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万見
- PDB-7t91: Crystal structure of Zinc finger motif 1 and 2 of GLI1 DNA bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t91
タイトルCrystal structure of Zinc finger motif 1 and 2 of GLI1 DNA binding region
要素Isoform 2 of Zinc finger protein GLI1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / GLI1 / DNA-binding / Zinc finger binding motif / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


notochord regression / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / regulation of hepatocyte proliferation / GLI-SUFU complex / ventral midline development / epidermal cell differentiation / pituitary gland development / ciliary tip / prostate gland development / proximal/distal pattern formation ...notochord regression / GLI proteins bind promoters of Hh responsive genes to promote transcription / regulation of hepatocyte proliferation / GLI-SUFU complex / ventral midline development / epidermal cell differentiation / pituitary gland development / ciliary tip / prostate gland development / proximal/distal pattern formation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / cerebellar cortex morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / Hedgehog 'off' state / regulation of osteoblast differentiation / ciliary base / digestive tract morphogenesis / smoothened signaling pathway / axoneme / spermatid development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of DNA replication / liver regeneration / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Degradation of GLI1 by the proteasome / lung development / Hedgehog 'on' state / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to wounding / osteoblast differentiation / microtubule binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger protein GLI1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wu, M. / Zhang, S. / Augelli-Szanfran, C.E. / Boohaker, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5RO1CA183921-05 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Zinc finger motif 1 and 2 of GLI1 DNA binding region
著者: Wu, M. / Zhang, S. / Augelli-Szafran, C.E. / Boohaker, R.J.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Zinc finger protein GLI1
B: Isoform 2 of Zinc finger protein GLI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1576
ポリマ－16,8952
非ポリマー2624
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.728, 66.728, 65.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Zinc finger protein GLI1 / Glioma-associated oncogene / Oncogene GLI


分子量: 8447.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLI1, GLI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08151
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 29-32% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→57.79 Å / Num. obs: 10542 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Num. unique obs: 818 / Rpim(I) all: 0.283

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GLI

2gli


解像度: 2.05→57.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 4.132 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 510 4.8 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.194 10027 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.65 Å2 / Biso mean: 45.175 Å2 / Biso min: 30.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0.32 Å2-0 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3---2.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→57.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1084 0 4 72 1160
Biso mean--39.66 50.03 -
残基数----129
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0131115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.241.6391496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2661.592228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0355127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.70620.7580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38715194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.41512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02294
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 40 -
Rwork0.251 732 -
all-772 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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