PDB-7t3s: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC8-9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t3s

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC8-9

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor ribbon synapse / kinocilium / inner ear auditory receptor cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.966 Å

データ登録者

Sandhu, J.S. / De La Torre, P. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC8-9
著者: Sandhu, J.S. / De La Torre, P. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2021年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t3s.cif.gz	59.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t3s.ent.gz	38.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7t3s_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t3s_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7t3s_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7t3s_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tfkS 5tflS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.827, 56.194, 93.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 25550.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaCl 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.966→48.213 Å / Num. obs: 4947 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.8 % / CC_1/2: 0.966 / Net I/σ(I): 7.75
反射シェル	解像度: 2.97→3.02 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 224 / CC_1/2: 0.809 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5tfl,5tfk

5tfl

5tfk

解像度: 2.966→48.213 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.832 / SU B: 24.59 / SU ML: 0.446 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.538 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2992	253	5.201 %
R_work	0.2139	4611	-
all	0.218	-	-
obs	-	4864	98.761 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.865 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.044 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.179 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.966→48.213 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1614	0	4	1	1619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.014	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.442	1.654	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.07	1.576	3570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.942	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.953	23.086	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.566	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.254	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.042	0.2	233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.141	0.2	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.136	0.2	759
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.063	0.2	818
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.125	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.101	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.141	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.66	5.494	838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.643	5.49	837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.944	8.226	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.945	8.231	1045
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.276	5.685	806
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.275	5.69	807
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.271	8.449	1209
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.271	8.454	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.858	62.67	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.856	62.711	1622

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.966-3.043	0.191	18	0.342	312	0.333	354	0.79	0.808	93.2203	0.342
3.043-3.126	0.503	18	0.271	320	0.281	347	0.719	0.836	97.4063	0.271
3.126-3.216	0.406	20	0.29	302	0.297	332	0.731	0.849	96.988	0.29
3.216-3.315	0.196	13	0.239	305	0.237	326	0.916	0.895	97.546	0.239
3.315-3.423	0.351	27	0.236	285	0.247	313	0.871	0.906	99.6805	0.236
3.423-3.542	0.266	15	0.22	296	0.222	311	0.878	0.916	100	0.22
3.542-3.675	0.355	19	0.216	268	0.225	287	0.857	0.915	100	0.216
3.675-3.824	0.324	15	0.228	281	0.232	296	0.88	0.914	100	0.228
3.824-3.993	0.341	14	0.201	254	0.207	268	0.861	0.921	100	0.201
3.993-4.187	0.284	11	0.206	268	0.21	280	0.89	0.92	99.6429	0.206
4.187-4.411	0.346	14	0.183	225	0.195	240	0.897	0.922	99.5833	0.183
4.411-4.676	0.195	11	0.191	244	0.191	256	0.921	0.919	99.6094	0.191
4.676-4.996	0.263	7	0.211	202	0.212	211	0.886	0.911	99.0521	0.211
4.996-5.391	0.23	9	0.205	212	0.206	221	0.879	0.925	100	0.205
5.391-5.899	0.356	11	0.182	188	0.19	199	0.873	0.939	100	0.182
5.899-6.583	0.708	4	0.189	175	0.196	179	0.519	0.937	100	0.189
6.583-7.577	0.317	12	0.19	151	0.199	164	0.877	0.952	99.3902	0.19
7.577-9.224	0.249	8	0.156	140	0.163	148	0.963	0.963	100	0.156
9.224-12.812	0.152	6	0.174	109	0.173	115	0.973	0.974	100	0.174
12.812-48.213	0.111	1	0.236	74	0.235	78		0.958	96.1538	0.236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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