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- PDB-7ta2: Crystal structure of the human sperm-expressed surface protein SPACA6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ta2
タイトルCrystal structure of the human sperm-expressed surface protein SPACA6
要素Sperm acrosome membrane-associated protein 6
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Gamete fusion / sperm / fusogen / fertilization
機能・相同性Sperm acrosome membrane-associated protein 6 / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / BROMIDE ION / Sperm acrosome membrane-associated protein 6
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Vance, T.D.R. / Yip, P. / Jimenez, E. / Uson, I. / Lee, J.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-153281 カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: SPACA6 ectodomain structure reveals a conserved superfamily of gamete fusion-associated proteins.
著者: Vance, T.D.R. / Yip, P. / Jimenez, E. / Li, S. / Gawol, D. / Byrnes, J. / Uson, I. / Ziyyat, A. / Lee, J.E.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sperm acrosome membrane-associated protein 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,83911
ポリマ－27,0401
非ポリマー79910
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.984, 46.522, 167.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sperm acrosome membrane-associated protein 6 / BACHELOR-like protein


分子量: 27039.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPACA6, SPACA6P, UNQ2487/PRO5774
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: W5XKT8
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium chloride, PEG 3350, FOS-choline-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.91165 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91165 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→44.83 Å / Num. obs: 11487 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.25-2.326.70.75410290.8710.3030.815100
9-44.835.90.0462340.9990.0180.0599.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSv2.2.0データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JK9

5jk9


解像度: 2.25→44.83 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2553 583 5.1 %
Rwork0.2011 10848 -
obs0.2037 11431 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.54 Å2 / Biso mean: 48.4307 Å2 / Biso min: 14.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→44.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 0 10 65 1811
Biso mean--53.3 34.41 -
残基数----220
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.480.29381540.211426282782
2.48-2.830.26941540.205426402794
2.84-3.570.25531350.199327162851
3.57-44.830.24111400.198528643004
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.25120.57332.42712.27610.66738.34290.14160.57060.1614-0.7672-0.29480.34780.53630.63380.13490.61960.1085-0.13460.54240.05710.28055.91897.1046-9.1334
23.44280.52371.42232.643-0.4254.51050.31810.3479-0.3745-0.2992-0.11710.27930.6036-0.2534-0.17810.4120.056-0.06120.48880.01050.27798.4462.5346-0.8469
31.1278-0.0737-0.25920.45630.98625.0686-0.00780.3287-0.3402-0.4379-0.17090.14080.55220.17210.12770.63890.1158-0.05280.3503-0.04770.32919.9915-2.10028.0733
49.92040.33868.13381.66240.29426.90560.3386-0.1442-0.15430.03930.20980.03020.498-0.7643-0.46160.29090.04270.03270.36580.08030.27135.67897.369816.1703
53.37912.07182.72653.79662.76567.2139-0.0684-0.0630.06910.4613-0.188-0.23250.3060.23590.29560.21260.0474-0.04350.14880.04840.3576.304511.212546.0968
63.2771-1.5497-1.31243.8292.52674.42420.052-0.00710.3547-0.01340.1236-0.298-0.22780.219-0.13920.1225-0.0446-0.01210.12010.05330.24747.901718.692140.8817
73.77850.1658-0.76554.92591.40578.8472-0.0131-0.11470.05050.45760.0801-0.2149-0.5772-0.00370.04650.1824-0.0088-0.05160.0618-0.0060.26837.548917.67546.271
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 49 )A27 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 95 )A50 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 96 through 131 )A96 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 132 through 145 )A132 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 146 through 169 )A146 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 170 through 209 )A170 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 210 through 246 )A210 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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