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- PDB-7swh: Crystal Structure of Putative cystathionine gamma-synthase from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7swh
タイトルCrystal Structure of Putative cystathionine gamma-synthase from Burkholderia pseudomallei in Complex with PLP
要素Putative cystathionine gamma-synthase
キーワードLIGASE / SSGCID / PLP / LLP / cystathionine gamma-synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / transsulfuration / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / pyridoxal phosphate binding / Cystathionine gamma-synthase
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Putative cystathionine gamma-synthase from Burkholderia pseudomallei in Complex with PLP
著者: DeBouver, N.D. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cystathionine gamma-synthase
B: Putative cystathionine gamma-synthase
C: Putative cystathionine gamma-synthase
D: Putative cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,0685
ポリマ－197,0064
非ポリマー621
水14,178787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19170 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area52940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.730, 156.890, 81.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 67 or resid 79...
21(chain B and (resid 5 or (resid 6 and (name...
31(chain C and (resid 5 through 8 or (resid 9...
41(chain D and (resid 5 or (resid 6 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 5 through 67 or resid 79...A5 - 67
121(chain A and (resid 5 through 67 or resid 79...A79 - 119
131(chain A and (resid 5 through 67 or resid 79...A120
141(chain A and (resid 5 through 67 or resid 79...A5 - 502
151(chain A and (resid 5 through 67 or resid 79...A5 - 502
161(chain A and (resid 5 through 67 or resid 79...A5 - 502
211(chain B and (resid 5 or (resid 6 and (name...B5
221(chain B and (resid 5 or (resid 6 and (name...B6
231(chain B and (resid 5 or (resid 6 and (name...B5 - 427
241(chain B and (resid 5 or (resid 6 and (name...B5 - 427
251(chain B and (resid 5 or (resid 6 and (name...B5 - 427
261(chain B and (resid 5 or (resid 6 and (name...B5 - 427
311(chain C and (resid 5 through 8 or (resid 9...C5 - 8
321(chain C and (resid 5 through 8 or (resid 9...C9 - 12
331(chain C and (resid 5 through 8 or (resid 9...C5 - 428
341(chain C and (resid 5 through 8 or (resid 9...C5 - 428
351(chain C and (resid 5 through 8 or (resid 9...C5 - 428
361(chain C and (resid 5 through 8 or (resid 9...C5 - 428
411(chain D and (resid 5 or (resid 6 and (name...D5
421(chain D and (resid 5 or (resid 6 and (name...D6
431(chain D and (resid 5 or (resid 6 and (name...D5 - 427
441(chain D and (resid 5 or (resid 6 and (name...D5 - 427
451(chain D and (resid 5 or (resid 6 and (name...D5 - 427
461(chain D and (resid 5 or (resid 6 and (name...D5 - 427

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要素

#1: タンパク質
Putative cystathionine gamma-synthase


分子量: 49251.406 Da / 分子数: 4 / 断片: RityA.18390.a.B2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSS0913 / プラスミド: RityA.18390.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63LU9
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 787 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: RityA.18390.a.B2 + SycoA.20508.e.PG1 [Barcode: 320527g9, PuckID: oce7-3, Cryo: 15% EG, Concentration: 9.9 mg/mL] (100mM Sodium acetate/Hydrochloric acid pH 4.6, 25% (w/v) PEG 4000, 200mM ...詳細: RityA.18390.a.B2 + SycoA.20508.e.PG1 [Barcode: 320527g9, PuckID: oce7-3, Cryo: 15% EG, Concentration: 9.9 mg/mL] (100mM Sodium acetate/Hydrochloric acid pH 4.6, 25% (w/v) PEG 4000, 200mM Ammonium sulfate) Cryo: 15 EG

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月15日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.53 Å / Num. obs: 75200 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.825 % / Biso Wilson estimate: 31.32 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 11.28 / Num. measured all: 287664 / Scaling rejects: 12
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.313.8350.6052.2921358557855690.7610.70399.8
2.31-2.373.8350.5442.5120780542854190.8080.63299.8
2.37-2.443.8450.4513.0320150524652400.8590.52499.9
2.44-2.523.8470.3843.5619702513751220.8930.44799.7
2.52-2.63.8490.3194.2619039495649460.920.37199.8
2.6-2.693.8420.2625.1818399479347890.9460.30599.9
2.69-2.793.8480.2076.5217880465846460.9630.24199.7
2.79-2.93.8440.1777.5317180448144690.9740.20699.7
2.9-3.033.840.1459.1416308425242470.9810.16999.9
3.03-3.183.8420.11711.1115736411340960.9860.13699.6
3.18-3.353.8190.08814.2114762388138650.9920.10299.6
3.35-3.563.8080.06917.3614095371737010.9940.0899.6
3.56-3.83.7830.05920.0713065347334540.9950.06999.5
3.8-4.113.7880.05122.2212144322532060.9960.0699.4
4.11-4.53.7890.04425.4211197296829550.9970.05199.6
4.5-5.033.8040.04126.6610205269726830.9970.04899.5
5.03-5.813.830.04324.549104238823770.9980.0599.5
5.81-7.123.8250.0425.497676201220070.9980.04699.8
7.12-10.063.760.03231.85855157115570.9980.03899.1
10.06-48.533.5550.02933.5830298818520.9980.03596.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3_4406精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O3V

