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- PDB-7t0u: Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-12387 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t0u
タイトルCrystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-12387
要素Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / immunity / inflammatory response / transcription repressor / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / pyramidal neuron differentiation / regulation of immune system process / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / heterochromatin formation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / protein localization / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3I / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Kuntz, D.A. / Prive, G.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Ontario Institute for Cancer Research カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the BCL6 BTB domain in complex with OICR-12387
著者: Kuntz, D.A. / Prive, G.G.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
B: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
C: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
D: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,63816
ポリマ－58,2394
非ポリマー3,39912
水6,287349
1
A: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
B: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7988
ポリマ－29,1202
非ポリマー1,6786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
2
C: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
D: Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8408
ポリマ－29,1202
非ポリマー1,7216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area12810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.484, 72.545, 67.488
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.150, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Isoform 2 of B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 14559.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41182

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非ポリマー , 6種, 361分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-E3I / 3-chloro-5-{7-[2-({5-chloro-2-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-4-yl}amino)-2-oxoethyl]-3-methyl-4-oxo-2-(trifluoromethyl)-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl}-2-hydroxybenzamide


分子量: 709.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H29Cl2F3N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.17 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 9% PEG6K as precipitant in pH 5.3 MES buffer with 10% DMSO and 100 mM NH4SO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→63.75 Å / Num. obs: 82198 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 13.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 358782
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.49-1.574.20.74550105119590.7640.4070.8522.299.7
4.71-63.754.30.0521161026890.9980.0270.05923.699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R29

1r29


解像度: 1.49→36.27 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1799 3969 4.83 %
Rwork0.1406 78165 -
obs0.1425 82134 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.92 Å2 / Biso mean: 21.5899 Å2 / Biso min: 7.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3924 0 386 371 4681
Biso mean--18.33 36.43 -
残基数----490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0184350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2415932
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.949637
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012732
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.49-1.510.28341460.22927902936100
1.51-1.530.25361400.221927962936100
1.53-1.550.27581260.199928152941100
1.55-1.570.24611480.18572722287099
1.57-1.590.20811360.168727572893100
1.59-1.620.2111410.154127822923100
1.62-1.640.18371540.151827842938100
1.64-1.670.21471410.143127902931100
1.67-1.70.19661230.139927982921100
1.7-1.730.2021290.138328202949100
1.73-1.760.18581400.141727672907100
1.76-1.80.1831390.140728232962100
1.8-1.840.18831330.139327622895100
1.84-1.880.18831650.121427572922100
1.88-1.930.18271520.118427932945100
1.93-1.980.16941550.114727842939100
1.98-2.040.15541260.118527972923100
2.04-2.10.15871500.110227982948100
2.1-2.180.16731550.108827872942100
2.18-2.260.12961410.107427752916100
2.26-2.370.13521270.114828032930100
2.37-2.490.16451440.113228242968100
2.49-2.650.16151690.118127602929100
2.65-2.850.15961420.124527922934100
2.85-3.140.17761330.13262804293799
3.14-3.590.16531280.13642814294299
3.59-4.520.17041590.13832810296999
4.52-36.270.22951270.21592861298899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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