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万見
- PDB-7t1e: Structure of monomeric and dimeric human CCL20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1e
タイトルStructure of monomeric and dimeric human CCL20
要素C-C motif chemokine 20
キーワードIMMUNE SYSTEM / chemokine / CCR6 / Th17 / inflammation / autoimmune / psoriasis / psoriatic arthritis
機能・相同性
機能・相同性情報


thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / T cell migration / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis ...thymocyte migration / CCR6 chemokine receptor binding / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / Interleukin-10 signaling / positive regulation of T cell migration / T cell migration / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / SUCCINIC ACID / C-C motif chemokine 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.459 Å
データ登録者Peterson, F.C. / Riutta, S.J. / Volkman, B.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI050872 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR063091 米国
引用ジャーナル: J Psoriasis Psoriatic Arthritis / 年: 2023
タイトル: The Chemokine, CCL20, and Its Receptor, CCR6, in the Pathogenesis and Treatment of Psoriasis and Psoriatic Arthritis
著者: Shi, Z.R. / Mabuchi, T. / Riutta, S.J. / Wu, X. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Hwang, S.T.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 20
B: C-C motif chemokine 20
C: C-C motif chemokine 20
D: C-C motif chemokine 20
E: C-C motif chemokine 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,53518
ポリマ－40,2185
非ポリマー1,31713
水7,098394
1
A: C-C motif chemokine 20
B: C-C motif chemokine 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7068
ポリマ－16,0872
非ポリマー6196
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8450 Å2
手法PISA
2
C: C-C motif chemokine 20
D: C-C motif chemokine 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3775
ポリマ－16,0872
非ポリマー2903
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area8460 Å2
手法PISA
3
E: C-C motif chemokine 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4525
ポリマ－8,0441
非ポリマー4084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area4500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.203, 60.203, 231.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
C-C motif chemokine 20 / Beta-chemokine exodus-1 / CC chemokine LARC / Liver and activation-regulated chemokine / Macrophage ...Beta-chemokine exodus-1 / CC chemokine LARC / Liver and activation-regulated chemokine / Macrophage inflammatory protein 3 alpha / MIP-3-alpha / Small-inducible cytokine A20


分子量: 8043.568 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL20, LARC, MIP3A, SCYA20 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78556
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.11 %
結晶化温度: 292.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 14% (w/v) PEG 3,350 and 0.5 M succinct acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月17日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.459→77.09 Å / Num. obs: 84899 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.46-1.543.90.35843635112560.880.1990.4132.891.3
4.61-77.099.70.0392934230320.9990.0130.04153.499.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.46 Å77.09 Å
Translation6.46 Å77.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSBUILT 20180126データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1m8a

