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- PDB-7suk: Structure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Proc... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 7suk
タイトルStructure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Processome Isolated from R2TP-depleted Yeast Cells
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 15
  • (Nucleolar complex protein ...) x 2
  • (Nucleolar protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 3
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 17
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 3
  • (rRNA-processing protein ...) x 2
  • 18S pre-rRNA
  • 5' ETS
  • Bud site selection protein 21
  • Essential nuclear protein 1
  • KRR1 small subunit processome component
  • NET1-associated nuclear protein 1
  • Periodic tryptophan protein 2
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Protein BFR2
  • Protein FAF1
  • Protein SOF1
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • RRP9 isoform 1
  • Regulator of rDNA transcription protein 14
  • Ribonucloprotein
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
  • Ribosomal RNA-processing protein 7
  • Something about silencing protein 10
  • U3 snoRNA
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
  • rRNA biogenesis protein RRP5
キーワードRIBOSOME / Bfr2 / Lcp5 / Small subunit processome / RIBOSOMAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA wobble cytosine modification / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / RNA fragment catabolic process / tRNA acetylation ...tRNA wobble cytosine modification / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / box H/ACA snoRNA binding / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / Noc4p-Nop14p complex / RNA fragment catabolic process / tRNA acetylation / rRNA 2'-O-methylation / CURI complex / UTP-C complex / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / t-UTP complex / nuclear microtubule / Mpp10 complex / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / regulation of rRNA processing / box C/D sno(s)RNA binding / septum digestion after cytokinesis / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of transcription by RNA polymerase I / box C/D methylation guide snoRNP complex / tRNA export from nucleus / single-stranded telomeric DNA binding / rRNA primary transcript binding / rRNA base methylation / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / O-methyltransferase activity / small nuclear ribonucleoprotein complex / 90S preribosome assembly / rRNA methylation / histone H2AQ104 methyltransferase activity / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / mRNA modification / U3 snoRNA binding / poly(U) RNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / snoRNA binding / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / establishment of cell polarity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / 90S preribosome / proteasome assembly / RNA processing / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal small subunit export from nucleus / vesicle-mediated transport / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RNA endonuclease activity / nuclear periphery / enzyme activator activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / translational initiation / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / unfolded protein binding / protein transport / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Regulator of rDNA transcription 14 / Regular of rDNA transcription protein 14 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / : / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 ...Regulator of rDNA transcription 14 / Regular of rDNA transcription protein 14 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / : / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / : / : / NUC153 domain / Nucleolar protein 10-like, second domain / Nucleolar protein 10-like, N-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / : / Utp8, N-terminal beta propeller / Utp8, C-terminal / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / Nucleolar complex protein 4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 domain / Small subunit processome component 20 homolog, C-terminal / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10/TcmA, helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / NOL6/Upt22 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Rrp7 RRM-like N-terminal domain / Small-subunit processome, Utp11 / Sof1-like protein / BING4, C-terminal domain / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / Fcf2/DNTTIP2 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / : / : / Utp11 protein / Sof1-like domain / BING4CT (NUC141) domain / Fcf2 pre-rRNA processing / BING4CT (NUC141) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / UTP15 C terminal / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / Fcf1 / Nucleolar protein 58/56, N-terminal / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / NOP5NT (NUC127) domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2 / Utp13 specific WD40 associated domain / Small-subunit processome, Utp12 / Dip2/Utp12 Family / Sas10/Utp3/C1D / Small-subunit processome, Utp21 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 2 / Sas10/Utp3/C1D family / Mpp10 protein / Utp21 specific WD40 associated putative domain / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribonucloprotein / RRP9 isoform 1 / Nucleolar protein 58 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribonucloprotein / RRP9 isoform 1 / Nucleolar protein 58 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Ribosomal RNA-processing protein 7 / KRR1 small subunit processome component / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / Ribosome biogenesis protein UTP30 / Essential nuclear protein 1 / Small ribosomal subunit protein uS11B / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Regulator of rDNA transcription protein 14 / Protein FAF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Nucleolar complex protein 4 / Protein BFR2 / rRNA processing protein RCL1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / rRNA-processing protein FCF2 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Rai, J. / Zhao, Y. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM124622 米国
