0.0261-0.0879-0.022-0.0633-0.0166-0.0208-0.04540.08590.0578-0.00510.0325-0.00070.0072-0.04235.0276-27.230219.5138
30.16550.0352-0.05030.2069-0.92531.00190.0080.00150.0126-0.11810.0229-0.01780.1761-0.0717-0.03090.1003-0.01210.0227-0.02730.0114-0.04443.4466-32.648411.7596
44.3416-1.47171.32051.6417-0.60790.1238-0.139-0.01240.2236-0.234-0.31960.5310.26840.21970.45860.1565-0.1488-0.0806-0.0899-0.0663-0.053-5.7787-34.3261.6079
55.7764-2.79332.911.7031.07860.3719-0.1847-0.3043-0.1428-0.0193-0.0022-0.03760.3891-0.30610.18690.0989-0.1013-0.0023-0.11930.10810.0417-4.8361-38.429313.6906
60.59550.91151.38240-1.89920.25640.1460.3244-0.103-0.22640.23290.27860.3196-0.4552-0.37890.0259-0.0761-0.00180.03250.0664-0.0218-8.6709-28.5317.9523
7-0.2942-0.48312.838501.98751.40530.01420.38060.0951-0.11390.09280.4830.0034-0.1731-0.1070.25060.09220.09980.09650.0584-0.2144-2.9317-24.4906-5.4618
80.8245-0.06860.36180-0.93080.3883-0.079-0.04850.0275-0.05680.1837-0.04590.0044-0.1481-0.10470.0211-0.01290.02390.04690.037-0.0532-7.6277-19.398910.5213
91.66240.2156-0.9470.04550.0390.9227-0.19780.0170.137-0.07510.22920.13090.06070.0246-0.03140.05010.0130.0168-0.02490.0372-0.01870.0761-8.20444.1399
100.3571-0.0815-0.20580-0.3490.6533-0.04550.019-0.03420.0442-0.0203-0.0233-0.1310.02050.06580.0683-0.01770.015-0.0261-0.0026-0.035812.0568-12.469612.1453
112.49921.4009-0.8510.01960.52071.20160.04630.3209-0.30710.2832-0.2617-0.2940.30930.15190.2154-0.05740.05060.07430.0530.05770.025121.7115-27.07073.3348
120.1385-0.0259-0.12290-0.2720.4544-0.0117-0.028-0.0510.0157-0.0271-0.0531-0.07470.01510.03880.0641-0.00020.0373-0.01480.0002-0.03558.8763-21.222517.6264
134.27641.1093-1.38020-2.8574-0.1525-0.0211-0.032-0.0058-0.10230.02050.04870.0930.02380.0006-0.0246-0.02230.03850.06160.0055-0.030724.2822-22.595656.9852
140.05910.14380.173700.11250.88680.014-0.0275-0.0527-0.0136-0.01680.03670.00220.00530.00290.0765-0.00520.02740.00440.0003-0.06832.669-26.761764.9165
150.31041.039-3.15392.17781.36254.75740.2041-0.0906-0.0573-0.0151-0.0299-0.0550.265-0.0414-0.17420.14580.0394-0.0083-0.10170.0208-0.03833.9249-37.77157.3222
160.37010.65740.8360-0.22691.39380.03670.0102-0.0524-0.02770.0560.02990.0370.0021-0.09270.0592-0.01070.02420.00510.0109-0.0543-1.7322-28.594456.2041
172.4433-0.98362.78730.546-1.81615.141-0.1670.34950.21840.3556-0.16150.51330.51880.15510.32850.1398-0.0760.008-0.0852-0.0275-0.0584-8.6674-36.520349.681
181.70682.7838-0.88210-0.16390.8816-0.04890.19030.0041-0.16870.21040.00440.5458-0.5304-0.16150.0454-0.03870.02210.02620.0269-0.0602-10.2317-30.548155.2545
19-0.1539-2.73391.41120.19371.54823.5966-0.00630.1996-0.0797-0.12530.03540.26250.2189-0.1973-0.02910.26120.03550.05010.12970.0734-0.2725-5.342-24.85438.6077
200.37150.28010.1040-0.04340.3672-0.0116-0.00920.1391-0.02610.0658-0.04760.0945-0.1173-0.05420.0196-0.00310.02770.04680.0179-0.0499-10.1111-19.746154.9589
211.8453-0.097-1.11770.43320.62160.1089-0.12670.07620.14080.03470.09210.10950.06330.09290.03460.07380.0110.029-0.03410.0525-0.0276-1.8784-9.232447.7918
220.257-0.1075-0.257900.22640.8195-0.0079-0.0306-0.0022-0.0688-0.0105-0.0007-0.11680.01680.01840.0612-0.01820.0342-0.02830.0097-0.025510.1538-10.945652.7305
230.5738-0.2607-0.042900.15580.29770.02050.04680.02190.0262-0.02390.0043-0.05510.04840.00350.0455-0.01310.0333-0.0024-0.0167-0.029510.6974-16.883558.478
24-0.04580.23230.44100.18590.24430.0412-0.0351-0.00810.004-0.0138-0.05160.01660.0082-0.02740.065-0.00440.03120.0076-0.0071-0.05734.8119-23.049365.0047
258.08090.8482.497602.95760.2345-0.31060.3124-0.40250.52790.18630.3331-0.5476-0.06790.1242-0.2018-0.03560.02030.1116-0.04840.096-3.275321.089313.9548
260.80610.07880.69260-0.4051.6218-0.0463-0.12350.1755-0.0303-0.0301-0.0181-0.02350.01260.07640.01580.00320.00660.0341-0.0403-0.055717.300922.74826.1883
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360.2069-0.0236-0.055500.1110.1785-0.0018-0.06820.0037-0.0093-0.00910.10460.02290.02420.01080.0304-0.00660.00450.01430.0092-0.029114.216819.437418.3797
