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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7szx | ||||||
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タイトル | Structure of the N-terminal nuclease and origin binding domain of Human Parvovirus B19 | ||||||
![]() | NS1 protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / viral replication / DNA binding / DNA cleaving / DNA nicking / viral origin of replication | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Horton, N.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: High-Resolution Structure of the Nuclease Domain of the Human Parvovirus B19 Main Replication Protein NS1. 著者: Sanchez, J.L. / Ghadirian, N. / Horton, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 636.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 637.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7szyC ![]() 6usmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25337.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.18 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.5 M sodium chloride 0.1 M Tris-HCl pH 7.0 200 mM MgCl2 PH範囲: 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→50.08 Å / Num. obs: 5099 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 91.66 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07557 / Rpim(I) all: 0.07557 / Rrim(I) all: 0.1072 / Net I/σ(I): 5.37 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.625 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4226 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 488 / CC1/2: 0.89 / CC star: 0.971 / Rpim(I) all: 0.4226 / Rrim(I) all: 0.5977 / % possible all: 97.41 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6USM 解像度: 3.5→50.08 Å / SU ML: 0.4762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9938 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→50.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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