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- PDB-7t25: OspA-Fab 319-44 complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t25
タイトルOspA-Fab 319-44 complex structure
要素
  • 319-44 Fab heavy chain
  • 319-44 Fab light chain
  • Outer surface protein A
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / human monoclonal antibody (モノクローナル抗体)
機能・相同性Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 細胞膜 / 生体膜 / IODIDE ION / Outer surface protein A
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00040 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural analysis of OspA-31944 complex
著者: Rudolph, M.J.
履歴
登録2021年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 319-44 Fab heavy chain
L: 319-44 Fab light chain
A: 319-44 Fab heavy chain
B: 319-44 Fab light chain
E: Outer surface protein A
C: Outer surface protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,34843
ポリマ－150,1806
非ポリマー2,16737
水16,322906
1
H: 319-44 Fab heavy chain
L: 319-44 Fab light chain
E: Outer surface protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,08820
ポリマ－75,0903
非ポリマー99817
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 319-44 Fab heavy chain
B: 319-44 Fab light chain
C: Outer surface protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,25923
ポリマ－75,0903
非ポリマー1,16920
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)254.208, 44.117, 143.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and (resid 24 through 25 or resid 28...
21(chain E and (resid 24 through 221 or resid 223 through 273))
12chain B
22(chain L and resid 1 through 213)
13(chain A and (resid 2 through 142 or resid 144...
23(chain H and (resid 2 through 142 or resid 144...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUASPASP(chain C and (resid 24 through 25 or resid 28...CF24 - 257 - 8
121ASNASNVALVAL(chain C and (resid 24 through 25 or resid 28...CF28 - 5811 - 41
131LEULEUASPASP(chain C and (resid 24 through 25 or resid 28...CF61 - 10544 - 88
141LEULEULYSLYS(chain C and (resid 24 through 25 or resid 28...CF24 - 2737 - 256
151LYSLYSSERSER(chain C and (resid 24 through 25 or resid 28...CF125 - 221108 - 204
161LEULEULYSLYS(chain C and (resid 24 through 25 or resid 28...CF223 - 273206 - 256
211LEULEUSERSER(chain E and (resid 24 through 221 or resid 223 through 273))EE24 - 2217 - 204
221LEULEULYSLYS(chain E and (resid 24 through 221 or resid 223 through 273))EE223 - 273206 - 256
112GLUGLUGLYGLYchain BBD1 - 2131 - 213
212GLUGLUGLYGLY(chain L and resid 1 through 213)LB1 - 2131 - 213
113METMETGLYGLY(chain A and (resid 2 through 142 or resid 144...AC2 - 1422 - 142
123LEULEUPROPRO(chain A and (resid 2 through 142 or resid 144...AC144 - 152144 - 152
133THRTHRVALVAL(chain A and (resid 2 through 142 or resid 144...AC154 - 155154 - 155
143TRPTRPPROPRO(chain A and (resid 2 through 142 or resid 144...AC157 - 216157 - 216
213METMETGLYGLY(chain H and (resid 2 through 142 or resid 144...HA2 - 1422 - 142
223LEULEUPROPRO(chain H and (resid 2 through 142 or resid 144...HA144 - 152144 - 152
233THRTHRTHRTHR(chain H and (resid 2 through 142 or resid 144...HA154154

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 319-44 Fab heavy chain


分子量: 24192.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 319-44 Fab light chain


分子量: 23302.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 EC

#3: タンパク質 Outer surface protein A


分子量: 27595.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: ospA, BB_A15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CL66
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 941分子

