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- PDB-7svp: Structure of compound 34 bound to human Phospholipase D2 catalyti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7svp
タイトルStructure of compound 34 bound to human Phospholipase D2 catalytic domain
要素Phospholipase D2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / phosphodiesterase / HKD motif / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PG / phosphatidic acid biosynthetic process / Synthesis of PA / synaptic vesicle recycling / regulation of vesicle-mediated transport / G protein-coupled receptor internalization / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phospholipase D activity / small GTPase-mediated signal transduction ...Synthesis of PG / phosphatidic acid biosynthetic process / Synthesis of PA / synaptic vesicle recycling / regulation of vesicle-mediated transport / G protein-coupled receptor internalization / phospholipase D / phospholipid catabolic process / phospholipase D activity / small GTPase-mediated signal transduction / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RAC2 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / phosphatidylinositol binding / brush border membrane / presynapse / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phospholipase D, eukaryotic type / Phospholipase D family / Phospholipase D Active site motif / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...Phospholipase D, eukaryotic type / Phospholipase D family / Phospholipase D Active site motif / Phospholipase D-like domain / PLD-like domain / Phospholipase D. Active site motifs. / Phospholipase D/Transphosphatidylase / Phospholipase D phosphodiesterase active site profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CI0 / Phospholipase D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Metrick, C.M. / Chodaparambil, J.V.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Phospholipase D Inhibitors with Improved Drug-like Properties and Central Nervous System Penetrance.
著者: May-Dracka, T.L. / Gao, F. / Hopkins, B.T. / Hronowski, X. / Chen, T. / Chodaparambil, J.V. / Metrick, C.M. / Cullivan, M. / Enyedy, I. / Kaliszczak, M. / Kankel, M.W. / Marx, I. / Michell- ...著者: May-Dracka, T.L. / Gao, F. / Hopkins, B.T. / Hronowski, X. / Chen, T. / Chodaparambil, J.V. / Metrick, C.M. / Cullivan, M. / Enyedy, I. / Kaliszczak, M. / Kankel, M.W. / Marx, I. / Michell-Robinson, M.A. / Murugan, P. / Kumar, P.R. / Rooney, M. / Schuman, E. / Sen, A. / Wang, T. / Ye, T. / Peterson, E.A.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Phospholipase D2
A: Phospholipase D2
B: Phospholipase D2
D: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,9298
ポリマ－291,3874
非ポリマー1,5424
水3,549197
1
C: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2322
ポリマ－72,8471
非ポリマー3861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2322
ポリマ－72,8471
非ポリマー3861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2322
ポリマ－72,8471
非ポリマー3861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Phospholipase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2322
ポリマ－72,8471
非ポリマー3861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.721, 132.238, 113.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.649, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Phospholipase D2 / hPLD2 / Choline phosphatase 2 / PLD1C / Phosphatidylcholine-hydrolyzing phospholipase D2


分子量: 72846.781 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O14939, phospholipase D
#2: 化合物
ChemComp-CI0 / 1-(1-{(2S)-1-[(3R,5R)-3,5-dimethylpiperazin-1-yl]-1-oxopropan-2-yl}piperidin-4-yl)-1,3-dihydro-2H-benzimidazol-2-one


分子量: 385.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H31N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.08 M sodium cacodylate pH 6.6, 14% PEG 8000, 20% glycerol, 0.16 M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→111 Å / Num. obs: 57790 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 60.85 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 3.82
反射 シェル解像度: 3.05→3.14 Å / Num. unique obs: 2260 / CC1/2: 0.445