4o3v


解像度: 2.25→48.53 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 2066 2.75 %
Rwork0.1624 73117 -
obs0.1636 75183 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.26 Å2 / Biso mean: 37.3054 Å2 / Biso min: 17.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12434 0 4 789 13227
Biso mean--49.01 36.61 -
残基数----1653
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A7460X-RAY DIFFRACTION7.954TORSIONAL
12B7460X-RAY DIFFRACTION7.954TORSIONAL
13C7460X-RAY DIFFRACTION7.954TORSIONAL
14D7460X-RAY DIFFRACTION7.954TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.30.29891370.222148364973100
2.3-2.360.28391610.216848695030100
2.36-2.420.28631460.207348534999100
2.42-2.490.25091170.199648784995100
2.49-2.580.2851080.189849145022100
2.58-2.670.22321230.190248564979100
2.67-2.770.24091500.189748675017100
2.77-2.90.26061280.194949135041100
2.9-3.050.21581290.189448524981100
3.05-3.240.22961280.181148945022100
3.24-3.50.24231330.167348654998100
3.5-3.850.19211570.146548585015100
3.85-4.40.16731660.126948525018100
4.4-5.550.14761400.122548875027100
5.55-48.530.15771430.13614923506699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.32410.98921.69592.88280.51691.8664-0.1005-0.20140.05340.13080.0872-0.28870.05470.33320.03540.1620.05870.00790.3497-0.00230.289151.6534-1.19992.3578
21.4094-1.68290.78332.3095-1.26261.3034-0.18990.01510.3620.2689-0.0165-0.5778-0.26280.19240.22270.2648-0.0498-0.07350.3196-0.02830.399644.661226.473483.3461
30.834-0.39851.00121.8659-0.60552.3011-0.03860.11490.12520.24610.0475-0.24430.0740.2015-0.01040.25970.009-0.01910.2737-0.05640.313437.665926.510395.142
42.4047-0.9798-0.31542.5251-0.09272.7111-0.3995-0.54050.01160.52390.24670.12440.2062-0.11510.17980.43210.09150.0340.3098-0.06390.271421.300834.478110.9422
51.3211-0.74670.24171.6629-0.17891.1354-0.1298-0.11060.29130.23930.0499-0.1386-0.1916-0.02970.06520.21770.0146-0.00790.1865-0.05150.258623.246738.209994.6766
61.69020.2086-0.46332.3977-0.84412.76090.0092-0.12220.08060.05570.01740.41170.0455-0.2348-0.02250.24510.05590.04580.2899-0.06260.34244.085934.644490.1326
70.70070.5031-0.16953.329-0.19320.67510.01830.0116-0.0493-0.1826-0.01930.4496-0.0355-0.18940.04560.20220.016-0.02880.3153-0.01920.33929.008117.698867.663
80.87210.46130.33311.4255-0.69142.3676-0.08970.17150.0526-0.18820.01620.13010.05640.0230.07480.16940.0064-0.01040.2303-0.00610.248722.619928.153747.5807
91.4054-0.48640.63231.3406-0.64391.7995-0.10780.26330.4479-0.0888-0.2756-0.3879-0.26130.44310.25770.2554-0.0376-0.01540.29620.11580.393835.636741.615161.3803
100.4151.08660.41734.3257-0.77012.9496-0.01480.1972-0.0889-0.10760.0449-1.01540.02290.5322-0.09520.2162-0.02060.05620.4121-0.01820.479947.50634.152175.1434
110.71680.25860.11553.8305-0.86540.19880.04750.34540.3064-0.1912-0.213-0.32260.04640.22660.23260.30940.00670.03490.42040.07760.351245.298518.422862.1626
120.45790.111-0.1780.7105-0.10381.2206-0.05250.0983-0.0773-0.1325-0.01650.02010.1207-0.05360.06910.2238-0.00480.03490.225-0.03030.23830.791-5.205454.9789
134.1996-0.55992.84943.9135-0.23122.5343-0.106-0.0015-0.0088-0.3480.01280.35180.1252-0.24610.0980.2478-0.06880.06490.2683-0.07110.254812.103-11.017965.9253
141.8115-0.8530.68711.190.62972.0669-0.1757-0.1226-0.33030.11050.14920.57720.2313-0.456-0.04560.2393-0.05090.110.33560.00230.352813.6552-2.071581.9198
150.6236-1.25410.02432.422-0.0285-0.0112-0.06140.0272-0.15630.2639-0.05560.42840.0948-0.14440.15270.3293-0.04010.09660.3452-0.02630.31499.799213.821292.5979
160.6627-0.0962-0.13540.80610.07311.2007-0.0622-0.0926-0.03640.14370.0397-0.02980.09280.05620.01880.19640.01340.01930.2106-0.0120.224231.9777-0.9645102.8008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 352 through 428 )C352 - 428
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 5 through 61 )D5 - 61
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 62 through 118 )D62 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 119 through 192 )D119 - 192
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 193 through 350 )D193 - 350
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 351 through 427 )D351 - 427
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 5 through 96 )A5 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 97 through 276 )A97 - 276
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 277 through 427 )A277 - 427
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 5 through 41 )B5 - 41
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 42 through 96 )B42 - 96
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 97 through 351 )B97 - 351
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 352 through 427 )B352 - 427
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 5 through 41 )C5 - 41
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 42 through 96 )C42 - 96
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 97 through 351 )C97 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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