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- PDB-7t6d: CryoEM structure of the YejM/LapB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t6d
タイトルCryoEM structure of the YejM/LapB complex
要素
  • Inner membrane protein YejM
  • Lipopolysaccharide assembly protein B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / YejM / YciM / regulation / lipopolysaccharide synthesis / LpxC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / lipopolysaccharide metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / membrane => GO:0016020 / iron ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide assembly protein B / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / : / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily ...Lipopolysaccharide assembly protein B / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / : / Inner membrane protein YejM / Inner membrane protein YejM, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3413) / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LPP / Chem-PGV / Inner membrane protein YejM / Lipopolysaccharide assembly protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Mi, W. / Shu, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Regulatory mechanisms of lipopolysaccharide synthesis in Escherichia coli.
著者: Sheng Shu / Wei Mi /
要旨: Lipopolysaccharide (LPS) is an essential glycolipid and forms a protective permeability barrier for most Gram-negative bacteria. In E. coli, LPS levels are under feedback control, achieved by FtsH- ...Lipopolysaccharide (LPS) is an essential glycolipid and forms a protective permeability barrier for most Gram-negative bacteria. In E. coli, LPS levels are under feedback control, achieved by FtsH-mediated degradation of LpxC, which catalyzes the first committed step in LPS synthesis. FtsH is a membrane-bound AAA+ protease, and its protease activity toward LpxC is regulated by essential membrane proteins LapB and YejM. However, the regulatory mechanisms are elusive. We establish an in vitro assay to analyze the kinetics of LpxC degradation and demonstrate that LapB is an adaptor protein that utilizes its transmembrane helix to interact with FtsH and its cytoplasmic domains to recruit LpxC. Our YejM/LapB complex structure reveals that YejM is an anti-adaptor protein, competing with FtsH for LapB to inhibit LpxC degradation. Structural analysis unravels that LapB and LPS have overlapping binding sites in YejM. Thus, LPS levels control formation of the YejM/LapB complex to determine LpxC protein levels.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide assembly protein B
B: Lipopolysaccharide assembly protein B
C: Inner membrane protein YejM
D: Inner membrane protein YejM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,2216
ポリマ－225,8234
非ポリマー1,3982
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area11020 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area61550 Å2

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要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide assembly protein B


