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- PDB-7t6f: Structure of active Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytok... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t6f
タイトルStructure of active Janus Kinase (JAK) dimer complexed with cytokine receptor intracellular domain
要素
  • Interferon lambda receptor 1
  • Tyrosine-protein kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / signaling complex / Janus Kinase / JAK / oncogenic mutation / gain-of-function mutation / cytokine receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway ...response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / Interleukin-20 family signaling / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / protein localization to cell-cell junction / interleukin-11-mediated signaling pathway / CCR5 chemokine receptor binding / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / interleukin-15-mediated signaling pathway / growth hormone receptor binding / cytokine receptor activity / interleukin-6-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / endomembrane system / type II interferon-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of protein localization to nucleus / protein phosphatase binding / defense response to virus / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / phosphorylation / response to antibiotic / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tissue factor / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak1 / Tissue factor / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Tyrosine-protein kinase / Interferon lambda receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Glassman, C.R. / Tsutsumi, N. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37AI051321 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Ludwig Institute for Cancer Research (LICR) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of a Janus kinase cytokine receptor complex reveals the basis for dimeric activation.
著者: Caleb R Glassman / Naotaka Tsutsumi / Robert A Saxton / Patrick J Lupardus / Kevin M Jude / K Christopher Garcia /
要旨: Cytokines signal through cell surface receptor dimers to initiate activation of intracellular Janus kinases (JAKs). We report the 3.6-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of full- ...Cytokines signal through cell surface receptor dimers to initiate activation of intracellular Janus kinases (JAKs). We report the 3.6-angstrom-resolution cryo-electron microscopy structure of full-length JAK1 complexed with a cytokine receptor intracellular domain Box1 and Box2 regions captured as an activated homodimer bearing the valine→phenylalanine (VF) mutation prevalent in myeloproliferative neoplasms. The seven domains of JAK1 form an extended structural unit, the dimerization of which is mediated by close-packing of the pseudokinase (PK) domains from the monomeric subunits. The oncogenic VF mutation lies within the core of the JAK1 PK interdimer interface, enhancing packing complementarity to facilitate ligand-independent activation. The carboxy-terminal tyrosine kinase domains are poised for transactivation and to phosphorylate the receptor STAT (signal transducer and activator of transcription)-recruiting motifs projecting from the overhanging FERM (four-point-one, ezrin, radixin, moesin)-SH2 (Src homology 2)-domains. Mapping of constitutively active JAK mutants supports a two-step allosteric activation mechanism and reveals opportunities for selective therapeutic targeting of oncogenic JAK signaling.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25715
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase
C: Interferon lambda receptor 1
D: Interferon lambda receptor 1
B: Tyrosine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,2338
ポリマ－291,8444
非ポリマー1,3894
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase


分子量: 136026.844 Da / 分子数: 2 / 変異: V657F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Jak1 / Variant: V657F / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: B1ASP2, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Interferon lambda receptor 1 / IFN-lambda R1 / Cytokine receptor class-II member 12 / Cytokine receptor family 2 member 12 / CRF2- ...IFN-lambda R1 / Cytokine receptor class-II member 12 / Cytokine receptor family 2 member 12 / CRF2-12 / Interleukin-28 receptor subunit alpha / IL-28 receptor subunit alpha / IL-28R-alpha / IL-28RA


分子量: 9895.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ifnlr1, Il28ra / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8CGK5
#3: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GCN4-zippered dimeric IFN-lambda intracellular domain bound to two Jak1s
タイプ: COMPLEX
詳細: Co-expressed GST-fused GCN4-IFN-lambda and full-length Jak1 in T. ni. GST tagged was removed by 3C protease digestion.
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.29 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8 / 詳細: additive: 0.01% w/v DDM
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHepes-sodium salt1
2500 mMsodium chloride1
31 % w/vglycerol1
41 mMadenosine1
51 mMTCEP1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: GCN4-mIFN-lambda-box1box2-mJak1 V657F
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: 3 s blotting before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 29000 X / 倍率（補正後）: 58680 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 29467

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3CTF補正
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3分類
13cryoSPARC3.3３次元再構成
CTF補正詳細: Final per-particle CTF values were determined by cryoSPARC Local CTF Refinement.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 17057371
詳細: Including non-proteinous features. The actual number of intact complex particles was ~1,429,325.
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 224615 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317462
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4723692
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.1076356
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042630
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033030

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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