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- PDB-7t29: Crystal Structure of Adenylosuccinate lyase (ASL) from Pseudomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t29
タイトルCrystal Structure of Adenylosuccinate lyase (ASL) from Pseudomonas aeruginosa complexed with AMP
要素Adenylosuccinate lyase
キーワードLYASE / SSGCID / Adenylosuccinate lyase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylosuccinate lyase / N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP AMP-lyase (fumarate-forming) activity / (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido) succinate lyase (fumarate-forming) activity / 'de novo' AMP biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Adenylosuccinate lyase PurB, C-terminal / : / Adenylosuccinate lyase C-terminal / Adenylosuccinate lyase / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Adenylosuccinate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Adenylosuccinate lyase (ASL) from Pseudomonas aeruginosa complexed with AMP
著者: Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0624
ポリマ－51,5911
非ポリマー4713
水9,890549
1
A: Adenylosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate lyase
ヘテロ分子

A: Adenylosuccinate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,24816
ポリマ－206,3634
非ポリマー1,88512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area34110 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area56400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.870, 73.150, 177.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-323-

GLN

21A-948-

HOH

31A-974-

HOH

41A-1081-

HOH

51A-1112-

HOH

61A-1148-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Adenylosuccinate lyase / ASL / Adenylosuccinase / ASase


分子量: 51590.676 Da / 分子数: 1 / 断片: PsaeA.17999.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: purB, PA2629 / プラスミド: PsaeA.17999.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0K9, adenylosuccinate lyase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.92 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PsaeA.17999.a.B1.PW38925 at 24 mg/ml incubated with 4 mM AMP and fumarate, mixed 1:1 with MCSG1(e4): 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris:HCl, pH=8.5, 25% (w/v) PEG 3350. Puck: emv3-7, barcode: 320112e4.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月28日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→33.82 Å / Num. obs: 74051 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.108 % / Biso Wilson estimate: 14.54 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.918 / Net I/σ(I): 20.49 / Num. measured all: 452281
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.546.0880.5623.1432995542054200.8890.614100
1.54-1.586.090.483.6832180528552840.9020.525100
1.58-1.636.1130.394.5231726519251900.9380.427100
1.63-1.686.1160.3375.2730438497749770.9490.369100
1.68-1.736.1330.2796.3729935488248810.9670.305100
1.73-1.796.1340.2178.1828654467246710.9780.238100
1.79-1.866.1410.17310.3228007456145610.9850.189100
1.86-1.946.1420.14112.6326841437243700.990.154100
1.94-2.026.1550.10816.1225783419341890.9940.11899.9
2.02-2.126.1440.08220.824602400640040.9970.09100
2.12-2.246.1350.06625.2723521384038340.9970.07299.8
2.24-2.376.1340.05429.8922200363036190.9980.0699.7
2.37-2.546.1220.04435.0220865341234080.9990.04899.9
2.54-2.746.1230.03838.6119489319031830.9990.04299.8
2.74-36.1120.03343.717982295629420.9990.03699.5
3-3.356.0890.02849.3916142266326510.9990.03199.5
3.35-3.876.0620.02456.0114386238623730.9990.02699.5
3.87-4.746.030.02160.5512078202120030.9990.02399.1
4.74-6.715.960.02458.379429160315820.9990.02698.7
6.71-33.825.5310.02460.9250289429090.9990.02696.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev-4274精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7T24

7t24


解像度: 1.5→33.82 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1732 2135 2.88 %
Rwork0.1436 71905 -
obs0.1444 74040 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.55 Å2 / Biso mean: 21.0154 Å2 / Biso min: 6.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→33.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3502 0 31 558 4091
Biso mean--15.24 31.18 -
残基数----453
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.530.19761390.181447484887100
1.53-1.570.20941550.173747514906100
1.57-1.620.17211210.162247634884100
1.62-1.660.21351570.159947344891100
1.66-1.720.2091470.15647334880100
1.72-1.780.18211650.157747524917100
1.78-1.850.17441590.153547444903100
1.85-1.930.14361360.141847854921100
1.93-2.040.18021280.141147914919100
2.04-2.160.18431320.139847994931100
2.16-2.330.16231380.134647914929100
2.33-2.560.15041780.134147784956100
2.56-2.940.15411090.14148644973100
2.94-3.70.20091420.139548665008100
3.7-33.820.15691290.13995006513599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3432-0.02020.02830.3283-0.15450.87-0.00650.029-0.0517-0.02220.0026-0.05910.05470.0665-0.00170.06660.00560.00860.0668-0.00430.0985-21.2847-9.7102-3.9599
20.8670.7838-0.71262.7971-1.36761.6294-0.0360.37280.2517-0.24720.08620.1522-0.1384-0.0573-0.05920.2364-0.00370.03390.28820.05550.1558-18.391114.2016-40.3737
30.98950.18370.85230.85080.34851.63630.01980.0266-0.22070.00460.04070.03080.07990.0323-0.0970.09960.01940.00960.05260.01430.163-28.2517-26.06444.5856
40.7054-0.12640.53810.3702-0.0090.74490.1503-0.1526-0.51340.15470.0508-0.12520.36260.0334-0.16360.23180.0421-0.07910.14530.03950.3739-16.9328-32.204518.1877
50.295-0.53090.30241.0224-0.56180.34170.206-0.331-0.44590.21420.0672-0.14340.3953-0.0465-0.0770.27850.0474-0.11420.20140.10440.3471-17.1194-31.064824.5375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 123 through 370 )A123 - 370
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 371 through 456 )A371 - 456
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid -5 through 49 )A-5 - 49
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 50 through 91 )A50 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 122 )A92 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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