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- PDB-7t63: Crystal structure of a delta 6 18:0-ACP desaturase from Thunbergi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t63
タイトルCrystal structure of a delta 6 18:0-ACP desaturase from Thunbergia laurifolia
要素DESATURASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / DELTA6 FATTY ACID DESATURASE / BINUCLEAR IRON CENTER / ELECTRON TRANSFER
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Thunbergia laurifolia (ローレルカズラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, Q. / Chai, J. / Shanklin, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Divergent evolution of extreme production of variant plant monounsaturated fatty acids.
著者: Gan, L. / Park, K. / Chai, J. / Updike, E.M. / Kim, H. / Voshall, A. / Behera, S. / Yu, X.H. / Cai, Y. / Zhang, C. / Wilson, M.A. / Mower, J.P. / Moriyama, E.N. / Zhang, C. / Kaewsuwan, S. / ...著者: Gan, L. / Park, K. / Chai, J. / Updike, E.M. / Kim, H. / Voshall, A. / Behera, S. / Yu, X.H. / Cai, Y. / Zhang, C. / Wilson, M.A. / Mower, J.P. / Moriyama, E.N. / Zhang, C. / Kaewsuwan, S. / Liu, Q. / Shanklin, J. / Cahoon, E.B.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DESATURASE
B: DESATURASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,1596
ポリマ－78,9352
非ポリマー2234
水9,350519
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.896, 129.700, 62.996
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 23 through 356)
d_2ens_1(chain "B" and (resid 23 through 331 or resid 340 through 341 or resid 344 through 356))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ARGVALA2 - 325
d_21ens_1ARGARGB1 - 309
d_22ens_1ALAGLUB318 - 319
d_23ens_1SERVALB322 - 334

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.118476228695, 0.301506663052, -0.94607458235), (0.295683112082, -0.898848903108, -0.323484383876), (-0.947910797736, -0.318063486614, 0.0173417997618)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.118476228695, 0.301506663052, -0.94607458235), (0.295683112082, -0.898848903108, -0.323484383876), (-0.947910797736, -0.318063486614, 0.0173417997618)
ベクター: 115.527113547, 50.5116193258, 123.529016125)

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要素

#1: タンパク質 DESATURASE


分子量: 39467.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thunbergia laurifolia (ローレルカズラ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M BICINE, 2-4% v/v 1,4-Dioxane, 10% w/v Polyethylene glycol 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 1.74333 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.74333 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 90410 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 28.03 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 1389 / CC1/2: 0.576

