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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t3i | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the Rix7 D2 Walker B mutant | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOMAL PROTEIN / AAA-ATPase / Rix7 / substrate translocation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 preribosome binding / ribosome biogenesis / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Kocaman, S. / Stanley, R.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022 タイトル: Communication network within the essential AAA-ATPase Rix7 drives ribosome assembly. 著者: Seda Kocaman / Yu-Hua Lo / Juno M Krahn / Mack Sobhany / Venkata P Dandey / Matthew L Petrovich / Suhas K Etigunta / Jason G Williams / Leesa J Deterding / Mario J Borgnia / Robin E Stanley / 要旨: Rix7 is an essential AAA+ ATPase that functions during the early stages of ribosome biogenesis. Rix7 is composed of three domains including an N-terminal domain (NTD) and two AAA+ domains (D1 and ...Rix7 is an essential AAA+ ATPase that functions during the early stages of ribosome biogenesis. Rix7 is composed of three domains including an N-terminal domain (NTD) and two AAA+ domains (D1 and D2) that assemble into an asymmetric stacked hexamer. It was recently established that Rix7 is a presumed protein translocase that removes substrates from preribosomes by translocating them through its central pore. However, how the different domains of Rix7 coordinate their activities within the overall hexameric structure was unknown. We captured cryo-electron microscopy (EM) structures of single and double Walker B variants of full length Rix7. The disordered NTD was not visible in the cryo-EM reconstructions, but cross-linking mass spectrometry revealed that the NTD can associate with the central channel in vitro. Deletion of the disordered NTD enabled us to obtain a structure of the Rix7 hexamer to 2.9 Å resolution, providing high resolution details of critical motifs involved in substrate translocation and interdomain communication. This structure coupled with cell-based assays established that the linker connecting the D1 and D2 domains as well as the pore loops lining the central channel are essential for formation of the large ribosomal subunit. Together, our work shows that Rix7 utilizes a complex communication network to drive ribosome biogenesis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t3i.cif.gz | 608.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t3i.ent.gz | 486 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t3i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t3i_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t3i_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t3i_validation.xml.gz | 92.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t3i_validation.cif.gz | 139.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 89419.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0002840 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZG1 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM structure of Rix7 D2 Walker B mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 584000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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