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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t0e | ||||||
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タイトル | Cryptococcus neoformans protein farnesyltransferase in complex with FPP and inhibitor 2b | ||||||
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![]() | Transferase/Inhibitor / Inhibitor / Protein prenylyltransferase / Antifungal / TRANSFERASE / TRANSFERASE-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() prenylation / protein geranylgeranyltransferase type I / CAAX-protein geranylgeranyltransferase activity / CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex / protein farnesyltransferase / protein farnesyltransferase activity / protein farnesyltransferase complex / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Y. / Shi, Y. / Beese, L.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Guided Discovery of Potent Antifungals that Prevent Ras Signaling by Inhibiting Protein Farnesyltransferase. 著者: Wang, Y. / Xu, F. / Nichols, C.B. / Shi, Y. / Hellinga, H.W. / Alspaugh, J.A. / Distefano, M.D. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 193.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7t08C ![]() 7t09C ![]() 7t0aC ![]() 7t0bC ![]() 7t0cC ![]() 7t0dC ![]() 8e9eC ![]() 3sfxS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40913.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_02229 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 56806.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: H99 / ATCC 208821 / CBS 10515 / FGSC 9487 / 遺伝子: CNAG_05740 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 6種, 419分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3FX.gif)
![](data/chem/img/FPP.gif)
![](data/chem/img/XOA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3FX.gif)
![](data/chem/img/FPP.gif)
![](data/chem/img/XOA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-FPP / | #7: 化合物 | ChemComp-XOA / ( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.73 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 100mM CAPSO pH9.5, 50-75mM Li2SO4, 200mM NaCl, 16%-21% PEG4000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.223→37.41 Å / Num. obs: 64466 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06256 / Rpim(I) all: 0.02756 / Rrim(I) all: 0.06853 / Net I/σ(I): 19.01 |
反射 シェル | 解像度: 2.223→2.302 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique obs: 6241 / CC1/2: 0.946 / CC star: 0.986 / Rpim(I) all: 0.334 / Rrim(I) all: 0.8378 / % possible all: 97.52 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SFX 解像度: 2.223→37.41 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 129.75 Å2 / Biso mean: 54.2781 Å2 / Biso min: 31.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.223→37.41 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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