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万見
- PDB-7t3c: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Dual Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t3c
タイトルGATOR1-RAG-RAGULATOR - Dual Complex
要素
  • (GATOR complex protein ...) x 3
  • (Ragulator complex protein ...) x 5
  • (Ras-related GTP-binding protein ...) x 3
キーワードHYDROLASE / Complex / GTPase activating protein / nutrient sensing / metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR1 complex / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / negative regulation of kinase activity / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction ...GATOR1 complex / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / negative regulation of kinase activity / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / protein localization to cell junction / aorta morphogenesis / regulation of TORC1 signaling / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / endosome organization / Amino acids regulate mTORC1 / fibroblast migration / MTOR signalling / lysosome localization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / kinase activator activity / protein localization to membrane / cardiac muscle tissue development / vacuolar membrane / ventricular septum development / endosomal transport / azurophil granule membrane / lysosome organization / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / regulation of cell size / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / roof of mouth development / mTORC1-mediated signalling / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / response to amino acid / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / enzyme-substrate adaptor activity / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / protein-membrane adaptor activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of autophagy / negative regulation of TORC1 signaling / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / GTPase activator activity / RNA splicing / viral genome replication / cholesterol homeostasis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of interleukin-8 production / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / cellular response to amino acid stimulus / regulation of cell growth / MAP2K and MAPK activation / response to virus / small GTPase binding / positive regulation of protein localization to nucleus / GDP binding / late endosome membrane / intracellular protein localization / late endosome / glucose homeostasis / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / GTPase binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / molecular adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / intracellular signal transduction / membrane raft / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / focal adhesion / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / DNA-templated transcription / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
: / IML1 N-terminal double psi beta barrel domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain ...: / IML1 N-terminal double psi beta barrel domain / Nitrogen permease regulator 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1 / DEPDC5 protein, C-terminal / : / Nitrogen Permease regulator of amino acid transport activity 3 / Nitrogen permease regulator 2 / Vacuolar membrane-associated protein Iml1, N-terminal domain / DEPDC5 protein C-terminal region / GATOR1 complex protein NPRL3, C-terminal HTH / Beta-Lactamase - #190 / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Beta-Lactamase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ragulator complex protein LAMTOR5 / GATOR1 complex protein DEPDC5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / GATOR1 complex protein NPRL3 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / GATOR1 complex protein NPRL2 / Ras-related GTP-binding protein C ...ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ragulator complex protein LAMTOR5 / GATOR1 complex protein DEPDC5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / GATOR1 complex protein NPRL3 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / GATOR1 complex protein NPRL2 / Ras-related GTP-binding protein C / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Egri, S.B. / Shen, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of the human GATOR1-Rag-Ragulator complex reveal a spatial-constraint regulated GAP mechanism.
著者: Shawn B Egri / Christna Ouch / Hui-Ting Chou / Zhiheng Yu / Kangkang Song / Chen Xu / Kuang Shen /
要旨: mTORC1 controls cellular metabolic processes in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted to mTORC1 through the Rag GTPases, which are localized on the lysosomal surface ...mTORC1 controls cellular metabolic processes in response to nutrient availability. Amino acid signals are transmitted to mTORC1 through the Rag GTPases, which are localized on the lysosomal surface by the Ragulator complex. The Rag GTPases receive amino acid signals from multiple upstream regulators. One negative regulator, GATOR1, is a GTPase activating protein (GAP) for RagA. GATOR1 binds to the Rag GTPases via two modes: an inhibitory mode and a GAP mode. How these two binding interactions coordinate to process amino acid signals is unknown. Here, we resolved three cryo-EM structural models of the GATOR1-Rag-Ragulator complex, with the Rag-Ragulator subcomplex occupying the inhibitory site, the GAP site, and both binding sites simultaneously. When the Rag GTPases bind to GATOR1 at the GAP site, both Rag subunits contact GATOR1 to coordinate their nucleotide loading states. These results reveal a potential GAP mechanism of GATOR1 during the mTORC1 inactivation process.
履歴
登録2021年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年4月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年4月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GATOR complex protein NPRL2
A: GATOR complex protein DEPDC5
H: Ragulator complex protein LAMTOR3
G: Ragulator complex protein LAMTOR2
J: Ragulator complex protein LAMTOR5
I: Ragulator complex protein LAMTOR4
F: Ragulator complex protein LAMTOR1
C: GATOR complex protein NPRL3
D: Ras-related GTP-binding protein A
E: Ras-related GTP-binding protein C
O: Ragulator complex protein LAMTOR3
N: Ragulator complex protein LAMTOR2
Q: Ragulator complex protein LAMTOR5
P: Ragulator complex protein LAMTOR4
M: Ragulator complex protein LAMTOR1
K: Ras-related GTP-binding protein A
L: Ras-related GTP-binding protein C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)582,76523
ポリマ－581,18317
非ポリマー1,5826
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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GATOR complex protein ... , 3種, 3分子 BAC

#1: タンパク質 GATOR complex protein NPRL2 / Gene 21 protein / G21 protein / Nitrogen permease regulator 2-like protein / NPR2-like protein / ...Gene 21 protein / G21 protein / Nitrogen permease regulator 2-like protein / NPR2-like protein / Tumor suppressor candidate 4


分子量: 43711.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPRL2, TUSC4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WTW4
#2: タンパク質 GATOR complex protein DEPDC5 / DEP domain-containing protein 5


分子量: 181478.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEPDC5, KIAA0645 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75140
#8: タンパク質 GATOR complex protein NPRL3 / -14 gene protein / Alpha-globin regulatory element-containing gene protein / Nitrogen permease ...-14 gene protein / Alpha-globin regulatory element-containing gene protein / Nitrogen permease regulator 3-like protein / Protein CGTHBA


分子量: 63680.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPRL3, C16orf35, CGTHBA, MARE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12980

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Ragulator complex protein ... , 5種, 10分子 HOGNJQIPFM

#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13637.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHA4
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13517.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Q5
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9622.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43504
#6: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10753.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0VGL1
#7: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 17762.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IAA8

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Ras-related GTP-binding protein ... , 3種, 4分子 DKEL

#9: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein A / RagA / Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1 / FIP-1


分子量: 36615.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L523
#10: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein C / Rag C / RagC / GTPase-interacting protein 2 / TIB929


分子量: 44195.734 Da / 分子数: 1 / Mutation: F92A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9HB90, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#11: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein C / RagC / GTPase-interacting protein 2 / TIB929


分子量: 44298.859 Da / 分子数: 1 / Mutation: S75N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HB90

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非ポリマー , 2種, 6分子

#12: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#13: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GATOR1-RAG-RAGULATOR - Dual Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1500 nm
撮影電子線照射量: 52.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56117 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00733120
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.36844845
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.0754395
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0755097
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0085716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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