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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t34 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AtDHDPR1 from Arabidopsis thaliana | ||||||
要素 | 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase 1, chloroplastic | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / dihydrodipicolinate reductase / DHDPR / Arabidopsis thaliana | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast stroma / NADPH binding / chloroplast / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å | ||||||
データ登録者 | Mackie, E.R.R. / Panjikar, S. / Soares da Costa, T.P. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: From bacteria to plants: a repurposing strategy in the pursuit for novel herbicides 著者: Mackie, E.R.R. / Barrow, A.S. / Giel, M.C. / Hulett, M.D. / Gendall, A.R. / Panjikar, S. / Soares da Costa, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t34.cif.gz | 126.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t34.ent.gz | 81.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t34 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1arzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32274.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DAPB1, At2g44040, F6E13.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O80574, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M bis-tris hydrochloride (pH 6.5), 0.245 M magnesium formate, 22% (w/v) PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月13日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.889→49.05 Å / Num. obs: 11082 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 13.09 % / Biso Wilson estimate: 116.29 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 30.28 |
反射 シェル | 解像度: 2.889→2.993 Å / Rmerge(I) obs: 0.1197 / Mean I/σ(I) obs: 1.79 / Num. unique obs: 11082 / CC1/2: 0.846 / Rrim(I) all: 0.1244 / % possible all: 97.74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ARZ 解像度: 2.89→49.05 Å / SU ML: 0.4003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.7357 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 119.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.89→49.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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