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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t8y | |||||||||
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タイトル | Structure of Class A sortase from Streptococcus pyogenes bound to lipid II mimetic, LPATA: Thr-in conformation | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / sortase-fold / sortase (ソルターゼ) / eight-stranded beta barrel / transpeptidase / housekeeping sortase / surface protein (細胞膜) | |||||||||
機能・相同性 | Sortase A / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / cysteine-type peptidase activity / タンパク質分解 / : / ソルターゼ 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) Synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Piper, I.M. / Antos, J.M. / Amacher, J.F. | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structures of Streptococcus pyogenes class A sortase in complex with substrate and product mimics provide key details of target recognition. 著者: Johnson, D.A. / Piper, I.M. / Vogel, B.A. / Jackson, S.N. / Svendsen, J.E. / Kodama, H.M. / Lee, D.E. / Lindblom, K.M. / McCarty, J. / Antos, J.M. / Amacher, J.F. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t8y.cif.gz | 54.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t8y.ent.gz | 35.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t8y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18621.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: srtA_1, srtA, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK54_03910, GUA39_04435, IB935_ ...遺伝子: srtA_1, srtA, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK54_03910, GUA39_04435, IB935_04675, IB936_04605, IB937_04535, IB938_05195, KUN2590_09100, KUN4944_08330, SAMEA1407055_00305, SAMEA1711581_00311, SAMEA1711644_00960, SPNIH34_10200, SPNIH35_09070 プラスミド: pET18a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U7I1I9 |
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#2: タンパク質・ペプチド | タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 661.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002489 |
#3: タンパク質・ペプチド | タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 阻害剤 / 分子量: 514.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002489 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.93 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.15 M Na acetate, 26% PEG 8000, 0.1 M Tris pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→45.103 Å / Num. obs: 25396 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.87 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.47 / Num. unique obs: 4137 / CC1/2: 0.84 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3FN5 解像度: 1.8→45.103 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 56.64 Å2 / Biso mean: 24.0546 Å2 / Biso min: 6.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→45.103 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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