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- PDB-7t58: Crystal structure of Miz1 BTB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t58
タイトルCrystal structure of Miz1 BTB domain
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
キーワードPROTEIN BINDING / Protein-protein interaction domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / gastrulation with mouth forming second / regulation of immune system process / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific ...ectoderm development / XBP1(S) activates chaperone genes / gastrulation with mouth forming second / regulation of immune system process / G1 to G0 transition / negative regulation of cell cycle / core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of cytokine production / protein-DNA complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. ...C2H2-type zinc finger / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05333123838 Å
データ登録者Linhares, B.M. / Cierpicki, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Prediction of BTB domain ligandability guided by protein dynamics
著者: Linhares, B.M. / Kharchenko, V. / Cierpicki, T. / Jaremko, L.
履歴
登録2021年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
B: Zinc finger and BTB domain-containing protein 17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7384
ポリマ－25,5812
非ポリマー1562
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.919, 115.898, 64.252
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-379-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 17 / Myc-interacting zinc finger protein 1 / Miz-1 / Zinc finger protein 151 / Zinc finger protein 60


分子量: 12790.745 Da / 分子数: 2
断片: Protein-protein interaction domain (UNP residues 1-115)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB17, MIZ1, ZNF151, ZNF60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13105
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% w/v PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.053→41.305 Å / Num. obs: 13322 / % possible obs: 91.38 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 28.2077185953 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 11.03
反射 シェル解像度: 2.053→2.127 Å / Rmerge(I) obs: 0.4381 / Num. unique obs: 1025

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Q81

2q81


解像度: 2.05333123838→41.304806318 Å / SU ML: 0.234426987689 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37849270882 / 位相誤差: 25.5241821045
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231493196937 607 4.55637291698 %
Rwork0.182276851431 12715 -
obs0.184587497565 13322 91.4030874786 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.6214738525 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05333123838→41.304806318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1725 0 8 216 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001957630716081771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4252405305292396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0377136785071284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00264936705242306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.68940726891056
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0534-2.260.3219451994411200.2333123223482646X-RAY DIFFRACTION77.3057574064
2.26-2.58690.2658180015241690.2125716873953243X-RAY DIFFRACTION94.8041122534
2.5869-3.25910.2562892440541490.1898246140433326X-RAY DIFFRACTION95.782800441
3.2591-41.3040.1938413846741690.1598342137373500X-RAY DIFFRACTION97.3467763332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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