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Artificial intelligence-assisted cryoEM structure of Bfr2-Lcp5 complex observed in the yeast small subunit processome.
著者: Yu Zhao / Jay Rai / Chong Xu / Huan He / Hong Li /
要旨: Eukaryotic ribosome is maturated through an elaborate process that includes modification, processing and folding of pre-ribosomal RNA (pre-rRNAs) by a series of ribosome assembly intermediates. More ...Eukaryotic ribosome is maturated through an elaborate process that includes modification, processing and folding of pre-ribosomal RNA (pre-rRNAs) by a series of ribosome assembly intermediates. More than 70 factors participate in the dynamic assembly and disassembly of the small subunit processome (90S) inside nucleolus, leading to the early maturation of small subunit. The 5' domain of the 18S rRNA is the last to be incorporated into the stable 90S prior to the cleavage of pre-rRNA at the A1 site. This step is facilitated by the Kre33-Enp2-Bfr2-Lcp5 protein module with the participation of the DEAD-box protein Dbp4. Though structures of Kre33 and Enp2 have been modeled in previously observed 90S structures, that of Bfr2-Lcp5 complex remains unavailable. Here, we report an AlphaFold-assisted structure determination of the Bfr2-Lcp5 complex captured in a 3.99 Å - 7.24 Å cryoEM structure of 90S isolated from yeast cells depleted of Pih1, a chaperone protein of the 90S core assembly. The structure model is consistent with the protein-protein interaction results and the secondary structures of recombinant Bfr2 and Bfr2-Lcp5 complex obtained by Circular Dichroism. The Bfr2-Lcp5 complex interaction mimics that of exosome factors Rrp6-Rrp47 and acts to regulate 90S transitions.
#1: ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Artificial intelligence-assisted cryoEM structure of Bfr2-Lcp5 complex observed in the yeast small subunit processome.
著者: Yu Zhao / Jay Rai / Chong Xu / Huan He / Hong Li /
要旨: Eukaryotic ribosome is maturated through an elaborate process that includes modification, processing and folding of pre-ribosomal RNA (pre-rRNAs) by a series of ribosome assembly intermediates. More ...Eukaryotic ribosome is maturated through an elaborate process that includes modification, processing and folding of pre-ribosomal RNA (pre-rRNAs) by a series of ribosome assembly intermediates. More than 70 factors participate in the dynamic assembly and disassembly of the small subunit processome (90S) inside nucleolus, leading to the early maturation of small subunit. The 5' domain of the 18S rRNA is the last to be incorporated into the stable 90S prior to the cleavage of pre-rRNA at the A1 site. This step is facilitated by the Kre33-Enp2-Bfr2-Lcp5 protein module with the participation of the DEAD-box protein Dbp4. Though structures of Kre33 and Enp2 have been modeled in previously observed 90S structures, that of Bfr2-Lcp5 complex remains unavailable. Here, we report an AlphaFold-assisted structure determination of the Bfr2-Lcp5 complex captured in a 3.99 Å - 7.24 Å cryoEM structure of 90S isolated from yeast cells depleted of Pih1, a chaperone protein of the 90S core assembly. The structure model is consistent with the protein-protein interaction results and the secondary structures of recombinant Bfr2 and Bfr2-Lcp5 complex obtained by Circular Dichroism. The Bfr2-Lcp5 complex interaction mimics that of exosome factors Rrp6-Rrp47 and acts to regulate 90S transitions.
履歴
登録2021年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
NA: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
SA: Nucleolar protein 56
NB: Something about silencing protein 10
L0: 5' ETS
L2: U3 snoRNA
L3: 40S ribosomal protein S18-A
L4: 40S ribosomal protein S4-A
L5: 40S ribosomal protein S5
L7: 40S ribosomal protein S7-A
L8: 40S ribosomal protein S8-A
L9: 40S ribosomal protein S9-A
LC: 40S ribosomal protein S16-A
LD: 40S ribosomal protein S11-A
LE: 40S ribosomal protein S22-A
LF: 40S ribosomal protein S24-A
LG: 40S ribosomal protein S28-A
LH: NET1-associated nuclear protein 1
LJ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15
LK: U3 small nucleolar RNA-associated protein 9
LL: U3 small nucleolar RNA-associated protein 5
LM: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10
LN: U3 small nucleolar RNA-associated protein 4
LO: Periodic tryptophan protein 2
LP: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6
LQ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 12
LS: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18
LT: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
LU: Protein SOF1
LV: Ribosome biogenesis protein ENP2
LW: U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
LZ: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
NG: 40S ribosomal protein S14-B
NK: KRR1 small subunit processome component
SC: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
SD: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
SE: Ribonucloprotein
SF: Ribonucloprotein
SG: RRP9 isoform 1
SH: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
SI: Ribosome biogenesis protein BMS1
SJ: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
SK: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
SL: rRNA-processing protein FCF1
SM: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
SN: Ribosome biogenesis protein UTP30
SO: Pre-rRNA-processing protein PNO1
SQ: rRNA-processing protein FCF2
SR: 40S ribosomal protein S23-A
SS: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
ST: Nucleolar complex protein 14
SY: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
SZ: Essential nuclear protein 1
NJ: rRNA biogenesis protein RRP5
NH: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22
NI: Ribosomal RNA-processing protein 7
8: 18S pre-rRNA
SU: Nucleolar complex protein 4
LI: U3 small nucleolar RNA-associated protein 8
ND: Bud site selection protein 21
LR: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13
NE: Protein FAF1
SB: Nucleolar protein 58
SV: Regulator of rDNA transcription protein 14
SP: U3 small nucleolar RNA-associated protein 20
LY: RNA cytidine acetyltransferase
LX: RNA cytidine acetyltransferase
L6: 40S ribosomal protein S6-A
NF: 40S ribosomal protein S13
5: Protein BFR2
6: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,972,09870
ポリマ－3,972,09870
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 17種, 17分子 NALJLKLLLMLNLPLQLSLTLWSSSYNHLILRSP

