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- PDB-7t0f: Crystal structure of S25-39 Fab in complex with 4-MeO-KdoOAll -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t0f
タイトルCrystal structure of S25-39 Fab in complex with 4-MeO-KdoOAll
要素
  • S25-39 Fab heavy chain
  • S25-39 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / Carbohydrate / Induced fit / Conformational selection
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-K71
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Legg, M.S.G. / Blackler, R.J. / Evans, S.V.
資金援助 オーストリア, 3件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) オーストリア
Austrian Science FundP 24021 オーストリア
Austrian Science FundP 26919 オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Antigen binding by conformational selection in near-germline antibodies.
著者: Blackler, R.J. / Muller-Loennies, S. / Pokorny-Lehrer, B. / Legg, M.S.G. / Brade, L. / Brade, H. / Kosma, P. / Evans, S.V.
履歴
登録2021年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: S25-39 Fab heavy chain
L: S25-39 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5443
ポリマ－48,2922
非ポリマー2521
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.111, 63.624, 61.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 S25-39 Fab heavy chain


分子量: 24051.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 解説: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 S25-39 Fab light chain


分子量: 24239.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Balb/c / 解説: hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-K71 / 3-deoxy-4-O-methyl-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid


分子量: 252.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2001, 5 mM 4-O-methyl-KdoOAll

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27284 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 95425
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.0730.39826000.8530.2480.4720.74795.1
2.07-2.153.40.33627170.890.2070.3970.75999.6
2.15-2.253.50.26627150.9240.1610.3120.7499.9
2.25-2.373.60.21927640.9420.1330.2570.79199.8
2.37-2.523.60.18127370.9570.1090.2120.89499.9
2.52-2.713.60.1327280.9790.0780.1530.94399.8
2.71-2.993.70.08927490.9860.0530.1041.07299.7
2.99-3.423.60.06327410.9930.0370.0731.33499.2
3.42-4.313.50.0527360.9940.0290.0581.30598.8
4.31-503.50.04627970.9920.0270.0531.22298.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OKD

3okd


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 6.152 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.262 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 1270 5 %RANDOM
Rwork0.2144 ---
obs0.2169 24109 91.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.24 Å2 / Biso mean: 27.783 Å2 / Biso min: 8.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.35 Å20 Å2-0.38 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3330 0 17 151 3498
Biso mean--27.21 27.82 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023429
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.954662
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8243.0027247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2595428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14223.704135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15315550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4581517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02773
LS精密化 シェル解像度: 2→2.036 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 46 -
Rwork0.267 950 -
obs--49.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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