PDB-7sz8: Crystal structure of human CELSR1 EC4-7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sz8

タイトル

Crystal structure of human CELSR1 EC4-7

要素

Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1

キーワード

CELL ADHESION / planar cell polarity / signaling / Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization involved in establishment of planar polarity / orthogonal dichotomous subdivision of terminal units involved in lung branching morphogenesis / planar dichotomous subdivision of terminal units involved in lung branching morphogenesis / lateral sprouting involved in lung morphogenesis / establishment of body hair planar orientation / establishment of planar polarity of embryonic epithelium / establishment of planar polarity / apical protein localization / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / homophilic cell-cell adhesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.337 Å

データ登録者

Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of human CELSR1 EC4-7
著者: Tamilselvan, E. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2021年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年5月10日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id
改定 2.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sz8.cif.gz	321.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sz8.ent.gz	252.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sz8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sz8_validation.pdf.gz	6.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sz8_full_validation.pdf.gz	6.9 MB	表示
XML形式データ	7sz8_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	7sz8_validation.cif.gz	44.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/7sz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/7sz8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5sznS 5t9tS 5v5xS 6c13S 6e6bS 6vg4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (10) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (7) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#184 - 2015年4月
グルカゴン (Glucagon)
類似性 (10)
#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (7)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (7)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (3)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (6)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#17 - 2001年5月
シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1

B: Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1

ヘテロ分子

99.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.384, 76.943, 92.742
Angle α, β, γ (deg.)	89.834, 87.776, 76.235
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 / Cadherin family member 9 / Flamingo homolog 2 / hFmi2 分子量: 49165.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CELSR1, CDHF9, FMI2 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q9NYQ6

#1: タンパク質

Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 / Cadherin family member 9 / Flamingo homolog 2 / hFmi2

分子量: 49165.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CELSR1, CDHF9, FMI2 / プラスミド: pET21a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIPL / 参照: UniProt: Q9NYQ6

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M MES pH 7.3, 30% PEG400

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.337→46.378 Å / Num. obs: 47823 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 15.375
反射シェル	解像度: 2.337→2.39 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 8.824 / Num. unique obs: 1953 / CC_1/2: 0.984 / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5t9t, 5szn, 5v5x, 6c13, 6e6b, 6vg4

解像度: 2.337→46.378 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 16.6 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2794	1974	4.84 %
R_work	0.2133	38811	-
all	0.217	-	-
obs	-	40785	84.627 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.087 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.333 Å²	2.056 Å²	-3.349 Å²
2-	-	-4.996 Å²	3.032 Å²
3-	-	-	8.536 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.337→46.378 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6472	0	20	157	6649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	6613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.752	1.645	9052
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.23	1.575	13721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.649	5	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.649	23.316	377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.195	15	996
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.575	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	1119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3447
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.095	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.168	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.174	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.068	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.958	2.212	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.957	2.212	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.596	3.313	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.596	3.314	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.929	2.312	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.929	2.312	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.53	3.433	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.53	3.433	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.959	25.395	6761
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.916	25.336	6728