1m8a


解像度: 1.459→34.6 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1731 1991 2.35 %
Rwork0.1626 82789 -
obs0.1629 84780 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.67 Å2 / Biso mean: 25.4961 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.459→34.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2685 0 100 400 3185
Biso mean--37.36 35.41 -
残基数----333
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4593-1.49580.23731170.2214510786
1.4958-1.53630.20611390.1953560995
1.5363-1.58150.17851480.17395920100
1.5815-1.63250.16291420.16375883100
1.6325-1.69080.18621420.16785902100
1.6908-1.75850.17491430.16285926100
1.7585-1.83860.19131440.15915952100
1.8386-1.93550.15731420.15835965100
1.9355-2.05680.17871410.15795938100
2.0568-2.21550.15961440.15516007100
2.2155-2.43840.17931460.15976010100
2.4384-2.79120.21191490.17336047100
2.7912-3.5160.16761420.1666140100
3.516-34.60.15131520.1536383100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8384-0.99310.1570.6105-0.17770.59110.04110.00270.0526-0.0429-0.0165-0.04280.01090.0071-0.02860.14510.00350.0020.0936-0.010.140271.979666.193234.2418
29.8244-2.8677-2.18417.6411-0.44623.7094-0.39060.0003-0.1475-0.1966-0.0309-0.54050.40210.66190.33040.23030.0010.06250.25310.05590.26283.776366.580529.4245
31.59911.53370.60694.6451-1.45852.51720.0330.17030.00870.12590.08730.191-0.1436-0.2588-0.05620.13720.02110.00770.0920.0010.180668.567560.770235.9404
41.58250.76351.74891.2240.94032.20890.1289-0.1648-0.0230.0931-0.0406-0.0339-0.0398-0.0661-0.08040.1836-0.01820.00230.1026-0.00170.171779.023859.816846.4078
54.2945-1.0017-1.3592.77380.68991.53820.11810.452-0.084-0.218-0.19680.0534-0.0117-0.30470.13130.1478-0.0154-0.00990.1387-0.01440.138288.411578.83144.295
63.26440.85230.35771.8356-0.01592.4411-0.0040.2346-0.1347-0.1491-0.0690.0564-0.06720.0070.08890.1555-0.0045-0.00910.0886-0.03150.166185.078773.281142.7301
72.73611.28552.1272.01691.60493.97770.192-0.3425-0.15820.122-0.29060.32520.2931-0.71040.06230.1817-0.0570.00990.2276-0.02780.25475.07769.186750.3952
84.0812-1.6858-0.19053.57330.41012.940.22220.13920.4126-0.20770.0521-0.1954-0.04250.0994-0.25370.16750.0209-0.00540.17310.03260.1576104.050470.251680.0382
92.6095-0.08150.33343.5058-0.82062.96760.0580.1279-0.1009-0.53330.0529-0.14780.44230.2752-0.03720.26830.0562-0.00690.2010.01730.1108103.203271.481870.4803
101.5917-0.656-0.39932.5528-0.7381.60190.0977-0.05590.0382-0.0262-0.0928-0.22650.08770.0677-0.01830.18420.0051-0.02640.18680.01520.1361101.917574.654776.6386
110.8328-2.02552.04164.4223-4.48474.80160.1228-0.2721-0.24810.16910.38080.7959-0.1955-0.2887-0.42810.183-0.0203-0.01970.24010.07680.258389.698675.696371.6562
120.6776-0.1457-0.22221.43561.55661.7412-0.0775-0.07710.01610.1770.1393-0.01960.31330.27-0.0990.22880.0097-0.01860.1643-0.00670.1361101.269289.361462.2951
130.68090.28610.40632.21550.30451.22650.00050.01230.00620.10010.0211-0.00550.15970.1820.00210.18090.009500.15010.00280.117598.339885.416165.7803
143.5421-0.72540.86273.03060.11062.3148-0.1227-0.00860.03460.00530.1731-0.3336-0.0230.5051-0.03670.1688-0.01230.00180.2098-0.03210.1331101.180184.64360.2605
153.1878-0.20010.7171.4568-0.50943.02880.1618-0.3061-0.40790.3125-0.07730.0160.70710.0627-0.10080.3419-0.0298-0.03080.15660.02630.164894.064173.157761.8694
161.51860.8466-1.3511.6186-1.7093.7323-0.0021-0.1597-0.09980.0358-0.0816-0.12970.11910.14770.03940.1938-0.0073-0.01410.1604-0.0120.1408110.440795.740360.4985
171.6336-0.39340.15280.948-0.70334.50390.0586-0.244-0.00630.06560.0245-0.01560.08760.2518-0.09290.1687-0.0123-0.01460.17380.00120.1629117.2564102.288759.369
184.20420.157-0.2092.32060.46733.37950.1425-0.1645-0.36190.0282-0.1323-0.11340.29450.2963-0.0330.19040.0115-0.00520.16680.00770.1584115.158596.494862.7744
193.06040.6731.4752.11360.48631.5258-0.1791-0.37940.39410.26050.2159-0.1456-0.190.3444-0.00820.2049-0.0297-0.00090.2714-0.08430.1581112.8345103.696670.2991
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 41 )A1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 46 )A42 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 53 )A47 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 70 )A54 - 70
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 16 )B4 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 17 through 53 )B17 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 70 )B54 - 70
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 5 through 16 )C5 - 16
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 17 through 35 )C17 - 35
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 36 through 53 )C36 - 53
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 54 through 70 )C54 - 70
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1 through 16 )D1 - 16
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 17 through 41 )D17 - 41
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 42 through 53 )D42 - 53
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 54 through 70 )D54 - 70
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 5 through 16 )E5 - 16
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 17 through 35 )E17 - 35
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 36 through 53 )E36 - 53
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 54 through 64 )E54 - 64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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