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- PDB-7t1h: Crystal structure of CAB1 Pantothenate Kinase from Saccharomyces ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1h
タイトルCrystal structure of CAB1 Pantothenate Kinase from Saccharomyces cerevisiae in complex with compound YU281445
要素Pantothenate kinase CAB1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / ergosterol metabolic process / pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E5B / Pantothenate kinase CAB1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gihaz, S. / Ben Mamoun, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: High-resolution crystal structure and chemical screening reveal pantothenate kinase as a new target for antifungal development.
著者: Gihaz, S. / Gareiss, P. / Choi, J.Y. / Renard, I. / Pal, A.C. / Surovsteva, Y. / Chiu, J.E. / Thekkiniath, J. / Plummer, M. / Hungerford, W. / Montgomery, M.L. / Hosford, A. / Adams, E.M. / ...著者: Gihaz, S. / Gareiss, P. / Choi, J.Y. / Renard, I. / Pal, A.C. / Surovsteva, Y. / Chiu, J.E. / Thekkiniath, J. / Plummer, M. / Hungerford, W. / Montgomery, M.L. / Hosford, A. / Adams, E.M. / Lightfoot, J.D. / Fox 3rd, D. / Ojo, K.K. / Staker, B.L. / Fuller, K. / Ben Mamoun, C.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantothenate kinase CAB1
B: Pantothenate kinase CAB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4374
ポリマ－83,9482
非ポリマー4892
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.140, 52.770, 70.570
Angle α, β, γ (deg.)71.260, 85.820, 64.460
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Pantothenate kinase CAB1 / Coenzyme A biosynthesis protein 1 / Pantothenic acid kinase CAB1


分子量: 41974.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CAB1, YDR531W / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04430, pantothenate kinase
#2: 化合物 ChemComp-E5B / (8R)-2-{[(4-tert-butylphenyl)methyl]amino}-5-[(morpholin-4-yl)methyl][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7(4H)-one


分子量: 396.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.36 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.18 M Sodium fluoride, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.63 Å / Num. obs: 46068 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3365 / CC1/2: 0.866 / Rpim(I) all: 0.305 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UJ5

6uj5


解像度: 1.9→66.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 4.35 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2271 2332 4.8 %RANDOM
Rwork0.1802 ---
obs0.1825 46068 97.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.22 Å2 / Biso mean: 31.491 Å2 / Biso min: 13.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å2-0.04 Å2-0.66 Å2
2---1.64 Å21.15 Å2
3---1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→66.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5121 0 35 229 5385
Biso mean--53.96 37.58 -
残基数----665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135334
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.6347232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3441.58111178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5445682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22124.173254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6715855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9991512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021282
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 169 -
Rwork0.292 3365 -
all-3534 -
obs--96.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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