分子量: 45546.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: lapB, lapB_1, lapB_2, yciM, A6519_003392, A8499_002320, A8W81_000860, A8X68_001918, A9X72_14480, AAG43_002492, ABE90_026530, ABT96_002964, ACN002_1742, ACN68_13760, ACU57_02830, ACW72_ ...遺伝子: lapB, lapB_1, lapB_2, yciM, A6519_003392, A8499_002320, A8W81_000860, A8X68_001918, A9X72_14480, AAG43_002492, ABE90_026530, ABT96_002964, ACN002_1742, ACN68_13760, ACU57_02830, ACW72_002916, AM270_04715, AM464_24460, AMK64_001197, AML23_13785, AO169_003132, AT335_001728, AT845_003561, AUQ29_06870, AW059_17045, B2D52_003072, B5N24_003363, B6L15_002768, B6R12_000713, B6R15_001447, B7C15_002578, B9T59_25470, BANRA_00913, BANRA_01922, BANRA_02272, BANRA_04238, BE930_07195, BF481_003525, BFL24_11350, BHF52_04915, BHS81_08140, BHS87_06805, BIZ41_06440, BJI68_16000, BK272_18185, BKD45_002476, BMC34_002615, BMT50_25160, BMT91_09485, BN17_11291, BOH76_12790, BON63_08380, BON65_11400, BON70_13430, BON72_10370, BON73_23360, BON76_22345, BON86_26965, BON87_00675, BON91_05790, BON93_04810, BON94_23115, BON95_24295, BON96_11840, BON98_20550, BTQ06_01755, BUE81_21790, BvCms2454_02783, BvCmsC61A_00867, BvCmsHHP019_01251, BvCmsHHP056_05185, BvCmsKKP005_01617, BvCmsKKP036_02977, BvCmsKKP057_02775, BvCmsKKP061_04930, BvCmsKSNP073_02552, BvCmsKSP011_00507, BvCmsKSP067_03395, BvCmsNSNP036_02647, BvCmsSIP082_03266, BVL39_21785, C2121_001848, C2U48_01890, C3F40_05575, C5F72_14800, C5N07_15420, C5Y87_08390, C6B13_16180, C6B22_15545, C6L19_000308, C6N50_002146, C7B02_10605, C9114_03730, C9160_12100, C9E67_15785, C9Z62_12310, CA593_21440, CBT22_000243, CCS08_27640, CCZ91_000907, CDL36_22330, CDL37_04200, CDL57_24010, CF32_002531, CG692_05225, CG831_002162, CIG67_22415, CLG78_002326, CN875_001332, CO706_02845, COD50_12455, CQP61_13055, CS116_002344, CT143_17675, D0X26_18180, D2183_20380, D3G36_18000, D3O91_23240, D3Y67_04030, D4U49_17205, D4V09_13060, D5H22_10790, D6T60_03370, D9D77_16425, D9E49_04245, D9F92_17650, D9H13_01425, D9H94_11055, D9J11_07075, D9K17_12190, DAH18_14065, DAH23_15505, DAH34_16510, DAH50_11685, DB282_08780, DEN89_18990, DEO15_14770, DIV22_30895, DM968_19040, DRW19_11270, DS732_11480, DS966_14175, DTL43_11095, DTL90_01335, DXB10_15580, DXB10_16775, DXT69_00360, DXT71_10990, DXT73_13915, E0I42_06310, E2112_02885, E2123_11980, E2127_03390, E2128_00455, E2129_00375, E3N34_18830, E4K51_14885, E4K54_14850, E5P52_03605, E5S34_10145, E5S35_09160, E5S38_11225, E5S43_08140, E5S47_06570, E5S52_03675, E5S61_07790, EAI46_04695, EAN77_13100, EBP16_17290, EC1094V2_2484, EC3234A_230c01430, EC95NR1_00326, ECs1853, ED648_03900, EGC08_11645, EH88_003316, EHD79_11840, EHH55_10950, EI021_13605, EI041_15605, EIA08_16130, EIA13_10710, EIZ93_19170, EKI52_01585, EL79_2487, EL80_2488, ELT21_12950, ELT31_16165, ELT33_13755, ELT49_21030, ELT58_08985, ELU83_12175, ELU95_16765, ELV08_11905, ELV10_01715, ELX76_20405, ELY05_10955, EO241_12655, EQO00_13740, ERS085358_00939, ERS085386_02975, ERS085406_00731, Esc0902E_14650, ETECE1373_02637, ETECE36_03510, EVY14_13400, EWK56_17840, ExPECSC038_05182, EXX13_01995, EYX47_09350, EYX55_08745, F6U69_15745, F9400_07670, F9407_04140, F9S76_06015, F9V07_00360, F9V24_11000, F9X20_015225, F9X20_15355, FC554_07815, FDM60_05915, FE587_04450, FEJ01_09950, FFF58_19650, FGG80_24000, FKO60_08750, FMP09_02050, FOI11_006585, FOI11_13555, FPI65_07590, FPS82_10375, FQE77_10850, FQF29_23035, FV293_10890, FY127_08365, G4A38_11915, G5603_19860, G5632_16960, G5696_03530, G6Z99_13635, G7635_000932, G9448_04240, GAJ26_07165, GBE29_13210, GF147_07410, GF646_08560, GF699_11645, GFY34_05975, GFZ60_14750, GIB53_11460, GKF86_18860, GKF89_20570, GKG12_03945, GLW94_11560, GNZ05_13290, GOP20_20825, GP662_03380, GQA06_04230, GQE42_15065, GQE64_13610, GQE87_12585, GQF58_06905, GQF59_08575, GQM06_04685, GQM10_06545, GQW07