PDB-7ta9: Crystal Structure of thymidylate synthase from Acinetobacter baumannii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ta9

タイトル

Crystal Structure of thymidylate synthase from Acinetobacter baumannii

要素

Thymidylate synthase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / thymidylate synthase / deoxycytidylate hydroxymethylase / polypeptide binding / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of thymidylate synthase from Acinetobacter baumannii
著者: Bolejack, M.J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ta9.cif.gz	243.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ta9.ent.gz	194.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ta9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7ta9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7ta9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ix6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wy5-1 5x66-3 3ob7-2 5x66-2 3hb8-1 5x5q-3 3gg5-1 4ein-d 6i3k-1 1d2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase

B: Thymidylate synthase

ヘテロ分子

66.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.940, 73.760, 109.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thymidylate synthase / TS / TSase 分子量: 32895.266 Da / 分子数: 2 / 断片: AcbaC.00249.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: thyA, thyA_1 / プラスミド: AcbaC.00249.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VIF5, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.22 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein at 34 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, ...詳細: Protein at 34 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, and pentaethyleneglycol, and 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 (Morpheus E1). Cryo: Direct. Tray: 320511e1: pin: jjg2-4.

結晶

マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.22 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein at 34 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 10% w/v PEG 20,000, 20% v/v PEG MME 550, 0.03 M each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月9日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→44.52 Å / Num. obs: 83501 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 8.388 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.035 / R_rim(I) all: 0.038 / Χ²: 0.933 / Net I/σ(I): 38.92 / Num. measured all: 700365 / Scaling rejects: 1038

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54	5.692	0.56	3.91	31285	6182	5496	0.884	0.609	88.9
1.54-1.58	6.864	0.44	5.74	40727	6038	5933	0.939	0.473	98.3
1.58-1.63	7.863	0.353	7.81	45431	5863	5778	0.972	0.376	98.6
1.63-1.68	8.926	0.298	9.73	50405	5724	5647	0.984	0.315	98.7
1.68-1.73	8.924	0.234	12.42	48752	5526	5463	0.99	0.247	98.9
1.73-1.79	8.785	0.178	16.78	46692	5366	5315	0.995	0.188	99
1.79-1.86	8.954	0.142	21.45	46210	5186	5161	0.996	0.15	99.5
1.86-1.94	8.937	0.106	27.98	44263	4980	4953	0.998	0.112	99.5
1.94-2.02	9.005	0.074	35.5	43043	4800	4780	0.999	0.079	99.6
2.02-2.12	8.516	0.059	42.23	38986	4593	4578	0.999	0.062	99.7
2.12-2.24	8.86	0.046	51.32	38929	4408	4394	0.999	0.049	99.7
2.24-2.37	8.732	0.039	58.77	35913	4127	4113	0.999	0.041	99.7
2.37-2.54	8.981	0.034	66.48	35126	3914	3911	1	0.036	99.9
2.54-2.74	8.534	0.03	71.73	31020	3637	3635	1	0.032	99.9
2.74-3	8.604	0.027	80.24	28865	3360	3355	1	0.029	99.9
3-3.35	9.009	0.025	91.05	27559	3060	3059	1	0.026	100
3.35-3.87	8.427	0.022	96.12	22872	2721	2714	1	0.023	99.7
3.87-4.74	8.614	0.019	102.7	20019	2324	2324	1	0.02	100
4.74-6.71	8.701	0.018	100.44	15914	1830	1829	1	0.019	99.9
6.71-44.52	7.859	0.016	99.54	8354	1071	1063	1	0.017	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	v4438	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ix6

3ix6

解像度: 1.5→44.52 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	2026	2.43 %
R_work	0.1624	81465	-
obs	0.1631	83491	98.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.03 Å² / B_iso mean: 25.6334 Å² / B_iso min: 10.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→44.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4273	0	32	585	4890
B_iso mean	-	-	41.33	33.74	-
残基数	-	-	-	-	535

