PDB-7suu: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-26

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7suu

タイトル

Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-26

要素

Cadherin-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING / MECHANOTRANSDUCTION / CALCIUM-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / inner ear receptor cell stereocilium organization / stereocilium tip / photoreceptor ribbon synapse / kinocilium / inner ear auditory receptor cell differentiation / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.248 Å

データ登録者

Boyer, M.D. / Sandhu, J.S. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Mouse Cadherin-23 EC25-26
著者: Boyer, M.D. / Sandhu, J.S. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2021年11月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7suu.cif.gz	121 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7suu.ent.gz	87.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7suu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7suu_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7suu_full_validation.pdf.gz	5.6 MB	表示
XML形式データ	7suu_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	7suu_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7suu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7suu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vt8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cadherin-23

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.237, 88.488, 206.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-3098- HOH

#1: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 28245.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M HEPES ph 7.8 0.35 M CaCl2 28 % PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.248→45.055 Å / Num. obs: 35493 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.968 / Net I/σ(I): 11.08
反射シェル	解像度: 2.248→2.3 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1498 / CC_1/2: 0.894 / % possible all: 84.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5VT8

5vt8

解像度: 2.248→45.055 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 5.589 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2533	1730	4.947 %
R_work	0.1976	33241	-
all	0.2	-	-
obs	-	34971	98.602 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.253 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.953 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.199 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.152 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.248→45.055 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3717	0	19	212	3948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.593	1.652	5221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.262	1.58	8236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.179	5	469
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.46	22.743	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.836	15	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.819	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.19	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.204	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.311	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.149	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.178	3.72	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.177	3.718	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.499	5.562	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.5	5.564	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.908	4.101	1936
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.902	4.099	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.851	6.009	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.851	6.009	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.379	43.397	4064
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.353	43.22	4019

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.248-2.306	0.319	100	0.238	2174	X-RAY DIFFRACTION	88.2079
2.306-2.369	0.306	114	0.231	2399	X-RAY DIFFRACTION	99.2496
2.369-2.438	0.316	126	0.216	2303	X-RAY DIFFRACTION	99.7946
2.438-2.513	0.31	115	0.209	2299	X-RAY DIFFRACTION	99.6697
2.513-2.595	0.272	128	0.201	2186	X-RAY DIFFRACTION	99.7844
2.595-2.686	0.25	112	0.204	2097	X-RAY DIFFRACTION	99.7742
2.686-2.787	0.286	109	0.203	2049	X-RAY DIFFRACTION	99.815
2.787-2.901	0.295	95	0.215	1975	X-RAY DIFFRACTION	99.3282
2.901-3.03	0.286	94	0.228	1910	X-RAY DIFFRACTION	99.5035
3.03-3.178	0.28	88	0.223	1830	X-RAY DIFFRACTION	99.7919
3.178-3.35	0.255	90	0.22	1732	X-RAY DIFFRACTION	99.3457
3.35-3.553	0.26	99	0.21	1624	X-RAY DIFFRACTION	99.5378
3.553-3.798	0.259	79	0.19	1546	X-RAY DIFFRACTION	99.3276
3.798-4.101	0.215	73	0.17	1424	X-RAY DIFFRACTION	98.4868
4.101-4.492	0.206	73	0.154	1316	X-RAY DIFFRACTION	97.2008
4.492-5.021	0.188	64	0.156	1215	X-RAY DIFFRACTION	99.2242
5.021-5.796	0.253	70	0.169	1059	X-RAY DIFFRACTION	99.735
5.796-7.093	0.224	57	0.202	915	X-RAY DIFFRACTION	99.8972
7.093-10.007	0.243	31	0.188	749	X-RAY DIFFRACTION	99.3631
10.007-45.055	0.234	13	0.237	439	X-RAY DIFFRACTION	98.9059

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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