_00450, GQW76_09945, GRO95_01570, GRQ19_03720, GRW05_11530, GRW57_13825, GRW80_12460, GRW81_07680, GUB08_18980, H0O72_03640, H4P50_08895, H4P51_14150, HH411_001987, HH795_004427, HHG09_004014, HHH44_001843, HIE44_002503, HIF90_001390, HIR12_001593, HJN04_001209, HJO75_002524, HJS41_002779, HL425_08705, HL601_11520, HLZ20_07505, HLZ50_09210, HMJ82_13920, HMS79_05245, HMU48_18525, HMV41_16070, HMV95_10465, HNC38_13520, HNC52_13050, HND12_15785, HND24_14400, HNO08_14040, HNV65_09995, HNV94_15550, HNY50_11855, HNY54_14470, HV109_13370, HVV39_23985, HVV53_02660, HVW04_04200, HVW11_24340, HVY77_14595, HVZ33_13530, HVZ71_13670, HZ71_002608, I6H00_07305, I6H01_24000, I6H02_25750, JE86ST02C_16760, JE86ST05C_16890, NCTC10089_02682, NCTC10090_00861, NCTC10418_04179, NCTC10429_05120, NCTC10764_02333, NCTC10767_05193, NCTC10865_03455, NCTC11022_01072, NCTC11112_05334, NCTC11181_04717, NCTC13127_03637, NCTC13216_03875, NCTC4450_04325, NCTC7927_03033, NCTC8008_02211, NCTC8500_03093, NCTC8960_05553, NCTC8985_01499, NCTC9036_02890, NCTC9045_03196, NCTC9048_03637, NCTC9050_00806, NCTC9073_01700, NCTC9081_03892, NCTC9117_03545, NCTC9434_03952, NCTC9706_00177, NCTC9777_04051, NCTC9969_02938, PGD_01970, PU06_14205, RG28_16120, SAMEA3472043_03563, SAMEA3472056_02600, SAMEA3472080_01068, SAMEA3484427_01617, SAMEA3484429_01482, SAMEA3485101_02085, SAMEA3485110_04597, SAMEA3751407_01252, SAMEA3752386_00749, SAMEA3752557_02954, SAMEA3753064_00168, SAMEA3753290_01068, SAMEA3753300_03507, THOESC010_24410, TUM18780_23450, UN91_04670, WP2S18E08_26240, WP4S18E08_25230, WQ89_18230, WR15_00725
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pLysS / 参照: UniProt: C3TC27
#2: タンパク質 Inner membrane protein YejM


分子量: 67364.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: yejM, pbgA, yejM_2, A6583_09370, A6592_11615, A8499_001072, A8C65_16830, A8W81_001303, A9X72_08400, ACN002_2250, ACU57_09240, ADS93_002353, AM340_15765, AM464_02270, APX88_05005, AUQ29_ ...遺伝子: yejM, pbgA, yejM_2, A6583_09370, A6592_11615, A8499_001072, A8C65_16830, A8W81_001303, A9X72_08400, ACN002_2250, ACU57_09240, ADS93_002353, AM340_15765, AM464_02270, APX88_05005, AUQ29_19365, AW086_07975, AW118_16940, AWP47_24265, AZZ83_002338, B6R12_000845, B6R15_004238, B6R17_002480, B6R27_005186, B6R48_001484, B6R87_001451, B9T59_22870, BANRA_00752, BANRA_04871, BE930_28735, BER14_18270, BF271_000946, BFL24_16505, BG821_000075, BH692_09340, BHS87_12530, BIQ87_13040, BJI68_13215, BJJ90_08330, BK272_02805, BK373_07505, BM922_001699, BMC79_000422, BMT49_13905, BMT91_00115, BN17_14751, BO068_002744, BON72_16040, BON73_18350, BON76_17375, BON86_23915, BON87_08430, BON92_16815, BON93_21655, BON94_17700, BON96_18625, BON98_04460, BOY03_001080, BUE81_18280, BUE82_07615, BvCms2454_04584, BvCmsHHP019_05090, BvCmsSIP024_01508, BWI89_02190, BZL69_09245, C4952_001182, C4M78_17535, C5715_06575, C5F72_09155, C5Y87_12800, C6B13_00290, C6B22_01615, C7B02_03025, C9E67_09155, C9Z43_08610, C9Z68_16250, CA593_16265, CCS08_24350, CCV12_002491, CD42_001250, CDL36_01005, CDL37_14785, CDL57_04530, CG692_11165, CG831_003323, CQP61_10000, CT143_04215, D0X26_21125, D1912_29500, D2183_09840, D3822_12865, D3G36_02140, D3O91_01050, D3Y67_09165, D4U49_06490, D4V09_19965, D9F92_03905, D9H13_11200, D9J11_19635, D9J61_06525, DAH23_00425, DAH34_05185, DAH37_09170, DEN86_03840, DLW88_13930, DM968_07875, DNX30_05665, DS732_17010, DS966_01280, DTM10_09095, DTM45_08440, DU321_11480, DXB10_11805, E0N24_08640, E2119_00760, E2123_11275, E2127_01995, E2128_04195, E2129_08825, E3N34_20700, E4K51_00800, E4K54_03780, E5P52_00935, EA239_06720, EA435_00905, EC3234A_43c00110, ECs3080, EI021_01330, EI041_05800, EIA08_04310, ELT17_13065, ELT21_02385, ELT33_04940, ELT48_05200, ELT49_19620, ELT58_04240, ELT72_00755, ELV10_04545, ELV13_02810, ELV22_00720, ELV24_08035, ELX56_00815, ELX68_00770, ELX69_02045, ELX70_02545, ELX76_00500, ELX79_03840, ELX83_15305, ELY05_14680, ELY23_08830, ELY24_08630, ELY50_02880, EO241_01170, EPS76_06925, EQO00_09055, ERS085386_00298, ETECE925_01624, EWK56_07190, ExPECSC038_02216, EXX79_04640, F2N27_23515, F2N28_23660, F3N40_00740, F6U69_01695, F7F11_05890, F9386_09630, F9571_15145, F9S83_16100, F9V24_17745, FFF58_08555, FGG80_10995, FHR00_02145, FJQ51_21990, FKO60_02570, FMP09_00770, FNJ67_09010, FOI11_001990, FOI11_18055, FPI65_13810, FQF29_23785, FZN30_10900, G3565_00930, G3813_002500, G4A38_04620, G5603_04965, G6P89_08200, GF147_03470, GFY48_00705, GKF52_07460, GKG12_01680, GKZ24_12255, GLW94_00250, GNO40_04250, GP711_04060, GQE64_02255, GQE87_19270, GQW07_05465, GQW68_08245, GQW76_18825, GQW80_04770, GRC73_01825, GRO95_13145, GRQ19_15575, GRW05_06845, GRW80_02890, GRW81_01115, GTP88_01785, GUB92_18760, GUI33_19260, GW978_00750, GXU05_002919, GXV26_001787, H5C78_15085, HH411_001705, HH795_001884, HHG09_004071, HI055_001135, HIE29_002609, HIE44_001815, HIT56_002195, HJM92_004122, HJO75_003640, HJQ60_001849, HJS37_000913, HJS41_002956, HJU54_002487, HL425_00735, HL601_00640, HLU10_10190, HLU56_15835, HLV18_10515, HLZ20_01885, HmCms169_00898, HMJ82_13430, HMS79_06405, HMU06_05650, HMU48_06105, HMV95_16605, HMV95_25940, HNC30_04745, HNC36_11220, HNC38_05860, HNC52_14840, HNC59_05410, HNC66_16020, HNC99_03425, HND12_03865, HND24_03720, HNO08_17220, HNV94_03750, HNY50_05155, HNY54_04060, HPE39_17300, HVV39_02785, HVV53_07965, HVW04_24015, HVW43_25590, HVX16_08400, HVZ33_08545, HX136_08025, HZ71_001224, MJ49_19865, MS7163_02295, NCTC10082_04105, NCTC10089_01672, NCTC10764_00976, NCTC10767_02951, NCTC11022_02170, NCTC11126_04042, NCTC12950_01951, NCTC13127_02131, NCTC13216_04902, NCTC8008_01090, NCTC8500_01909, NCTC8959_02126, NCTC9001_02081, NCTC9044_05974, NCTC9045_01997, NCTC9048_01750, NCTC9073_01555, NCTC9081_05148, NCTC9434_01706, NCTC9702_01992, NCTC9706_04975, SAMEA3472064_00873, SAMEA3472080_00462, SAMEA3472112_02618, SAMEA3472117_02395, SAMEA3472120_00721, SAMEA3484427_01505, SAMEA3484429_01356, SAMEA3751407_04919, SAMEA3752312_00374, SAMEA3752386_04909, SAMEA3752557_00509, SAMEA3753064_00496, SAMEA3753290_01284, SAMEA3753300_00187, SM09_02308, WP2S18E08_17110, WP4S18E07_15720, WP4S18E08_15980, WQ89_02845
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): star pLysS / 参照: UniProt: C3T3G2
#3: 化合物 ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: complex of YejM and YciM / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 225.556 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 8.84 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092 / 動画フレーム数/画像: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.2CTF補正
9cryoSPARC3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1181379 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: THROUGHOUT
原子変位パラメータBiso max: 137.57 Å2 / Biso mean: 49.2648 Å2 / Biso min: 20.65 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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