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- PDB-7t17: Zika Virus asymmetric unit bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t17
タイトルZika Virus asymmetric unit bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment
要素
  • Core protein
  • DH1017.IgM FabC constant domain
  • DH1017.IgM IgH
  • DH1017.IgM IgL
  • DH1017.IgM LambdaC constant domain
キーワードVIRUS / Zika Virus particle / IgM / Fab fragment / Neutralization
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / adaptive immune response / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / adaptive immune response / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / : / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Immunoglobulin lambda-like polypeptide 5 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.26 Å
データ登録者Miller, A.S. / Kuhn, R.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: A Zika virus-specific IgM elicited in pregnancy exhibits ultrapotent neutralization.
著者: Tulika Singh / Kwan-Ki Hwang / Andrew S Miller / Rebecca L Jones / Cesar A Lopez / Sarah J Dulson / Camila Giuberti / Morgan A Gladden / Itzayana Miller / Helen S Webster / Joshua A Eudailey ...著者: Tulika Singh / Kwan-Ki Hwang / Andrew S Miller / Rebecca L Jones / Cesar A Lopez / Sarah J Dulson / Camila Giuberti / Morgan A Gladden / Itzayana Miller / Helen S Webster / Joshua A Eudailey / Kan Luo / Tarra Von Holle / Robert J Edwards / Sarah Valencia / Katherine E Burgomaster / Summer Zhang / Jesse F Mangold / Joshua J Tu / Maria Dennis / S Munir Alam / Lakshmanane Premkumar / Reynaldo Dietze / Theodore C Pierson / Eng Eong Ooi / Helen M Lazear / Richard J Kuhn / Sallie R Permar / Mattia Bonsignori /
要旨: Congenital Zika virus (ZIKV) infection results in neurodevelopmental deficits in up to 14% of infants born to ZIKV-infected mothers. Neutralizing antibodies are a critical component of protective ...Congenital Zika virus (ZIKV) infection results in neurodevelopmental deficits in up to 14% of infants born to ZIKV-infected mothers. Neutralizing antibodies are a critical component of protective immunity. Here, we demonstrate that plasma IgM contributes to ZIKV immunity in pregnancy, mediating neutralization up to 3 months post-symptoms. From a ZIKV-infected pregnant woman, we isolated a pentameric ZIKV-specific IgM (DH1017.IgM) that exhibited ultrapotent ZIKV neutralization dependent on the IgM isotype. DH1017.IgM targets an envelope dimer epitope within domain II. The epitope arrangement on the virion is compatible with concurrent engagement of all ten antigen-binding sites of DH1017.IgM, a solution not available to IgG. DH1017.IgM protected mice against viremia upon lethal ZIKV challenge more efficiently than when expressed as an IgG. Our findings identify a role for antibodies of the IgM isotype in protection against ZIKV and posit DH1017.IgM as a safe and effective candidate immunotherapeutic, particularly during pregnancy.
履歴
登録2021年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH1017.IgM FabC constant domain
I: DH1017.IgM LambdaC constant domain
J: DH1017.IgM IgH
K: DH1017.IgM IgL
F: DH1017.IgM IgH
G: DH1017.IgM IgL
A: Core protein
C: Core protein
E: Core protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,6799
ポリマ－199,6799
非ポリマー00
水00
1
H: DH1017.IgM FabC constant domain
I: DH1017.IgM LambdaC constant domain
J: DH1017.IgM IgH
K: DH1017.IgM IgL
F: DH1017.IgM IgH
G: DH1017.IgM IgL
A: Core protein
C: Core protein
E: Core protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,980,723540
ポリマ－11,980,723540
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: DH1017.IgM FabC constant domain
I: DH1017.IgM LambdaC constant domain
J: DH1017.IgM IgH
K: DH1017.IgM IgL
F: DH1017.IgM IgH
G: DH1017.IgM IgL
A: Core protein
C: Core protein
E: Core protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 998 kDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)998,39445
ポリマ－998,39445
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
H: DH1017.IgM FabC constant domain
I: DH1017.IgM LambdaC constant domain
J: DH1017.IgM IgH
K: DH1017.IgM IgL
F: DH1017.IgM IgH
G: DH1017.IgM IgL
A: Core protein
C: Core protein
E: Core protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.2 MDa, 54 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,198,07254
ポリマ－1,198,07254
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_3ens_1chain "E"
d_1ens_2chain "J"
d_2ens_2chain "F"
d_1ens_3chain "K"
d_2ens_3chain "G"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_1ens_1ILEILEGLYGLYAG1 - 3921 - 392
d_2ens_1ILEILEGLYGLYCH1 - 3921 - 392
d_3ens_1ILEILEGLYGLYEI1 - 3921 - 392
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d_2ens_2GLNGLNSERSERFE1 - 1231 - 123
d_1ens_3GLNGLNLEULEUKD1 - 1101 - 110
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.964340253457, -0.0288667347268, 0.263086653383), (-0.0478943610277, -0.958589389728, -0.280735662293), (0.260295996404, -0.283325066888, 0.923023781237)176.314702016, 133.996804047, -4.40080795566
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4given(-0.955750018673, 0.14492670463, 0.256004203269), (-0.248465620747, -0.863592652243, -0.438716954652), (0.157501546383, -0.48291198088, 0.861387997136)167.543279543, 168.932674124, 22.1046997477

-
要素

#1: タンパク質 DH1017.IgM FabC constant domain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain


分子量: 10830.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): B-LCL cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: タンパク質 DH1017.IgM LambdaC constant domain / G lambda-1 / Germline immunoglobulin lambda 1 / Immunoglobulin lambda-like polypeptide 5


分子量: 11361.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLL5 / 細胞株 (発現宿主): B-LCL cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B9A064
#3: 抗体 DH1017.IgM IgH


分子量: 13325.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): B-LCL cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 DH1017.IgM IgL


分子量: 11482.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): B-LCL cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質 Core protein / Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 ...Envelope protein E / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Genome polyprotein / Matrix protein / Non-structural protein 1 / Non-structural protein 2A / Non-structural protein 2B / Non-structural protein 3 / Non-structural protein 4A / Non-structural protein 4B / Peptide 2k / Peptide pr / Protein prM / RNA-directed RNA polymerase NS5 / Serine protease NS3 / Serine protease subunit NS2B / Small envelope protein M


分子量: 42623.277 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス)
参照: UniProt: A0A2Z2EX91, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Zika virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 5.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4104 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 363.58 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00157403
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.53299238
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr00
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00191844
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.26781844
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000699239283596
ens_1d_3GELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000703693380913
ens_2d_2CELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000691649686156
ens_3d_2KELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000700187189918

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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