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- PDB-7t1c: Crystal structure of RUBISCO from Sulfurivirga caldicuralii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t1c
タイトルCrystal structure of RUBISCO from Sulfurivirga caldicuralii
要素Ribulose-bisphosphate carboxylase
キーワードLYASE / Ribulose-1 / 5-bisphosphate carboxylase-oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type II / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfurivirga caldicuralii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Pereira, J.H. / Liu, A.K. / Shih, P.M. / Adams, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural plasticity enables evolution and innovation of RuBisCO assemblies.
著者: Liu, A.K. / Pereira, J.H. / Kehl, A.J. / Rosenberg, D.J. / Orr, D.J. / Chu, S.K.S. / Banda, D.M. / Hammel, M. / Adams, P.D. / Siegel, J.B. / Shih, P.M.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose-bisphosphate carboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7221
ポリマ－51,7221
非ポリマー00
水5,405300
1
A: Ribulose-bisphosphate carboxylase

A: Ribulose-bisphosphate carboxylase

A: Ribulose-bisphosphate carboxylase

A: Ribulose-bisphosphate carboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,8904
ポリマ－206,8904
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+5/31
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+5/31
単位格子
Length a, b, c (Å)133.056, 133.056, 112.456
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

HOH

21A-658-

HOH

31A-741-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Ribulose-bisphosphate carboxylase


分子量: 51722.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfurivirga caldicuralii (バクテリア)
遺伝子: SAMN05443662_0203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1N6DK16, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Citric acid, 0.05 M Bis-TRIS propane pH 5.0, 16 % PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→43.55 Å / Num. obs: 61467 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / Num. unique obs: 6044 / CC1/2: 0.35

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IUS

6ius


解像度: 1.73→43.55 Å / SU ML: 0.1858 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.029
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 1776 3.23 %
Rwork0.1661 53214 -
obs0.1667 54990 89.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→43.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3538 0 0 300 3838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00373636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72844912
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423496
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6981489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.780.3833910.37153155X-RAY DIFFRACTION69.75
1.78-1.830.30471190.32243319X-RAY DIFFRACTION74
1.83-1.890.29871240.27493538X-RAY DIFFRACTION78.91
1.89-1.960.23461290.22573743X-RAY DIFFRACTION82.35
1.96-2.030.25961310.19663902X-RAY DIFFRACTION87.22
2.03-2.130.20221300.18094119X-RAY DIFFRACTION90.99
2.13-2.240.20731400.17014197X-RAY DIFFRACTION92.24
2.24-2.380.18121410.15954281X-RAY DIFFRACTION94.11
2.38-2.560.16561470.1554401X-RAY DIFFRACTION96.01
2.56-2.820.18871490.15534468X-RAY DIFFRACTION97.9
2.82-3.230.19771530.16084548X-RAY DIFFRACTION98.45
3.23-4.070.15941570.14354640X-RAY DIFFRACTION99.56
4.07-43.550.15751650.15414903X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.667272679731.81475024024-1.405530152793.211457402110.05269454688333.31172427853-0.01213254963760.5635528412370.0153853253868-0.1446945603090.001858617877410.2732887121870.149159775457-0.459422147730.0006833952576950.215537927087-0.0011482046272-0.03667561203880.322185051191-0.08121237319150.25142494097418.031708427329.035519832870.9408783263
20.5221756443940.02319843387990.0710321825040.806057996630.3509660783861.00434605627-0.0160459767225-0.0269994071799-0.08554787231960.1578135574320.00933922866888-0.05071108312350.1838801516830.0462679603827-0.001420367854850.2104766875580.05491468033080.006279637167590.217193480126-0.0005900720464120.257919343135.035664335837.597205197497.1934710709
31.20798569729-0.8474517083371.454780983461.50660720963-0.2905829448152.828996705540.0700152984548-0.236390627272-0.2880385686910.4385022463360.0341560211986-0.06728705698140.849722725594-0.111610437213-0.1376590002530.5795772409580.0765140572444-0.01556773010480.2797384840970.03456751347260.34469868108843.608630325720.5708849058101.36445426
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 69 )2 - 691 - 59
22chain 'A' and (resid 70 through 311 )70 - 31160 - 301
33chain 'A' and (resid 312 through 463 )312 - 463302 - 453

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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