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- PDB-7t1d: Human SIRT2 in complex with small molecule 359 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1d
タイトルHuman SIRT2 in complex with small molecule 359
要素NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Allosteric inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / mitotic nuclear membrane reassembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / chromatin silencing complex / regulation of phosphorylation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / protein lysine deacetylase activity / meiotic spindle / response to redox state / regulation of myelination / histone acetyltransferase binding / histone deacetylase activity / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / positive regulation of cell division / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA binding / heterochromatin / epigenetic regulation of gene expression / heterochromatin formation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / cellular response to epinephrine stimulus / substantia nigra development / centriole / negative regulation of autophagy / meiotic cell cycle / ubiquitin binding / negative regulation of protein catabolic process / mitotic spindle / autophagy / histone deacetylase binding / spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / myelin sheath / chromosome / cellular response to oxidative stress / midbody / growth cone / cellular response to hypoxia / perikaryon / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / cell division / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E7K / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kulp, J.L. / Remiszewski, S. / Todd, M. / Chiang, L.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R44AI122488 米国
引用ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2023
タイトル: An allosteric inhibitor of sirtuin 2 deacetylase activity exhibits broad-spectrum antiviral activity.
著者: Roche, K.L. / Remiszewski, S. / Todd, M.J. / Kulp 3rd, J.L. / Tang, L. / Welsh, A.V. / Barry, A.P. / De, C. / Reiley, W.W. / Wahl, A. / Garcia, J.V. / Luftig, M.A. / Shenk, T. / Tonra, J.R. / ...著者: Roche, K.L. / Remiszewski, S. / Todd, M.J. / Kulp 3rd, J.L. / Tang, L. / Welsh, A.V. / Barry, A.P. / De, C. / Reiley, W.W. / Wahl, A. / Garcia, J.V. / Luftig, M.A. / Shenk, T. / Tonra, J.R. / Murphy, E.A. / Chiang, L.W.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_ec / _entity.src_method ..._entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,22019
ポリマ－68,1812
非ポリマー2,03917
水12,268681
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.775, 55.980, 139.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.462, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 56 - 355 / Label seq-ID: 1 - 300

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2


分子量: 34090.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IXJ6

-
非ポリマー , 6種, 698分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-E7K / 7-(2,4-dimethyl-1H-imidazol-1-yl)-2-(5-{[4-(1H-pyrazol-1-yl)phenyl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline


分子量: 466.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26N6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals of SIRT2 in complex with FLS-359 were obtained using hanging-drop vapour diffusion setups. SIRT2 at a concentration of 21.9 mg/ml (50 mM Hepes-NaOH, 150 mM NaCl, pH 8.0) was ...詳細: Crystals of SIRT2 in complex with FLS-359 were obtained using hanging-drop vapour diffusion setups. SIRT2 at a concentration of 21.9 mg/ml (50 mM Hepes-NaOH, 150 mM NaCl, pH 8.0) was preincubated with 3.6 mM (5.7-fold molar excess) of FLS-359 (100 mM in DMSO) for 1 h. 1 ul of the protein solution was then mixed with 2 ul of reservoir solution (0.1 M Hepes-NaOH pH 6.6, 0.3 M Li2SO4, 21 % (w/v) PEG 3350) and streak seeded before being equilibrated at 20C over 0.2 ml of reservoir solution. Well diffracting crystals grew as thick aggregates of thin plates and were mounted within 19 days

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→139.15 Å / Num. obs: 56312 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 194963 / Scaling rejects: 128
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.4 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.780.6121026930050.6640.3880.7271.998.9
9.09-139.150.0415024430.9920.0250.04826.799.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CRELUX reference structure of SIRT2

解像度: 1.75→35.002 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.155 / SU B: 2.882 / SU ML: 0.091 / Average fsc free: 0.9223 / Average fsc work: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2128 2843 5.051 %RANDOM
Rwork0.163 53442 --
all0.166 ---
obs-56285 98.316 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.623 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.054 Å2-0 Å20.172 Å2
2---0.358 Å20 Å2
3---0.274 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.002 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4701 0 126 681 5508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0135156
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0154855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.6676975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3641.59211249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.895631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85921.875256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12715908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0241533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.24654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.22468
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.22173
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.060.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1470.236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2030.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2212.4282473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2212.4282474
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2793.6153121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.283.6173122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8012.7822683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.82.7822684
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1784.0363854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1784.0363855
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.10130.4996141
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.94829.8315961
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1070.059344
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.107480.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.107480.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.75-1.7950.2971870.24138760.24441190.8260.85998.64040.228
1.795-1.8440.2571770.22637870.22741410.8860.89795.72570.207
1.844-1.8980.231800.2137150.21139400.9060.9198.85790.189
1.898-1.9560.2621850.19635720.19938910.8880.91796.55620.176
1.956-2.020.2261790.18335020.18537380.9210.93398.47510.164
2.02-2.0910.2361940.17533790.17836590.9190.93897.64960.157
2.091-2.1690.1951890.17132390.17235280.9440.94897.16550.153
2.169-2.2570.2271780.16631430.16933350.9280.94799.58020.15
2.257-2.3570.2031470.15630260.15832420.9460.95497.87170.142
2.357-2.4720.2181710.15229020.15531310.9320.95398.14760.139
2.472-2.6050.2331530.15727680.16129350.9320.9599.5230.146
2.605-2.7620.221430.15626340.15928090.9330.9598.86080.147
2.762-2.9510.2191320.15424660.15726280.940.95298.85840.146
2.951-3.1860.2171070.15423510.15724790.940.95999.15290.149
3.186-3.4870.1781360.15520950.15722490.9550.96299.19960.154
3.487-3.8940.2161230.14619290.1520620.9480.96399.5150.149
3.894-4.4870.153940.13417370.13518370.9690.96999.67340.141
4.487-5.4730.239770.14314580.14715460.9490.97599.28850.15
5.473-7.6470.191510.17111730.17112280.9630.96299.67430.176
7.647-35.0020.208400.1776900.1797320.9520.95999.72680.186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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