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420.70372.7731-1.73741.64912.48025.3232-0.1839-0.4298-0.2849-0.2759-0.1618-0.41830.1270.36340.3457-0.03810.0724-0.05930.0521-0.0011-0.061231.033615.816456.6457
430.43491.2109-0.189200.18030.0513-0.2958-0.1246-0.1183-0.18090.06750.0110.00120.14830.22830.20210.02750.0196-0.0463-0.0019-0.131822.990214.740453.5426
441.58960.73412.76481.0229-0.35614.725-0.35030.0046-0.344-0.06950.1814-0.24490.0727-0.04370.16890.09650.01980.0865-0.1029-0.00650.002523.40144.977252.6577
45-0.01530.27750.12330.10020.12061.0346-0.2666-0.09530.0529-0.11250.03380.06410.14970.06030.23280.234-0.02690.046-0.13780.0017-0.07898.72998.431352.5176
460.08851.09271.00701.47920.1029-0.1442-0.00240.16670.1144-0.14630.10810.2828-0.10230.29050.20890.00430.0801-0.10910.0114-0.08637.344812.797459.9693
471.8592-1.88720.3941.34511.13140.63530.02260.16960.09690.03920.14740.0703-0.1031-0.2045-0.170.10670.024-0.1484-0.09940.05320.0207-0.841825.265347.3669
480.27340.3388-0.267400.1124-0.0281-0.1045-0.06430.0311-0.017-0.00830.24910.07190.09730.11280.21660.01870.0186-0.09460.0067-0.10311.366918.69262.8103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|37 - A|46 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|47 - A|76 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|77 - A|98 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|99 - A|108 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|109 - A|114 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|115 - A|122 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|123 - A|128 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|129 - A|172 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|173 - A|202 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ A|203 - A|269 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ A|270 - A|274 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ A|275 - A|318 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ B|37 - B|46 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ B|47 - B|76 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ B|77 - B|86 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ B|87 - B|99 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ B|100 - B|111 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ B|112 - B|122 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ B|123 - B|128 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ B|129 - B|171 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ B|172 - B|202 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ B|203 - B|241 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ B|242 - B|289 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ B|290 - B|318 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ C|38 - C|46 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ C|47 - C|69 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ C|70 - C|98 }
28X-RAY DIFFRACTION28{ C|99 - C|112 }
29X-RAY DIFFRACTION29{ C|113 - C|122 }
30X-RAY DIFFRACTION30{ C|126 - C|128 }
31X-RAY DIFFRACTION31{ C|129 - C|172 }
32X-RAY DIFFRACTION32{ C|173 - C|201 }
33X-RAY DIFFRACTION33{ C|202 - C|206 }
34X-RAY DIFFRACTION34{ C|207 - C|269 }
35X-RAY DIFFRACTION35{ C|270 - C|275 }
36X-RAY DIFFRACTION36{ C|276 - C|318 }
37X-RAY DIFFRACTION37{ D|41 - D|44 }
38X-RAY DIFFRACTION38{ D|45 - D|62 }
39X-RAY DIFFRACTION39{ D|63 - D|98 }
40X-RAY DIFFRACTION40{ D|99 - D|112 }
41X-RAY DIFFRACTION41{ D|113 - D|135 }
42X-RAY DIFFRACTION42{ D|136 - D|152 }
43X-RAY DIFFRACTION43{ D|153 - D|180 }
44X-RAY DIFFRACTION44{ D|181 - D|202 }
45X-RAY DIFFRACTION45{ D|203 - D|241 }
46X-RAY DIFFRACTION46{ D|242 - D|269 }
47X-RAY DIFFRACTION47{ D|270 - D|276 }
48X-RAY DIFFRACTION48{ D|277 - D|318 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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