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- PDB-7t2a: Crystal structure of HLA-DP4 in complex with Ply -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t2a
タイトルCrystal structure of HLA-DP4 in complex with Ply
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
  • Pneumolysin-derived peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / pHLA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II receptor activity / transport vesicle membrane / cholesterol binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane ...MHC class II receptor activity / transport vesicle membrane / cholesterol binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / toxin activity / adaptive immune response / killing of cells of another organism / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / host cell plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...Thiol-activated cytolysins signature. / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain / Pneumolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Ciacchi, L. / Farenc, C. / Petersen, J. / Reid, H.H. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: CD4 + T cell-mediated recognition of a conserved cholesterol-dependent cytolysin epitope generates broad antibacterial immunity.
著者: Ciacchi, L. / van de Garde, M.D.B. / Ladell, K. / Farenc, C. / Poelen, M.C.M. / Miners, K.L. / Llerena, C. / Reid, H.H. / Petersen, J. / Price, D.A. / Rossjohn, J. / van Els, C.A.C.M.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
C: Pneumolysin-derived peptide
D: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
F: Pneumolysin-derived peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,25710
ポリマ－89,3726
非ポリマー8854
水00
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
C: Pneumolysin-derived peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1285
ポリマ－44,6863
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8240 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
F: Pneumolysin-derived peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1285
ポリマ－44,6863
非ポリマー4422
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.669, 101.669, 215.187
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain / DP(W3) / DP(W4) / HLA-SB alpha chain / MHC class II DP3-alpha / MHC class II DPA1


分子量: 20943.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPA1, HLA-DP1A, HLASB / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P20036
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen / DP(W4) beta chain / MHC class II antigen DPB1


分子量: 21916.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPB1, HLA-DP1B / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P04440
#3: タンパク質・ペプチド Pneumolysin-derived peptide


分子量: 1825.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ply, SPD_1726 / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q04IN8
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium chloride, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→38.4 Å / Num. obs: 22483 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2197 / CC1/2: 0.661

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P5K

4p5k


解像度: 3.04→38.4 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2593 1123 5 %
Rwork0.2173 21347 -
obs0.2194 22470 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.42 Å2 / Biso mean: 82.0719 Å2 / Biso min: 48.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.04→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6080 0 56 0 6136
Biso mean--122.33 --
残基数----738
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026320
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5478610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.632270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042916
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041128
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.04-3.180.40371380.32232615100
3.18-3.350.33271360.29322594100
3.35-3.560.31881400.25712634100
3.56-3.830.26591370.22242622100
3.83-4.210.26531400.2142655100
4.22-4.820.21091400.17692665100
4.82-6.070.23421420.192705100
6.07-38.40.23331500.2062285799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.7614 Å / Origin y: -23.275 Å / Origin z: -27.1993 Å
111213212223313233
T0.3402 Å2-0.0122 Å2-0.0264 Å2-0.9107 Å20.0415 Å2--0.612 Å2
L0.1115 °20.7933 °20.272 °2-2.9486 °20.328 °2--0.2635 °2
S0.1862 Å °-0.0259 Å °0.0028 Å °0.1392 Å °-0.293 Å °-0.1257 Å °0.035 Å °0.0072 Å °0.1209 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 190
3X-RAY DIFFRACTION1allC-1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 181
5X-RAY DIFFRACTION1allE3 - 190
6X-RAY DIFFRACTION1allF-1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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