#1: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 28232.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P47083
#18: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 snoRNA-associated protein 15 / U three protein 15 / U3 protein 15 required for transcription / t-UTP15


分子量: 57765.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04305
#19: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 9


分子量: 13282.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#20: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 snoRNA-associated protein 5 / U three protein 5 / U3 protein 5 required for transcription / t-UTP5


分子量: 62177.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04177
#21: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 10


分子量: 49044.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#22: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 4


分子量: 84357.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#24: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 6


分子量: 46689.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#25: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 12


分子量: 104697.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#26: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 snoRNA-associated protein 18 / U three protein 18


分子量: 66494.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40362
#27: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 102793.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06078
#30: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 snoRNA-associated protein 7 / U three protein 7


分子量: 48731.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40055
#46: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 14


分子量: 21558.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#48: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11 / U three protein 11


分子量: 29604.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: B5VM59
#51: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 snoRNA-associated protein 22 / U three protein 22


分子量: 130146.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53254
#55: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / U3 snoRNA-associated protein 8 / U three protein 8 / U3 protein 8 required for transcription / t-UTP8


分子量: 77467.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53276
#57: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 snoRNA-associated protein 13 / U three protein 13


分子量: 90455.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05946
#61: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / U3 snoRNA-associated protein 20 / U three protein 20


分子量: 278852.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35194

-
Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 SASB

#2: タンパク質 Nucleolar protein 56


分子量: 45461.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#59: タンパク質 Nucleolar protein 58 / Nucleolar protein 5


分子量: 47808.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A6ZPE5

-
タンパク質 , 19種, 23分子 NBLHLOLUNKSCSDSESFSGSHSJSKSOSZNJNINDNESVLYLX5

#3: タンパク質 Something about silencing protein 10


分子量: 20009.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#17: タンパク質 NET1-associated nuclear protein 1


