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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t0f | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of S25-39 Fab in complex with 4-MeO-KdoOAll | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Carbohydrate / Induced fit / Conformational selection | ||||||||||||
機能・相同性 | Chem-K71 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Legg, M.S.G. / Blackler, R.J. / Evans, S.V. | ||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Antigen binding by conformational selection in near-germline antibodies. 著者: Blackler, R.J. / Muller-Loennies, S. / Pokorny-Lehrer, B. / Legg, M.S.G. / Brade, L. / Brade, H. / Kosma, P. / Evans, S.V. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t0f.cif.gz | 103.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t0f.ent.gz | 74.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t0f_validation.pdf.gz | 827.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t0f_full_validation.pdf.gz | 829.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7t0f_validation.xml.gz | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t0f_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/7t0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/7t0f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24051.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 解説: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24239.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 解説: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: 化合物 | ChemComp-K71 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001, 5 mM 4-O-methyl-KdoOAll |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27284 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 95425 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3OKD 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 6.152 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.24 Å2 / Biso mean: 27.783 Å2 / Biso min: 8.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.036 Å / Rfactor Rfree error: 0
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