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OHO

6oho


解像度: 2.9→111 Å / SU ML: 0.527 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 40.9543
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3266 2833 4.93 %
Rwork0.29 54608 -
obs0.2918 57441 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17014 0 112 197 17323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001817598
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.469224057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412712
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00393084
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.83556004
LS精密化 シェル解像度: 2.9→111 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2809 153 -
Rwork0.2698 2726 -
obs--96.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.78662029229-0.2250139733620.4838510256282.30885023778-0.3563381630251.923173762920.1786343202210.5568456615450.20135469955-0.365033444008-0.00633937876465-0.18615957786-0.1486962174450.135636713928-0.1617330907760.3074936907380.03107135648670.04684008983930.3415204797480.03961904986310.394037986469-3.6230714676-39.3490064267-6.61700902722
23.250267719650.2194926077140.520311504274.11271650646-0.4202768528061.482768663970.11635118209-0.3093198501510.85904037690.551168058399-0.121966527398-0.606383515666-0.244579792098-0.02321183810140.08898127970910.425935406976-0.00817898657875-0.02176935134020.195654696723-0.1177693284660.6215541132530.693233039614-37.07196587914.5222028586
31.69249711555-0.535311228877-0.1376374493372.79079859987-0.01093918479071.6651920228-0.0146605239858-0.221818932441-0.5208904450220.4505983119-0.00167997719137-0.2597683744760.3606845665590.06076089825590.0004175422561830.41301632275-0.00837647502522-0.001326250111030.2715504529180.03376162566540.484308230906-2.18274857005-56.10259306212.8490631846
43.172386665211.622970206241.354000409621.137867447210.8872052377243.60040539382-0.4812914571950.3540063490440.1957879541-0.199331582034-0.02688065048050.39192411393-0.1332400395360.1410525525920.4372409582660.5427640880150.04204409301220.1474709513870.5559555037980.0402245465491.0183613407329.270532557-8.4734184015544.4243980749
52.76873081658-0.3785261067131.730553125751.722911500430.2757521007751.831842463790.2429449976350.09664826646160.0593095948774-0.0393763854561-0.1341663745660.3607089612710.351905119740.221230592175-0.05696078702340.4793434270370.01665415549540.1367709543040.644596531213-0.04184012573061.0538164434633.6682449398-17.390335288643.9187390654
61.84178257948-0.01233187287841.438341976141.203312807480.0752065526262.9475708588-0.134395036855-0.269818759337-0.2529678167080.272996544977-0.0971839576131-0.1098225756-0.09692186798110.1922136522620.2110155817390.387804333882-0.01116662004970.02501673730140.7785518534330.09584669876391.0281600757336.804529262-12.778912168764.6315309521
73.07045203703-0.827585390559-0.837028884733.28672739572-0.2531289811812.02748561327-0.265040035473-0.530584475158-0.5276356407590.0681397921353-0.0382751061914-0.08971917709220.202179611076-0.08091928950850.2297070393680.468125188902-0.0285707031638-0.0638285056640.660800316368-0.06305269341570.75029504440930.0545984707-23.469568968968.7156778244
81.041465834250.4064713616580.08667265010151.328094505370.4887722985671.65637628042-0.0548340423741-0.2120177684550.02725032278740.120106414696-0.04999988013760.0500033152779-0.0546441092514-0.1158729023140.1219841060440.4844518961350.007526259234240.08661562713060.389478991877-0.02712508705560.868146545078-6.7843386671-9.3360623379762.3794847229
90.907039913923-0.1237287131570.1170893844481.87075529924-0.3767228517191.258379830340.0431220338548-0.0537073379496-0.127656987315-0.1447413902710.06182748716650.2067085860050.0443017315827-0.05966717077-0.1199047000950.51261687113-0.002724169995720.02802971702470.3693148736870.004202757703870.938296781056-9.33653036852-20.624693727542.828635042
104.70114608478-0.05570744847581.324825002412.232496074750.7495822184652.299821229630.0694421427691-0.5915281737170.299861360410.2041467585640.02134495710070.04711044879450.0633112776417-0.129212623177-0.08601079580920.317883615006-0.0126253722484-0.02041554133050.4342725402880.01466432436090.55459492886547.881032864-43.456568032410.9640262287
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124.44666467547-0.4808907700240.3118866643560.781150156547-0.2059057180471.517588045790.2793576685350.0732675937135-0.658168490723-0.4144903365730.01501352173720.8069525793940.593649276327-0.00821811449379-0.178408723910.720908424827-0.0502972509976-0.003509273827860.451207810597-0.1214316588290.94329658830942.8886056436-62.7842006009-12.1180948781
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 320 through 569 )CA320 - 5691 - 228
22chain 'C' and (resid 570 through 680 )CA570 - 680229 - 328
33chain 'C' and (resid 681 through 933 )CA681 - 933329 - 571
44chain 'A' and (resid 321 through 412 )AC321 - 4121 - 92
55chain 'A' and (resid 413 through 530 )AC413 - 53093 - 188
66chain 'A' and (resid 531 through 779 )AC531 - 779189 - 409
77chain 'A' and (resid 780 through 933 )AC780 - 933410 - 555
88chain 'B' and (resid 320 through 568 )BE320 - 5681 - 227
99chain 'B' and (resid 569 through 933 )BE569 - 933228 - 574
1010chain 'D' and (resid 320 through 549 )DG320 - 5491 - 208
1111chain 'D' and (resid 550 through 839 )DG550 - 839209 - 467
1212chain 'D' and (resid 840 through 933 )DG840 - 933468 - 550

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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