分子量: 100911.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#23: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2 / U three protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1 / U3 snoRNA-associated protein 1


分子量: 96434.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25635
#28: タンパク質 Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein SOF1 / U3 snoRNA-associated protein SOF1


分子量: 53819.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33750
#33: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1 / Ribosomal RNA assembly protein KRR1


分子量: 20170.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25586
#34: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / Nucleolar ...Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / Nucleolar protein 1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1


分子量: 27341.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#35: タンパク質 Ribonucloprotein


分子量: 13083.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PW82
#36: タンパク質 RRP9 isoform 1


分子量: 52527.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4BU80
#37: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 39588.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08096
#39: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 26190.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#43: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Partner of NOB1 / Ribosomal RNA-processing protein 20


分子量: 20189.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99216
#49: タンパク質 Essential nuclear protein 1


分子量: 29998.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38333
#50: タンパク質 rRNA biogenesis protein RRP5 / Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA- ...Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA-associated protein RRP5


分子量: 30781.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05022
#52: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 7


分子量: 21532.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25368
#56: タンパク質 Bud site selection protein 21 / U three protein 16 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / U3 snoRNA-associated protein 16


分子量: 7070.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08492
#58: タンパク質 Protein FAF1 / Forty S assembly factor


分子量: 27095.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40546
#60: タンパク質 Regulator of rDNA transcription protein 14


分子量: 10916.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40470
#62: タンパク質 RNA cytidine acetyltransferase / 18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine ...18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine acetyltransferase 1


分子量: 104469.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P53914, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#65: タンパク質 Protein BFR2 / Brefeldin A resistance protein 2


分子量: 61285.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06631

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L0L28

#4: RNA鎖 5' ETS


分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 831416132
#5: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 106503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 751247007
#53: RNA鎖 18S pre-rRNA


分子量: 582052.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701

-
40S ribosomal protein ... , 15種, 15分子 L3L4L5L7L8L9LCLDLELFLGNGSRL6NF

#6: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A


分子量: 14516.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 25662.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8


分子量: 23756.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26783
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX39
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 20093.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 13798.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX51
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14260.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 10130.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7116.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q3E7X9
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S14-B / RP59B / Small ribosomal subunit protein uS11-B


分子量: 11645.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39516
#45: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 11280.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 25123.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 14164.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756

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Ribosome biogenesis protein ... , 3種, 3分子 LVSISN

#29: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ENP2 / Essential nuclear protein 2


分子量: 41373.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48234
#38: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1


分子量: 127889.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#42: タンパク質 Ribosome biogenesis protein UTP30 / U3 snoRNP-associated protein UTP30


分子量: 28576.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36144

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U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 3種, 3分子 LZSM6

#31: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / U3 snoRNP protein IMP3 / Interacting with MPP10 protein 3


分子量: 21797.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32899
#41: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53941
#66: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5


分子量: 40864.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40079

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RRNA-processing protein ... , 2種, 2分子 SLSQ

#40: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21003.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q05498
#44: タンパク質 rRNA-processing protein FCF2 / FAF1 copurifying factor 2


分子量: 20139.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12035

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Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 STSU

#47: タンパク質 Nucleolar complex protein 14


分子量: 89734.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#54: タンパク質 Nucleolar complex protein 4 / U three protein 19 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 19 / U3 snoRNA-associated protein 19


分子量: 59433.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06512

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詳細

配列の詳細Residues for which the identity and register can not be assigned are listed as UNK. The actual ...Residues for which the identity and register can not be assigned are listed as UNK. The actual sequences can be found under the following UniProt ids: chain L3 - P0CX55, LH - Q02931, LK - P38882, LM - P42945, LN - Q06679, LP - Q02354, LQ - Q12220, NB - Q12136, SA Q12460, SI - Q08965, SS - Q04500, ST - Q99207.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of Bfr2-Lcp5 Complex Observed in the Small Subunit Processome Isolated from R2TP-depleted Yeast Cells
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 1.074 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 199534 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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