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AFR

1afr


解像度: 2→39.82 Å / SU ML: 0.2209 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.6433
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2258 4580 5.07 %
Rwork0.2076 85830 -
obs0.2085 90410 83.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 4 520 5828
拘束条件タイプ: f_dihedral_angle_d / Dev ideal: 17.2159 / 数: 2022
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.14829727196 Å
LS精密化 シェル解像度: 2→2.02 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4421 57 -
Rwork0.4241 970 -
obs--28.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.91740833579-0.453381345574-0.0679468253811.796001910290.4299115071551.7408049190.03512866074590.2580971991430.552120432213-0.118419207311-0.0447436283645-0.508751300133-0.2889661401020.420289476615-0.04039378938940.330807323091-0.007011753433510.007063800418920.4067950509390.04749915866850.28767887164681.420283079933.296379016315.8177964481
20.1796865177410.3183181938810.0141101531020.5454855814960.108095520231.670786694330.0753736604507-0.02424782708120.006976126180920.0228403458427-0.0670158449720.167512600972-0.0591222579734-0.2652805887630.02898207304080.2534763386090.000984740953514-0.02646977046670.28833379144-0.007859074098550.25478346222659.473312994133.238912775439.7083978521
32.07001929198-2.04173498539-1.207123521626.061954610672.708228674552.93632696841-0.2764557847450.269107256035-0.6395183829250.600121169937-0.2000213528181.175893560740.605083156774-0.7360137115450.3632499974240.30874351123-0.1202703715860.04654539218450.3561250733730.03274645151390.4259355066256.252234179118.455468375754.7986137554
40.29894212197-0.1709498818390.06054523197360.692443917484-0.1720834717790.8270183180260.023989956620.03680771841450.0555632956448-0.0741815614616-0.119046357519-0.203915393679-0.02958521009130.212831785030.05027917049010.252509196472-0.00209052150844-0.0119479021790.3002029378740.01319057364730.28128403832277.070262918327.275712399335.1770479235
50.279717831453-0.07012851292230.2225102479610.55982351867-0.1384265293330.9893749149620.002147005617820.00674633451886-0.0255857422288-0.04235951939070.0271926579794-0.04028457022320.09093951206720.0191527331219-0.02020838793530.20297029336-0.0174966951219-0.01092197180220.224207980047-0.01438246440930.20841534555474.593009254625.553558312340.641803141
61.517141414130.29067158924-0.7358676010430.299023671914-0.1492547069742.31178255162-0.01864810527940.09441489523490.0145616068815-0.0425627801075-0.001394306884270.02970826800840.0839137212264-0.009088063641050.01777817569530.2384314460790.00200267545839-0.03402307241350.212427878932-0.02175622747390.23604347308270.229831120320.957197759525.7947284961
70.4546617379770.209885987875-0.04340839014140.893133162872-0.3086747082422.01207494398-0.05231887605240.223379115887-0.214497990803-0.04727521601350.0629567148366-0.09997999846860.2892432565620.2547783020970.0558528771940.3362202126440.00966715378253-0.006855704242040.263994747661-0.01788985863750.31616904586577.997608212910.805730738.9330905311
82.39701509712-0.484665149414-0.09905632638421.844256724130.5113026473163.02190092238-0.152954088080.233218692546-0.1525462593610.03420195942790.1277932832710.1858363281830.299296260803-0.128561039096-0.00638820507430.298655311743-0.0220444585346-0.009926084785690.258260801381-0.03648904209420.2705623661972.156834359914.989071333414.6592306605
90.276876155120.2303940030440.004123270420580.559323777017-0.6389433247635.44326665659-0.021300873550.0572384485996-0.134238551879-0.153882256201-0.0553489078567-0.001022504928150.792646045450.1000013620860.06734003267560.3677685292080.05181093699280.003895647983890.274565717539-0.01148834395490.30104865876477.4740689717.6054482018227.242926358
101.335430097640.341111495033-0.4902778579961.45025678787-0.6342977627770.8176421530960.0486313327548-0.0809131979219-0.0649278733886-0.00361500419307-0.0260637379137-0.1643617145920.003582956243170.2238391777550.07614811196050.2324787173370.00277763783252-0.000896351794650.293029381043-0.02834894750720.29093512683498.70925959235.366840232741.2702735036
111.408141889170.29108368325-0.1837464213312.12100780676-0.3231128364341.087789284140.0128105607925-0.335439804051-0.08175926416150.426930647042-0.05304512978980.31617919344-0.0333906277503-0.132406974664-0.01052378756010.311630300383-0.01569884040790.0428697958240.314713584032-0.01934506562290.21007526005966.98262405728.733083896262.9386108279
120.961662351898-0.281770382007-0.3954495830540.2324516938480.1172879288310.3355881090690.012847070340.06883284705080.0691347924185-0.01834927549910.0286238317209-0.06244587386920.0164646065256-0.0303713087758-0.008823969294290.231178554471-0.0205731587118-0.007400096211090.236204221393-0.003748129102880.2260613784380.790777646634.971625100345.413999507
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 22 through 45 )AA22 - 451 - 24
22chain 'A' and (resid 46 through 70 )AA46 - 7025 - 49
33chain 'A' and (resid 71 through 86 )AA71 - 8650 - 65
44chain 'A' and (resid 87 through 125 )AA87 - 12566 - 104
55chain 'A' and (resid 126 through 179 )AA126 - 179105 - 158
66chain 'A' and (resid 180 through 256 )AA180 - 256159 - 235
77chain 'A' and (resid 257 through 288 )AA257 - 288236 - 267
88chain 'A' and (resid 289 through 312 )AA289 - 312268 - 291
99chain 'A' and (resid 313 through 356 )AA313 - 356292 - 325
1010chain 'B' and (resid 23 through 55 )BB23 - 551 - 33
1111chain 'B' and (resid 56 through 86 )BB56 - 8634 - 64
1212chain 'B' and (resid 87 through 152 )BB87 - 15265 - 130
1313chain 'B' and (resid 153 through 179 )BB153 - 179131 - 157
1414chain 'B' and (resid 180 through 241 )BB180 - 241158 - 219
1515chain 'B' and (resid 242 through 272 )BB242 - 272220 - 250
1616chain 'B' and (resid 273 through 288 )BB273 - 288251 - 266
1717chain 'B' and (resid 289 through 312 )BB289 - 312267 - 290
1818chain 'B' and (resid 313 through 338 )BB313 - 338291 - 316
1919chain 'B' and (resid 339 through 356 )BB339 - 356317 - 334

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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