#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 906 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM ammonium iodide and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 74086 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.152 / Χ2: 1.071 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 307815
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.293.80.79636460.320.4720.9320.53995.3
2.29-2.3340.66936750.5850.3820.7760.47396
2.33-2.384.10.57836160.6070.330.670.42696.3
2.38-2.424.10.52537020.6890.2980.6080.44697.2
2.42-2.484.10.47936930.7060.2710.5540.47896.2
2.48-2.534.20.42936100.7420.2440.4970.48696.4
2.53-2.64.10.36837080.8180.210.4260.53396.3
2.6-2.674.10.33936470.8340.1940.3930.58796.8
2.67-2.753.90.29237030.8720.1710.3410.65396.4
2.75-2.8340.24136500.9080.1380.280.70995.4
2.83-2.9440.20836140.9320.1210.2420.79194.7
2.94-3.053.60.17535080.960.1060.2060.95692.1
3.05-3.1940.15237470.9670.0890.1771.1396.7
3.19-3.364.50.12937620.980.0710.1481.33998.6
3.36-3.574.40.10937540.9840.060.1261.65298
3.57-3.854.40.09637820.980.0530.1111.86498
3.85-4.234.30.08237480.990.0450.0941.93896.9
4.23-4.854.20.06937790.9940.0390.081.98296.6
4.85-6.14.10.06836790.9940.0370.0781.86594
6.1-505.10.06340630.9960.0310.0711.76699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZD3, 1FJ1

