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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7szk | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 27a bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex | ||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA/ANTIBIOTIC / Transcription / antibiotics / Rifamycin / TRANSFERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...sigma factor antagonist complex / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
![]() | Shin, Y. / Murakami, K.S. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Optimization of Benzoxazinorifamycins to Improve RNA Polymerase Inhibition and Treatment of Tuberculosis. 著者: Walajapet Rajeswaran / Shireen R Ashkar / Pil H Lee / Larisa Yeomans / Yeonoh Shin / Scott G Franzblau / Katsuhiko S Murakami / Hollis D Showalter / George A Garcia / ![]() 要旨: Rifampin (RMP), a very potent inhibitor of the (MTB) RNA polymerase (RNAP), remains a keystone in the treatment of tuberculosis since its introduction in 1965. However, rifamycins suffer from ...Rifampin (RMP), a very potent inhibitor of the (MTB) RNA polymerase (RNAP), remains a keystone in the treatment of tuberculosis since its introduction in 1965. However, rifamycins suffer from serious drawbacks, including 3- to 9-month treatment times, Cyp450 induction (particularly problematic for HIV-MTB coinfection), and resistant mutations within RNAP that yield RIF-resistant (RIF) MTB strains. There is a clear and pressing need for improved TB therapies. We have utilized a structure-based drug design approach to synthesize and test novel benzoxazinorifamycins (bxRIF), congeners of the clinical candidate rifalazil. Our goal is to gain binding interactions that will compensate for the loss of RIF-binding affinity to the (RIF) MTB RNAP and couple those with substitutions that we have previously found that essentially eliminate Cyp450 induction. Herein, we report a systematic exploration of 42 substituted bxRIFs that have yielded an analogue () that has an excellent in vitro activity (MTB RNAP inhibition, MIC, MBC), enhanced (∼30-fold > RMP) activity against RIF MTB RNAP, negligible hPXR activation, good mouse pharmacokinetics, and excellent activity with no observable adverse effects in an acute mouse TB model. In a time-kill study, has a 7 day MBC that is ∼10-fold more potent than RMP. These results suggest that may exhibit a faster kill rate than RMP, which could possibly reduce the clinical treatment time. Our synthetic protocol enabled the synthesis of ∼2 g of at >95% purity in 3 months, demonstrating the feasibility of scale-up synthesis of bxRIFs for preclinical and clinical studies. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 695.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 541.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 115.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 173.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25571MC ![]() 7szjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*TP*CP*A)- ... , 2種, 2分子 XY
#6: DNA鎖 | 分子量: 19552.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 19903.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 4分子 ![](data/chem/img/D9X.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#8: 化合物 | ChemComp-D9X / ( |
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#9: 化合物 | ChemComp-MG / |
#10: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 27a bound to E. coli RNAP and rrnBP1 promoter complex タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3110 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3.0.0 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 285262 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 99.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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