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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t7q | ||||||||||||
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タイトル | R-27 In Complex with S. aureus DHFR and alpha-NADPH - Remediated for comparison with tNADPH | ||||||||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DHFR / cofactor / Antibiotic resistance / Antifolates | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Reeve, S.M. / Wang, S. / Donald, B.R. / Wright, D.L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Chiral evasion and stereospecific antifolate resistance in Staphylococcus aureus. 著者: Wang, S. / Reeve, S.M. / Holt, G.T. / Ojewole, A.A. / Frenkel, M.S. / Gainza, P. / Keshipeddy, S. / Fowler, V.G. / Wright, D.L. / Donald, B.R. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18015.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: folA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NDW / |
#3: 化合物 | ChemComp-06U / |
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M MES pH 6.25, 0.1M Sodium Acetate, 13% PEG 10,000, 0.5% gamma-Butrylactone |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→31.88 Å / Num. obs: 10390 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 38.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 20.81 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 866 / % possible all: 92 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3F0Q 解像度: 2.2→31.846 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.846 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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