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.54	0.2387	120	0.2216	5160	5280	88
1.54-1.58	0.2665	139	0.1856	5709	5848	98
1.58-1.63	0.2203	135	0.1739	5757	5892	99
1.63-1.68	0.1846	158	0.1725	5761	5919	99
1.68-1.74	0.2282	140	0.1775	5780	5920	99
1.74-1.81	0.216	140	0.1919	5819	5959	99
1.81-1.89	0.2042	140	0.1807	5846	5986	99
1.89-1.99	0.2044	159	0.1687	5824	5983	99
1.99-2.11	0.1969	146	0.1657	5852	5998	100
2.11-2.28	0.1831	170	0.1648	5846	6016	100
2.28-2.51	0.195	141	0.1616	5923	6064	100
2.51-2.87	0.1945	143	0.1674	5965	6108	100
2.87-3.61	0.1773	148	0.1565	5998	6146	100
3.61-44.52	0.1755	147	0.1448	6225	6372	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2838	-0.0328	0.306	6.6363	-3.9601	4.0272	-0.0511	0.1304	0.1675	-0.1302	-0.0743	0.0324	-0.2856	-0.1477	0.1142	0.2117	0.0387	-0.0729	0.1512	-0.017	0.1947	50.4223	58.3538	11.3773
2	1.5706	0.6223	-0.2338	1.6391	0.6937	2.9227	0.0428	0.0123	0.162	0.0354	-0.1587	0.0702	-0.1776	-0.3633	0.1158	0.149	0.0446	-0.0205	0.1025	-0.0097	0.1917	51.0525	49.4462	18.4211
3	4.5664	-3.7569	0.9764	3.0902	-0.8137	1.8389	-0.0262	0.0147	0.5904	-0.0296	-0.0994	-0.4345	-0.3198	-0.0162	0.1168	0.2075	-0.0152	0.0192	0.1436	0.0294	0.2292	70.18	49.1532	9.2559
4	1.6679	0.3155	0.0114	3.3962	-0.7609	3.8463	0.0417	-0.1173	0.1818	0.2687	-0.0699	-0.3497	-0.3053	0.2137	0.0415	0.1406	-0.0307	-0.0339	0.1412	0.0147	0.2157	76.6376	40.0969	22.149
5	1.8824	-0.7928	0.6553	2.1189	-1.172	1.9591	-0.0037	-0.0813	-0.0905	0.049	-0.0655	-0.1085	0.0819	0.1036	0.1003	0.1079	-0.0004	-0.0013	0.1099	0.0182	0.1203	72.2801	27.0612	15.9921
6	1.7129	-0.4843	1.6216	1.5745	-1.6913	4.6421	0.0023	0.1581	-0.064	-0.095	-0.0122	-0.099	0.1692	0.1156	0.0484	0.1475	0.0125	0.0211	0.1565	-0.0013	0.1393	67.936	26.8274	4.2802
7	1.8108	0.1531	1.5788	1.446	0.3486	7.1423	0.0154	0.0049	-0.0174	-0.0383	-0.0471	-0.0236	-0.0495	-0.2475	0.0253	0.0802	0.009	0.0059	0.1343	-0.0038	0.1371	59.6087	32.5757	10.3023
8	1.2695	-0.3475	-0.9914	1.9017	0.856	1.8177	0.0837	0.0665	0.1029	-0.1677	-0.0629	-0.1015	-0.1749	-0.0354	0.0419	0.1238	0.0235	-0.0048	0.1235	0.022	0.1301	60.7041	44.1741	7.124
9	0.7742	-0.4731	-0.4173	1.5559	1.0327	1.8951	-0.0065	0.0126	0.1266	-0.0793	-0.0702	-0.0069	-0.2263	-0.0564	0.0318	0.1583	0.0084	-0.0312	0.1306	0.006	0.1562	55.6012	52.2951	14.9475
10	4.7313	-4.5996	-2.1543	5.702	2.5913	1.8443	0.2644	0.1061	0.5592	-0.5055	-0.0468	-0.4275	-0.4187	-0.0053	-0.1616	0.2952	-0.0113	0.0705	0.1858	0.045	0.2438	70.3395	50.3912	-0.4528
11	5.5507	3.1804	0.2477	2.8782	-1.6779	4.6825	0.2004	0.8941	0.4083	-0.1528	0.0051	0.5063	-0.2478	-0.5506	-0.1955	0.2721	0.0876	-0.0862	0.3344	-0.0079	0.2855	38.8618	39.0355	-0.1119
12	5.7711	0.4869	-1.4454	3.1612	-3.5313	4.0994	-0.1376	0.178	-0.2694	-0.2826	0.1842	0.65	0.3416	-0.5431	-0.0184	0.1728	-0.012	-0.0099	0.2343	-0.064	0.3602	34.6446	36.2668	13.9618
13	5.1919	0.1819	-1.3432	3.9947	1.2405	3.0571	-0.0837	0.2589	-0.2227	-0.2823	0.0127	0.0602	0.0961	-0.1359	0.0526	0.1484	-0.0472	-0.0037	0.137	-0.0289	0.1496	43.6691	12.7384	12.3227
14	1.5714	-0.2458	0.0607	1.991	-0.0218	1.3762	0.0787	-0.0143	-0.0752	0.0168	-0.0941	0.027	0.0124	0.0045	0.0074	0.1019	-0.022	0.003	0.119	-0.012	0.1088	52.1192	26.4557	18.9206
15	2.264	0.0239	0.4386	1.6215	-0.1687	2.9001	0.0705	0.3289	0.0179	-0.2166	-0.0652	0.4474	0.0258	-0.188	-0.017	0.1235	0.014	-0.0476	0.1807	-0.0518	0.2595	37.3424	32.1507	9.9971
16	5.5141	-0.6683	0.4038	4.1367	-0.2139	4.3868	-0.0719	-0.3093	-0.3984	0.1676	0.0786	0.9423	0.0663	-0.5959	-0.0514	0.2014	-0.0508	0.0832	0.2434	-0.0584	0.3346	32.5941	23.8659	25.4748

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -6 through 14 )	A	-6 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 15 through 40 )	A	15 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 63 )	A	41 - 63
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 64 through 102 )	A	64 - 102
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 119 )	A	103 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 137 )	A	120 - 137
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 138 through 171 )	A	138 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 172 through 207 )	A	172 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 208 through 237 )	A	208 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 238 through 268 )	A	238 - 268
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid -1 through 31 )	B	-1 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 32 through 48 )	B	32 - 48
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 49 through 102 )	B	49 - 102
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 103 through 188 )	B	103 - 188
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 189 through 238 )	B	189 - 238
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 239 through 266 )	B	239 - 266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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