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- PDB-7t8z: Structure of Class A sortase from Streptococcus pyogenes bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t8z
タイトルStructure of Class A sortase from Streptococcus pyogenes bound to lipid II mimetic, LPATA: Thr-out conformation
要素
  • ACE-ALA-ZGL-LYS-DAL-DAL
  • BE2-LEU-PRO-ALA-THR-ALA-ALA
  • Sortaseソルターゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / sortase-fold / sortase (ソルターゼ) / eight-stranded beta barrel / transpeptidase / housekeeping sortase / surface protein (細胞膜)
機能・相同性Sortase A / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / cysteine-type peptidase activity / タンパク質分解 / : / ソルターゼ
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Piper, I.M. / Antos, J.M. / Amacher, J.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2044958 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structures of Streptococcus pyogenes class A sortase in complex with substrate and product mimics provide key details of target recognition.
著者: Johnson, D.A. / Piper, I.M. / Vogel, B.A. / Jackson, S.N. / Svendsen, J.E. / Kodama, H.M. / Lee, D.E. / Lindblom, K.M. / McCarty, J. / Antos, J.M. / Amacher, J.F.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase
B: BE2-LEU-PRO-ALA-THR-ALA-ALA
D: ACE-ALA-ZGL-LYS-DAL-DAL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7973
ポリマ－19,7973
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography to confirm monomeric protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.324, 57.677, 71.457
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sortase / ソルターゼ / Sortase A


分子量: 18621.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: srtA_1, srtA, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK54_03910, GUA39_04435, IB935_ ...遺伝子: srtA_1, srtA, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK54_03910, GUA39_04435, IB935_04675, IB936_04605, IB937_04535, IB938_05195, KUN2590_09100, KUN4944_08330, SAMEA1407055_00305, SAMEA1711581_00311, SAMEA1711644_00960, SPNIH34_10200, SPNIH35_09070
プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U7I1I9
#2: タンパク質・ペプチド BE2-LEU-PRO-ALA-THR-ALA-ALA


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 661.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002489
#3: タンパク質・ペプチド ACE-ALA-ZGL-LYS-DAL-DAL


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 514.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002489
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.15 M sodium acetate, 26% (w/v) PEG 8000, 0.1 M Tris pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→44.881 Å / Num. obs: 21335 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.98 % / Biso Wilson estimate: 22.82 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 0.09
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 6.53 % / Mean I/σ(I) obs: 3.49 / Num. unique obs: 3401 / CC1/2: 0.85 / Rrim(I) all: 0.594 / Rsym value: 0.547 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FN5

3fn5


解像度: 1.9→44.881 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 534 4.62 %
Rwork0.1842 11021 -
obs0.1862 11555 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.67 Å2 / Biso mean: 27.0534 Å2 / Biso min: 11.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→44.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1228 0 83 71 1382
Biso mean--47.04 35.95 -
残基数----159
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3381807
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.514761
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-2.09120.22871330.1882268898
2.0912-2.39380.22361390.183268298
2.3938-3.01590.2351250.2033274899
3.0159-44.8810.22741370.1755290399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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