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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tbd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmepsin X from Plasmodium vivax in complex with WM382 | ||||||
要素 | Plasmepsin X | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Aspartyl Protease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å | ||||||
データ登録者 | Hodder, A.N. / Christensen, J.B. / Scally, S.W. / Cowman, A.F. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Basis for drug selectivity of plasmepsin IX and X inhibition in Plasmodium falciparum and vivax. 著者: Hodder, A.N. / Christensen, J. / Scally, S. / Triglia, T. / Ngo, A. / Birkinshaw, R.W. / Bailey, B. / Favuzza, P. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. / Czabotar, P.E. / Lowes, K. / Guo, Z. / ...著者: Hodder, A.N. / Christensen, J. / Scally, S. / Triglia, T. / Ngo, A. / Birkinshaw, R.W. / Bailey, B. / Favuzza, P. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. / Czabotar, P.E. / Lowes, K. / Guo, Z. / Murgolo, N. / Lera Ruiz, M. / McCauley, J.A. / Sleebs, B.E. / Olsen, D. / Cowman, A.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tbd.cif.gz | 194.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tbd.ent.gz | 122.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tbd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tbd_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tbd_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tbd_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tbd_validation.cif.gz | 42.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/7tbd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/7tbd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tbbSC 7tbcC 7tbeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 42613.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) 遺伝子: PVC01_010019000, PVP01_0112200, PVT01_010014800 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A1G4H6I9, pepsin A |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 3種, 238分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.5, 2% (v/v) PEG 400 and 1 mM Anderson-Evans polyoxotungstate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.22→38.63 Å / Num. obs: 41807 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.22→2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3792 / CC1/2: 0.807 / Rpim(I) all: 0.473 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7TBB 解像度: 2.22→38.63 Å / SU ML: 0.2846 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.6512 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.22→38.63 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.02548695238 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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