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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tb0 | ||||||
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タイトル | E. faecium MurAA in complex with fosfomycin and UNAG | ||||||
![]() | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / MurAA / Enterococcus faecium | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, Y. / Shamoo, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Enolpyruvate transferase MurAA A149E , identified during adaptation of Enterococcus faecium to daptomycin, increases stability of MurAA-MurG interaction. 著者: Zhou, Y. / Utama, B. / Pratap, S. / Supandy, A. / Song, X. / Tran, T.T. / Mehta, H.H. / Arias, C.A. / Shamoo, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 725.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 596 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 109.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3r38S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 420 / Label seq-ID: 1 - 420
NCSアンサンブル:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 47115.844 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: murA2_1, murA, A5804_000851, AWT83_08655, B4W81_09255, BU183_03490, CQR37_00415, CUM68_02040, CUN04_00930, CWC53_05360, DKP91_12610, DPX30_10805, DTPHA_1403386, EB12_00335, EB44_00320, ...遺伝子: murA2_1, murA, A5804_000851, AWT83_08655, B4W81_09255, BU183_03490, CQR37_00415, CUM68_02040, CUN04_00930, CWC53_05360, DKP91_12610, DPX30_10805, DTPHA_1403386, EB12_00335, EB44_00320, F6440_10245, FIU59_00345, GBM73_14165 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A133CTP6, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 1621分子 ![](data/chem/img/UD1.gif)
![](data/chem/img/FFQ.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
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![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-UD1 / #3: 化合物 | ChemComp-FFQ / [( #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 % / 解説: 3D needle |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2.5mM UNAG and 2.5mM fosfomycin in the buffer containing 0.22 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 26% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月19日 |
放射 | モノクロメーター: C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→46.99 Å / Num. obs: 257217 / % possible obs: 97.27 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 16.56 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rrim(I) all: 0.1167 / Net I/σ(I): 9.09 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.709 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.8275 / Mean I/σ(I) obs: 1.94 / Num. unique obs: 25318 / CC1/2: 0.635 / Rrim(I) all: 0.956 / % possible all: 95.68 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3R38 解像度: 1.65→47.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 3.374 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.65→47.82 Å
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拘束条件 |
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