4zd3

1fj1


解像度: 2.25→46.949 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.09 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 3576 4.95 %
Rwork0.1912 68734 -
obs0.1933 72310 96.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 123.06 Å2 / Biso mean: 37.45 Å2 / Biso min: 10.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→46.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10189 0 66 906 11161
Biso mean--41.72 37.79 -
残基数----1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69414133
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1236335
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11C2265X-RAY DIFFRACTION7.274TORSIONAL
12E2265X-RAY DIFFRACTION7.274TORSIONAL
21B2035X-RAY DIFFRACTION7.274TORSIONAL
22L2035X-RAY DIFFRACTION7.274TORSIONAL
31A1888X-RAY DIFFRACTION7.274TORSIONAL
32H1888X-RAY DIFFRACTION7.274TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.27960.29441290.2421245690
2.2796-2.31080.30411420.2381265996
2.3108-2.34390.30061270.2222263997
2.3439-2.37880.26321360.2219258096
2.3788-2.4160.27021350.2258263798
2.416-2.45560.26931280.2156264896
2.4556-2.4980.29561320.2217258997
2.498-2.54340.29341260.229262696
2.5434-2.59230.28451340.2231269597
2.5923-2.64520.24161360.2204256896
2.6452-2.70270.30771290.2179266996
2.7027-2.76560.26261170.2072265496
2.7656-2.83470.22741730.2038251595
2.8347-2.91140.2461270.2036262795
2.9114-2.9970.23511150.2118256393
2.997-3.09370.26871490.2167253994
3.0937-3.20430.26161460.2068266298
3.2043-3.33250.24951320.1979274699
3.3325-3.48420.2211390.185266798
3.4842-3.66780.23561420.1769273798
3.6678-3.89750.20531410.166265598
3.8975-4.19820.19281580.1575266197
4.1982-4.62040.17271450.1415267696
4.6204-5.28820.17241500.1446270097
5.2882-6.65950.20941340.1875264894
6.6595-46.9490.22671540.2052291899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.67150.15715.20162.33351.54047.3083-0.1217-0.07840.31660.06450.1401-0.2378-0.3559-0.10430.00860.1688-0.00660.02340.1028-0.01330.214567.669226.07648.8578
24.4709-0.3532-1.23643.1135-1.32641.607-0.08540.14060.14620.04270.10210.0134-0.05220.01030.00850.1539-0.01070.01680.10190.01920.128872.741214.766651.0308
36.033-0.4533-1.07356.3805-0.62915.65380.13210.7113-0.2021-0.3184-0.2457-0.37470.56430.43140.12660.2147-0.01980.07410.17890.04520.223278.838714.743143.0362
43.348-1.56411.20251.7525-0.97122.6770.05760.08430.0483-0.01090.0073-0.0565-0.05490.0309-0.10260.1583-0.0390.01780.121-0.01330.152570.67719.426849.1135
53.8868-0.5108-2.13540.5984-0.60534.64080.01090.07890.01020.0342-0.03490.0373-0.04750.19720.04550.1512-0.0135-0.00990.09050.00330.170939.584423.833348.1713
69.4554.7217-3.65464.3559-3.56464.4944-0.2993-0.2873-0.25120.2803-0.11770.43420.1288-0.62140.22480.19710.0013-0.02280.193-0.00730.170129.381921.376855.4401
77.53251.7973-0.83835.53140.24225.2821-0.1205-0.02370.3076-0.0618-0.04250.4579-0.3809-0.46910.22810.27190.05460.00950.1425-0.01330.26733.637630.391450.6083
87.6876-3.9903-3.97433.16152.56935.71170.14610.1076-0.66220.058-0.22750.423-0.1833-0.60550.06380.1898-0.0468-0.00860.1620.02010.341457.171-3.469855.8594
93.19250.3327-1.16843.1225-0.30373.95790.0203-0.1185-0.08280.0834-0.00790.006-0.0146-0.0577-0.01760.14360.00330.00720.10850.02050.183865.35180.828358.957
102.49011.08621.59690.46660.71121.02220.0251-0.5252-0.1290.1372-0.04850.1376-0.0281-0.02230.00910.21260.03370.00510.2920.08810.301541.67660.218658.7031
112.4104-1.75761.52394.3711-4.22597.4337-0.07970.2375-0.03210.2049-0.0051-0.1124-0.2622-0.01320.11170.1383-0.0620.00590.1419-0.01740.206332.297912.946643.8116
123.8415-1.57694.71593.8028-0.68536.24920.08560.1361-0.4762-0.0979-0.17580.3420.4513-0.20850.06030.269-0.0740.10610.2795-0.05430.380335.85519.269735.7204
133.1006-1.90563.89163.7549-4.52057.5477-0.19950.03490.0216-0.0172-0.0687-0.0817-0.26670.00470.28950.17450.02220.08870.1546-0.03230.200233.575611.639743.3453
146.0213-6.27765.40118.5662-4.85655.64650.1495-0.0294-0.5925-0.23150.25190.66740.2124-0.3431-0.48120.1693-0.05570.06040.23940.02810.272925.21225.874242.9219
156.3518-0.57115.18883.7852-0.56468.2598-0.02520.37310.25090.2456-0.0188-0.2558-0.4040.20010.05240.1454-0.03240.02790.1474-0.00810.221546.187145.832316.938
162.15190.70441.02542.37830.04231.8562-0.0481-0.05850.10670.03770.0108-0.06680.07640.05170.02890.13990.0587-0.00270.1786-0.0180.164641.090438.962520.6067
176.3695-1.63192.56864.5788-1.55446.0205-0.0964-0.5681-0.45680.28810.20730.41270.2477-0.3848-0.11650.17910.01420.08920.183-0.01490.201333.689535.294126.6565
182.96621.06071.29382.32551.5433.06460.0003-0.00790.11320.0570.0847-0.08440.10280.0422-0.06690.16620.03360.01950.11110.01210.176842.00340.100420.9044
195.8110.9477-0.82263.05380.70383.93860.2067-0.82470.5878-0.1410.1379-0.1973-0.07340.3054-0.27290.1722-0.0009-0.05340.13150.00890.093974.298348.363125.7962
203.15090.1668-2.61562.09960.63685.72290.0460.04840.007-0.1254-0.06780.0146-0.0299-0.31180.01830.12360.0157-0.00840.14520.0220.203672.123444.472620.2661
216.3863-2.89850.07074.13912.08932.97450.24470.4640.0338-0.4666-0.19-0.5918-0.1440.7553-0.04010.24890.05610.03210.27710.0460.235483.100242.81514.7082
