PDB-7ta3: Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ta3

タイトル

Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by alpha-peptide-3

要素

Alpha-peptide-3
Tumor necrosis factor

キーワード

SIGNALING PROTEIN / tumor necrosis factor-alpha / signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / negative regulation of signaling receptor activity / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / : / negative regulation of amyloid-beta clearance / response to isolation stress / positive regulation of action potential / inflammatory response to wounding / positive regulation of interleukin-18 production / death receptor agonist activity / positive regulation of protein transport / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / cellular response to toxic substance / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of D-glucose import / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of podosome assembly / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / response to L-glutamate / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / phagocytic cup / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of synaptic transmission
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Niu, J. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Trimer-to-Monomer Disruption Mechanism for a Potent, Protease-Resistant Antagonist of Tumor Necrosis Factor-alpha Signaling.
著者: Niu, J. / Cederstrand, A.J. / Eddinger, G.A. / Yin, B. / Checco, J.W. / Bingman, C.A. / Outlaw, V.K. / Gellman, S.H.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ta3.cif.gz	214.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ta3.ent.gz	177.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ta3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7ta3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7ta3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ta6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Alpha-peptide-3

B: Tumor necrosis factor

C: Alpha-peptide-3

D: Tumor necrosis factor

42.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-peptide-3

B: Tumor necrosis factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Alpha-peptide-3

D: Tumor necrosis factor

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.560, 86.560, 143.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-peptide-3 分子量: 3604.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質	Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a 分子量: 17457.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1 M tris HCL pH 8.5, 12% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.12713 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→43.28 Å / Num. obs: 19636 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.4 % / B_iso Wilson estimate: 69.58 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.111 / R_rim(I) all: 0.113 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 20.51 / Num. measured all: 518383 / Scaling rejects: 24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.5-2.57	26.543	1.85	1.46	37770	1423	1423	0.868	1.886	100
2.57-2.64	27.9	1.507	1.98	38251	1372	1371	0.93	1.535	99.9
2.64-2.71	27.794	1.068	2.98	37856	1362	1362	0.957	1.087	100
2.71-2.8	27.712	0.917	3.55	36331	1311	1311	0.976	0.934	100
2.8-2.89	27.599	0.807	4.2	35216	1276	1276	0.971	0.822	100
2.89-2.99	27.328	0.558	5.93	33422	1223	1223	0.986	0.568	100
2.99-3.1	27.031	0.424	8.04	32005	1184	1184	0.992	0.432	100
3.1-3.23	26.587	0.307	10.94	30814	1160	1159	0.994	0.313	99.9
3.23-3.37	26.045	0.216	14.92	28519	1095	1095	0.996	0.221	100
3.37-3.54	23.529	0.165	19.31	24658	1051	1048	0.997	0.169	99.7
3.54-3.73	25.526	0.117	26.96	26088	1022	1022	0.998	0.119	100
3.73-3.95	27.575	0.106	32.05	26693	968	968	0.999	0.108	100
3.95-4.23	27.13	0.081	40.97	24607	907	907	0.999	0.083	100
4.23-4.56	26.82	0.065	50.07	22824	851	851	0.999	0.067	100
4.56-5	26.163	0.061	50.37	20433	781	781	1	0.063	100
5-5.59	25.574	0.066	47.38	18669	730	730	0.999	0.067	100
5.59-6.46	23.593	0.065	46.71	15170	643	643	0.999	0.067	100
6.46-7.91	22.136	0.052	52.72	12241	558	553	0.999	0.054	99.1
7.91-11.18	25.188	0.039	69.03	11360	451	451	1	0.04	100
11.18-43.28	19.626	0.042	54.84	5456	286	278	1	0.043	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	Mar 15, 2019	データ削減
XSCALE	Mar 15, 2019	データスケーリング
PHENIX	1.19.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TNF_A

解像度: 2.5→43.28 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2767	1934	9.91 %
R_work	0.2459	17589	-
obs	0.249	19523	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 226.36 Å² / B_iso mean: 98.6984 Å² / B_iso min: 54.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→43.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2758	0	0	13	2771
B_iso mean	-	-	-	70.55	-
残基数	-	-	-	-	355

