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- PDB-7t3h: MicroED structure of Dynobactin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t3h
タイトルMicroED structure of Dynobactin
要素TRP-ASN-SER-ASN-VAL-HIS-SER-TYR-ARG-PHE
キーワードANTIBIOTIC / antibiotics / drug development / natural product / Bam A / MicroED
生物種Photorhabdus australis (バクテリア)
手法電子線結晶学 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Yoo, B.-K. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C. / Miller, R.D. / Iinishi, A. / Lewis, K. / Bowman, S.
資金援助2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation177084
Swiss National Science Foundation187170
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Computational identification of a systemic antibiotic for gram-negative bacteria.
著者: Ryan D Miller / Akira Iinishi / Seyed Majed Modaresi / Byung-Kuk Yoo / Thomas D Curtis / Patrick J Lariviere / Libang Liang / Sangkeun Son / Samantha Nicolau / Rachel Bargabos / Madeleine ...著者: Ryan D Miller / Akira Iinishi / Seyed Majed Modaresi / Byung-Kuk Yoo / Thomas D Curtis / Patrick J Lariviere / Libang Liang / Sangkeun Son / Samantha Nicolau / Rachel Bargabos / Madeleine Morrissette / Michael F Gates / Norman Pitt / Roman P Jakob / Parthasarathi Rath / Timm Maier / Andrey G Malyutin / Jens T Kaiser / Samantha Niles / Blake Karavas / Meghan Ghiglieri / Sarah E J Bowman / Douglas C Rees / Sebastian Hiller / Kim Lewis /
要旨: Discovery of antibiotics acting against Gram-negative species is uniquely challenging due to their restrictive penetration barrier. BamA, which inserts proteins into the outer membrane, is an ...Discovery of antibiotics acting against Gram-negative species is uniquely challenging due to their restrictive penetration barrier. BamA, which inserts proteins into the outer membrane, is an attractive target due to its surface location. Darobactins produced by Photorhabdus, a nematode gut microbiome symbiont, target BamA. We reasoned that a computational search for genes only distantly related to the darobactin operon may lead to novel compounds. Following this clue, we identified dynobactin A, a novel peptide antibiotic from Photorhabdus australis containing two unlinked rings. Dynobactin is structurally unrelated to darobactins, but also targets BamA. Based on a BamA-dynobactin co-crystal structure and a BAM-complex-dynobactin cryo-EM structure, we show that dynobactin binds to the BamA lateral gate, uniquely protruding into its β-barrel lumen. Dynobactin showed efficacy in a mouse systemic Escherichia coli infection. This study demonstrates the utility of computational approaches to antibiotic discovery and suggests that dynobactin is a promising lead for drug development.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRP-ASN-SER-ASN-VAL-HIS-SER-TYR-ARG-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3111
ポリマ－1,3111
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.230, 9.730, 19.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド TRP-ASN-SER-ASN-VAL-HIS-SER-TYR-ARG-PHE


分子量: 1311.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Photorhabdus australis (バクテリア)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Microcrystals / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Photorhabdus australis (バクテリア)
緩衝液pH: 8.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm
撮影電子線照射量: 0.0165 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k)
EM回折カメラ長: 641 mm
EM回折 シェル解像度: 1.05→9.5 Å / フーリエ空間範囲: 98.6 % / 多重度: 6.96 / 構造因子数: 5002 / 位相残差: 15 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 98 % / 再高解像度: 1.05 Å / 測定した強度の数: 59418 / 構造因子数: 6485 / 位相誤差の除外基準: NULL / Rmerge: 0.205
反射最高解像度: 0.9 Å / Num. obs: 3490 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 17.162 % / Biso Wilson estimate: 11.208 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rrim(I) all: 0.211 / Χ2: 0.849 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 59896 / Scaling rejects: 65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.05-1.0818.7190.6723.1648672652600.920.68998.1
1.08-1.1118.6930.4784.0445612462440.970.49199.2
1.11-1.1417.7080.4394.7243032462430.9760.45198.8
1.14-1.1718.8120.4145.2143082322290.9820.42498.7
1.17-1.2118.1210.415.5344942482480.9740.421100
1.21-1.2618.2190.3986.1738262132100.9770.40898.6
1.26-1.317.4830.3596.1335142042010.9840.36998.5
1.3-1.3618.1350.3766.6240262292220.9830.38696.9
1.36-1.4218.1620.3557.8734691941910.970.36598.5
1.42-1.4916.9380.3068.1930151821780.9810.31597.8
1.49-1.5716.7310.2859.0631121861860.9850.294100
1.57-1.6616.9840.26810.6331421881850.9760.27698.4
1.66-1.7715.7550.22811.2824421581550.9940.23598.1
1.77-1.9216.3120.19913.3725611611570.9870.20597.5
1.92-2.115.2390.17713.9920421351340.9790.18399.3
2.1-2.3515.0160.18114.2218771321250.9760.18794.7
2.35-2.7114.2520.15815.1916391181150.9910.16497.5
2.71-3.3214.670.14216.2814671051000.9930.14695.2
3.32-4.713.1250.13816.4194577720.9860.14393.5
4.78.1710.16112.7428650350.9770.1770

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 112 ° / ∠γ: 90 ° / A: 42.23 Å / B: 9.73 Å / C: 19.07 Å / 空間群名: C2 / 空間群番号: 5
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 1.05 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
精密化解像度: 1.05→9.5 Å / 交差検証法: NONE
詳細: Data was merged from 19 crystals of varying resolution limits up to 0.9A. Overall resolution limit was determined to be 1.05A and applied in the refinement program.
Rfactor反射数%反射
all0.1545 72645 -
obs0.1294 4731 89.6 %
原子変位パラメータBiso max: 64.25 Å2 / Biso mean: 13.9631 Å2 / Biso min: 5.55 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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