224.1676-4.8349-2.27917.10671.96133.15190.0602-0.02140.9126-0.35060.085-0.685-0.31030.1697-0.1910.2889-0.00660.04070.2060.06870.247674.938653.221717.719
236.60121.8163-0.27283.1173-2.01972.0430.1362-0.0275-0.487-0.0056-0.0077-0.5317-0.28930.1504-0.16170.17760.02890.03060.1202-0.03420.285755.770917.063815.5059
245.9585-0.4445-1.51434.26490.07134.0068-0.1654-0.31980.14970.09950.09390.2560.13350.05420.12880.2123-0.0085-0.01290.0808-0.03620.240643.234314.687817.0777
259.29413.70722.94225.57643.06334.7138-0.05650.34840.4577-0.4550.0661-0.1622-0.61070.18560.01510.1713-0.01530.05160.17670.00330.242850.020928.11311.2296
263.29871.9173-1.46351.6379-0.00272.9925-0.05940.1856-0.0883-0.12860.1192-0.09850.21650.0112-0.01530.20130.01660.03540.1413-0.03340.207846.133218.41946.6703
272.38761.6483-3.39914.7104-1.51916.18950.00210.3754-0.0138-0.42240.1007-0.15250.10970.417-0.03690.1510.0045-0.03230.2588-0.02640.214555.072723.09078.9092
287.1592-0.451-0.66080.76410.1102-0.0199-0.1755-0.0647-0.1166-0.02590.1032-0.0970.11070.02910.10030.23290.01240.01690.1729-0.00780.175957.112822.001516.8893
294.3373-3.2165-2.44156.23696.33688.8251-0.0715-0.16840.376-0.54360.2679-0.3624-0.76920.4491-0.24750.1855-0.04770.02750.20610.02380.167184.330943.717228.2132
301.10871.8361.96454.9995.57647.69050.1724-0.1799-0.0287-0.016-0.34320.19370.1201-0.16880.14050.12510.00670.05160.17970.01240.258777.749330.118726.2911
316.24091.71184.83274.16880.71763.9264-0.0778-0.2092-0.34190.4587-0.0796-0.0151-0.08620.7466-0.04480.23390.05220.06140.3410.10960.340576.969332.460135.5314
323.12122.1572.3664.52333.31034.00830.1205-0.1221-0.20660.2631-0.0333-0.25240.06740.1732-0.04810.1868-0.00980.04430.19880.08750.181181.188232.500327.9108
332.96470.66360.55772.99870.59351.6132-0.069-0.21990.449-0.283-0.12940.530.0103-0.2320.18120.6961-0.075-0.36170.82810.02820.7692119.887515.3237102.1619
343.4212-0.72072.98842.0851-0.34515.3922-0.031-0.40480.0070.53520.0152-0.3611-0.01580.0790.03170.2723-0.0346-0.04110.35820.01240.365698.370.706873.4965
352.1854-0.73111.87037.4539-1.10133.576-0.00940.15170.02960.3563-0.0265-0.72270.12660.32120.0640.33690.0924-0.1320.4441-0.07560.4213-7.370437.3828-34.5055
362.5686-0.60852.23891.76740.18024.54070.24860.2897-0.2522-0.6803-0.1890.5310.1065-0.1225-0.06760.38370.0756-0.14360.34-0.03060.392113.593722.0792-5.4325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 25 )H2 - 25
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 26 through 52 )H26 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 53 through 68 )H53 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 69 through 114 )H69 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 115 through 178 )H115 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 179 through 197 )H179 - 197
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 198 through 220 )H198 - 220
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 19 through 103 )L19 - 103
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 104 through 114 )L104 - 114
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 115 through 151 )L115 - 151
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 152 through 164 )L152 - 164
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resid 165 through 199 )L165 - 199
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 200 through 214 )L200 - 214
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 2 through 12 )A2 - 12
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 13 through 52 )A13 - 52
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 53 through 68 )A53 - 68
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 69 through 114 )A69 - 114
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 115 through 138 )A115 - 138
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 139 through 178 )A139 - 178
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 179 through 197 )A179 - 197
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 198 through 216 )A198 - 216
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 19 through 33 )B19 - 33
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 34 through 49 )B34 - 49
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 50 through 76 )B50 - 76
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 77 through 91 )B77 - 91
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 92 through 114 )B92 - 114
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'B' and (resid 115 through 129 )B115 - 129
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'B' and (resid 130 through 151 )B130 - 151
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'B' and (resid 152 through 164 )B152 - 164
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'B' and (resid 165 through 213 )B165 - 213
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 24 through 127 )E24 - 127
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 128 through 273 )E128 - 273
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 24 through 116 )C24 - 116
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'C' and (resid 117 through 273 )C117 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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