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.56	0.4495	95	0.4003	1267	1362	99
2.56-2.63	0.3924	193	0.3626	1150	1343	99
2.63-2.71	0.3711	97	0.3385	1289	1386	100
2.71-2.8	0.3361	192	0.3311	1162	1354	99
2.8-2.9	0.4371	97	0.3427	1271	1368	100
2.9-3.01	0.383	96	0.3352	1260	1356	99
3.01-3.15	0.3627	194	0.3019	1189	1383	100
3.15-3.32	0.3228	97	0.2871	1284	1381	100
3.32-3.52	0.3122	194	0.2605	1189	1383	100
3.52-3.8	0.3126	97	0.2414	1305	1402	100
3.8-4.18	0.2567	146	0.2182	1260	1406	100
4.18-4.78	0.2457	145	0.1843	1276	1421	100
4.78-6.02	0.2541	97	0.2232	1340	1437	100
6.02-43.28	0.2164	194	0.2356	1347	1541	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3659	0.153	0.2198	0.1767	0.1107	0.1839	0.1323	-0.3429	-0.266	-0.9635	0.1076	0.8336	-1.9939	-0.137	0.0029	1.105	0.0496	0.0228	0.8479	-0.0556	0.8658	-6.034	-52.6812	-21.6957
2	0.048	0.0066	0.0025	0.0216	-0.0433	-0.027	0.6824	-0.3524	1.0482	0.7463	-1.5802	-1.2599	-0.929	0.8144	-0.0046	0.9555	-0.0626	-0.1495	1.1296	0.0948	0.988	5.3481	-58.0916	-25.0202
3	1.4015	1.4823	0.7138	2.1533	-0.1558	1.3162	0.0048	0.8676	-0.0636	1.4804	-0.3688	-0.8416	-0.5271	-0.6037	-0.002	1.1211	-0.1427	-0.109	0.7187	0.0063	0.8525	-1.122	-60.1081	-15.204
4	1.5274	0.009	-0.4878	4.0166	-0.1078	2.8136	0.0662	0.1488	-0.1992	0.0092	0.0148	0.005	0.0111	-0.0519	-0	0.6535	-0.0311	0.0035	0.6277	-0.057	0.7299	-10.4588	-65.3435	-28.1643
5	4.0469	0.4165	0.8095	0.3235	0.2463	2.6091	0.0609	-0.3789	-0.2223	0.6072	0.0867	-0.6784	0.2138	-0.549	-0.0004	0.7672	-0.0213	0.0855	0.6617	-0.0418	0.7014	-21.7684	-67.96	-21.5036
6	3.4908	-1.9751	0.69	2.2345	-0.7849	2.2063	0.0742	0.0817	0.1833	0.1883	-0.0586	-0.051	0.0042	-0.2273	0.0004	0.7915	-0.0267	0.0396	0.6297	-0.0333	0.6935	-15.798	-60.2568	-25.6709
7	0.3233	0.3242	0.2685	1.0746	-0.1054	0.4578	0.9762	-0.3985	-1.7034	0.2625	0.3519	0.6343	0.3946	0.1769	-0.0008	0.9551	0.0397	-0.0401	0.8278	-0.0616	1.0047	-36.9646	-86.7105	-9.9183
8	0.2762	0.059	0.016	0.2834	-0.1658	0.2242	0.94	-0.1935	1.0492	1.4085	0.501	-0.3926	-1.1953	0.7529	-0.0031	0.9437	-0.1701	0.2254	1.7993	-0.0824	0.919	-44.9213	-84.1321	-0.2023
9	1.2524	1.303	0.7898	1.75	-0.3694	1.4158	0.6828	-0.9384	0.2114	0.8982	-0.0988	-0.3738	0.1747	-0.7352	0.0018	1.1149	-0.1595	0.0879	0.8634	-0.0202	0.7838	-33.5327	-80.1104	-2.1138
10	2.891	-0.4637	-0.8826	2.6364	-1.6803	1.2946	0.5261	0.1223	0.2516	0.3198	0.0415	0.7871	-0.6918	-0.6516	-0.0036	0.8243	0.041	0.1537	0.7727	0.0357	0.9223	-44.7802	-75.4036	-14.8067
11	0.1241	0.1145	0.3059	0.3512	0.3621	0.7651	1.2017	-0.6093	-0.3507	0.2742	-0.4163	1.9814	1.1248	-1.703	0.0305	1.049	-0.0143	0.0904	1.2202	-0.0273	1.4571	-48.0191	-75.9643	-10.0836
12	1.204	1.7853	-0.94	1.8889	-0.3398	1.0045	0.088	-0.2283	0.3863	-0.2793	0.1711	0.679	-0.6965	-0.0161	0	0.8539	0.1222	0.0916	0.7659	-0.0652	0.8006	-38.3854	-71.0884	-13.452
13	1.4857	1.922	0.0495	1.1094	-0.2806	2.7251	-0.0031	0.2063	0.221	0.203	0.1127	0.388	0.0078	-0.2047	0.0004	0.7128	0.0157	0.0547	0.6386	0.0216	0.7482	-32.0885	-73.6458	-26.0177
14	0.9416	-0.0055	0.0699	0.2867	-0.3564	0.3288	-1.0025	0.5195	-0.2636	-1.0522	0.2469	-0.7164	0.629	0.3938	0.0007	1.3333	-0.0267	0.04	0.941	0.0568	0.9682	-29.4119	-94.3526	-36.4386
15	0.5234	-0.9125	-1.2542	1.4721	0.8038	1.1012	0.1304	0.032	0.3421	-0.1541	-0.1948	0.5033	-0.0022	-0.4046	-0.0002	0.8706	0.0091	0.0339	0.7794	0.0136	0.7929	-36.501	-76.9438	-18.5186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 16 )	A	11 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 17 through 31 )	A	17 - 31
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 8 through 74 )	B	8 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 75 through 99 )	B	75 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 100 through 157 )	B	100 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 11 )	C	1 - 11
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 12 through 16 )	C	12 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 17 through 31 )	C	17 - 31
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 9 through 27 )	D	9 - 27
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 28 through 38 )	D	28 - 38
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 39 through 66 )	D	39 - 66
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 67 through 98 )	D	67 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 99 through 113 )	D	99 - 113
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 114 through 157 )	D	114 - 157

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)