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.337-2.397	0.329	127	0.271	2491	X-RAY DIFFRACTION	73.498
2.397-2.463	0.326	138	0.257	2933	X-RAY DIFFRACTION	87.8684
2.463-2.534	0.321	119	0.256	2920	X-RAY DIFFRACTION	90.3389
2.534-2.612	0.316	147	0.25	2863	X-RAY DIFFRACTION	92.1899
2.612-2.698	0.333	133	0.229	2792	X-RAY DIFFRACTION	91.6353
2.698-2.792	0.308	142	0.223	2607	X-RAY DIFFRACTION	89.1664
2.792-2.898	0.265	138	0.206	2230	X-RAY DIFFRACTION	80.6814
2.898-3.016	0.282	148	0.223	2483	X-RAY DIFFRACTION	90.5368
3.016-3.15	0.303	99	0.235	2381	X-RAY DIFFRACTION	91.3444
3.15-3.303	0.333	117	0.24	2179	X-RAY DIFFRACTION	87.3336
3.303-3.482	0.27	88	0.229	2015	X-RAY DIFFRACTION	85.2452
3.482-3.693	0.281	79	0.222	1859	X-RAY DIFFRACTION	81.9797
3.693-3.947	0.296	106	0.196	1594	X-RAY DIFFRACTION	77.5901
3.947-4.263	0.237	94	0.185	1330	X-RAY DIFFRACTION	67.4242
4.263-4.669	0.225	78	0.174	1333	X-RAY DIFFRACTION	75.3739
4.669-5.218	0.268	47	0.164	1259	X-RAY DIFFRACTION	76.3743
5.218-6.022	0.249	67	0.186	1225	X-RAY DIFFRACTION	84.3893
6.022-7.368	0.306	37	0.18	1056	X-RAY DIFFRACTION	86.8149
7.368-10.387	0.19	34	0.165	772	X-RAY DIFFRACTION	81.005
10.387-46.378	0.216	36	0.209	489	X-RAY DIFFRACTION	96.1538

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9786	-2.2573	1.7627	5.8018	-2.7602	3.1546	0.1192	0.2661	0.1607	-0.5179	-0.0304	0.2645	-0.098	-0.0315	-0.0888	0.1449	-0.0311	0.0262	0.2359	-0.0052	0.1454	-12.9263	101.6674	-36.2821
2	1.3021	-1.4875	0.6853	5.7064	-1.275	0.4272	0.0264	0.0093	-0.0685	-0.062	0.0258	0.2566	0.0266	-0.032	-0.0522	0.0824	-0.02	0.0494	0.1719	-0.0404	0.0501	5.5121	56.957	-19.9803
3	1.3504	-1.8805	0.2626	5.0999	-1.4495	0.8301	-0.0005	-0.0478	-0.0266	0.1615	0.0376	0.0603	0.0414	0.0332	-0.0371	0.0641	-0.0268	0.0091	0.1489	-0.0618	0.0276	17.0849	11.519	-7.0028
4	4.3211	-2.7655	1.4372	3.9415	-1.5269	1.808	-0.0886	-0.2064	-0.0284	0.2578	0.0529	-0.0153	0.0164	-0.0112	0.0357	0.2296	0.0288	0.0152	0.229	-0.0575	0.0218	42.7988	-25.9208	13.0054
5	3.0393	-3.103	2.0081	4.6832	-3.0677	2.5956	-0.0495	0.021	0.2135	0.1063	-0.0773	-0.4449	0.0076	0.1386	0.1269	0.4001	0.0033	-0.0489	0.3032	-0.0304	0.108	48.8231	-10.7033	26.492
6	1.2669	-0.2936	0.5297	3.8404	-1.2896	1.747	-0.0725	-0.0024	-0.0003	0.1637	0.0035	-0.2883	0.0123	0.2025	0.069	0.1014	-0.0055	0.0042	0.1855	-0.0528	0.0397	30.8409	29.6536	-0.0582
7	0.8588	-0.5976	0.7629	4.2112	-2.0992	1.6857	0.0555	0.0342	-0.003	0.1362	-0.0131	-0.0892	0.0596	0.0116	-0.0424	0.0557	-0.0364	0.0036	0.1386	-0.047	0.0437	21.6987	74.135	-16.5705
8	1.9196	-1.7733	0.6802	5.0888	-1.8749	2.2468	-0.1576	0.073	0.1739	0.0004	0.0317	0.0973	-0.4431	-0.1857	0.1258	0.2127	0.0078	-0.0038	0.2213	-0.0426	0.1137	3.2358	116.1792	-36.0173

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	338 - 463
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	801 - 803
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	464 - 565
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	804 - 805
5	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	566 - 668
6	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	806 - 808
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	669 - 773
8	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	809
9	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B	337 - 463
10	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	B	801 - 803
11	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	B	464 - 565
12	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	B	804 - 805
13	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	B	566 - 668
14	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	B	806 - 808
15	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	B	669 - 773
16	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	B	809

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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